Elf jaar na dato van de verschijning van H.Q. Janssen, Catalogus van het Oud Synodaal Archief uitte F. L. Rutgers in zijn Acta van de Nederlandsche Synoden der zestiende eeuw, scherpe kritiek op Janssens Catalogus: "(...) de samensteller verzuimd heeft, het (...) stuk even in te zien. Trouwens, dat is in den bedoelden catalogus een maar al te gewoon verschijnsel. Er is zonder twijfel veel tijd en moeite aan ten koste gelegd, en er zijn veel bruikbare opgaven in te vinden; maar wie ooit iets te doen had met de daarin beschreven archiefstukken, weet toch ook, dat de beschrijving vaak zeer onvolledig en onnauwkeurig is, en dat hij in geen geval daarop kan afgaan." *  Rutgers was niet de eerste die bezwaren had tegen Janssens werk. Al bij het schrijven van zijn Catalogus kreeg de inventarisator aanmerkingen van de Synodale Commissie die hem verweet dat het zijn Catalogus ontbrak aan "wetenschappelijke orde". Sindsdien bleven klachten bestaan over de onbetrouwbaarheid van de Catalogus en de daarmee gepaard gaande ontoegankelijkheid van het "oud synodaal archief".
Herinventarisatie van het zogenaamde oud synodaal archief werd om die reden noodzakelijk geacht.

De benaming "oud synodaal archief" dekt de lading absoluut niet, omdat er geen sprake is van één enkel archief maar van een aantal archieven. Nader onderzoek wijst uit dat het "oud synodaal archief" in de volgende archieven kan worden uitgesplitst:
1. Archief van het Convent van Wesel, 1568. (omvang c.0.02 mtr)
2. Archief van de Nationale Synode, 1571-1619. (omvang c.1.4 mtr)
3. Archieven van de Commissies op Nationaal niveau voor 1816. (omvang c.2 mtr.)
a. De Commissie van de vertalers en revisoren van de Statenvertaling, (1619) 1624-1637 (1638, 1642, 1654, 1663, 1686)
b. De Vergadering ter inspectie van de autografen van de Nationale Synode van Dordrecht, 1618 en 1619.
c. De Commissie voor verbetering van de psalmberijming, (1760, 1764) 1773.
d. De Commissie voor de invoering van nieuwe kerkgezangen, (1797), 1803-1805.
4. Archief van de Synode van Holland en Zeeland te Dordrecht, 1574. (omvang c.0.03 mtr)
5. Archief van de Provinciale Synode van Holland te Haarlem, 1582. (omvang c.0.01 mtr)
6. Archief van de particuliere Synode van Zuid-Holland, (1566), 1579-1816. (omvang c.20.5 mtr)

Het archief van de particuliere Synode van Zuid-Holland vormt de hoofdmoot van dit bestand. Dit archief is opgebouwd uit de 40 banden die door de gedeputeerden van de Synode in 1737 waren samengesteld en de stukken die na deze inbind-operatie tot aan 1816 werden gearchiveerd en die deels in banden, deels in bundels werden samengebracht.

De orde die binnen het archief van de Synode van Zuid-Holland heerste, werd bepaald door de gedeputeerden die in 1737 verantwoordelijk waren voor het inbinden. Door tijdgebrek verhinderd om in gezamelijke vergaderingen het inbinden van de stukken te regelen, besloten de gedeputeerden de losse stukken onder elkaar te verdelen om deze thuis op chronologie te leggen, een inhoudsopgave samen te stellen en de stukken onder hun toeziend oog te laten inbinden. Men kwam tot de volgende verdeling:
1. de stukken betreffende de Nationale en Provinciale Synoden, betreffende de bijbelvertaling, betreffende de leergeschillen, de Confessie en de Catechismus alsmede stukken betreffende de remonstrantse en contra-remonstrantse twisten en " veele oude stukken van veel aengelegenthyt over Religions saeke".
2. de stukken betreffende de binnen- en buitenlandse kerken, de gravamina en vraagstukken uit de classes en stukken betreffende bijzondere sekten.
3. de stukken betreffende de verschillende classes, kerken en personen.
4. de verzoekschriften, reglementen, resoluties en alle overgebleven stukken van verscheidene aard. * 

De stukken betreffende de verschillende classes, kerken en personen werden zowel in zaaksgewijs geordende banden bijeengebracht als in chronologisch geordende banden waarin de stukken werden gelegd als bijlagen bij de synodale vergaderingen.
Men gebruikte dus tegelijkertijd vier ordeningsprincipes: de ordening naar onderwerp, de zaaksgewijze ordening, de ordening naar chronologie en de ordening naar redactionele vorm. Er deden zich binnen de banden verscheidene inconsequenties voor, omdat men stukken betreffende een bepaalde zaak aan verschillende gedeputeerden meegaf. In de band met de resoluties bijvoorbeeld kunnen stukken worden gevonden die betrekking hebben op stukken in de banden met de zaaksgewijze ordening. Bij het samenstellen van de banden met de stukken, geordend naar hun behandeling in de synodale vergaderingen, hield men zich in een aantal gevallen niet aan de chronologische ordening maar vormde men binnen de banden dossiers betreffende zaken die meerdere malen in de synodale vergaderingen ter sprake waren gekomen, zodat de bijlagen niet altijd in een consequente serievorm geordend waren. Overigens komen er in deze banden verschillende ongedateerde stukken voor, waarvan niet vastgesteld kan worden in welke synodale vergadering ze werden behandeld.

Men wist niet altijd raad met de ordening van bepaalde stukken wat onder andere resulteerde in een band getiteld: "Brieven en schriften, specterende tot de tijden na het houden van de nationale Synode en particuliere Synode provinciaal te Leyden A°. 1619." waarin een verscheidenheid aan stukken werd ingebonden die een periode van 1581 t/m 1619 besloegen.
Onder de stukken die in 1737 werden ingebonden, bevonden zich een groot aantal stukken die strikt genomen niet tot het archief van de particuliere Synode van Zuid-Holland behoorden. Het waren stukken afkomstig van oud-leden van het moderamen, oud-leden van het college van gedeputeerden en van de erfgenamen van Johannes Bogerman die met het archief van de Synode van Zuid-Holland vermengd waren geraakt. Deze stukken hadden enerzijds betrekking op de Nationale en provinciale Synoden vanaf 1571 en anderzijds op de "Commissie van vertalers en revisoren van de Statenvertaling".

De gedeputeerden die na 1737 de archiefvorming van de Zuidhollandse Synode voortzetten, namen de ordening van de banden als uitgangspunt met dit verschil dat zij geen bundels bijlagen bij de vergaderingen samenstelden maar de stukken naar onderwerp, zaak of redactionele vorm ordenden.
De overige archieven, namelijk de archieven van het Convent van Wesel, 1568, van de Nationale Synode, 1571-1619, van de Commissies op Nationaal niveau vóór 1816, van de Synode van Holland en Zeeland, 1574 en van de Provinciale Synode van Holland, 1582 waren op verschillende manieren in het bezit van de Synode van Zuid-Holland gekomen.

In 1800 werd door de overheid aan de Zuidhollandse Synode de autografen van de Nationale Synode van Dordrecht, 1618 en 1619 en van de Statenvertaling en het archief van de Commissie voor de verbetering van de psalmberijming overgedragen.
Met goedkeuring van de overige provinciale Synoden bewaarde de Zuidhollandse Synode de archieven van de "Vergadering ter inspectie van de autografen van de Nationale Synode van Dordrecht, 1618 en 1619 en van de Statenvertaling" en van de "Commissie voor de nieuwe kerkgezangen".

Na 1816 ontstond er door de nieuwe kerkorde een geheel andere situatie. Jaarlijks organiseerde men nu de Algemene Synode van de Nederlandse Hervormde Kerk. Het Provinciaal Kerkbestuur van Zuid-Holland werd de rechtsopvolger van de Synode van Zuid-Holland. De archieven van nationale aard werden door het Provinciaal Kerkbestuur aan de Algemene Synode overgedragen die in 1854 bovendien de verantwoordelijkheid voor het archief van de Synode van Zuid-Holland van het Provinciaal Kerkbestuur overnam. De archieven kregen de verzamelnaam "oud synodaal archief" om de stukken van voor 1816 te onderscheiden van het archief dat de Algemene Synode na 1816 vormde.

De Algemene Synode voegde stukken aan het "oud synodaal archief" toe. *  Zij riep haar leden op te speuren naar stukken betreffende de Synode, hetgeen resulteerde in een aantal heterogeen samengestelde bundels met stukken waarvan niet altijd even duidelijk is wie de archiefvormer moet zijn geweest. Tevens schonk J. Baron du Tour een band samengesteld door Jacob Revius, als scriba van de vergadering van vertalers en revisoren van het Oude Testament. Uit de archieven van de classes 's-Gravenhage en Gouda werden een aantal archiefstukken overgenomen.

Het is derhalve niet verwonderlijk dat toen H.Q. Janssen in 1873 opdracht kreeg een catalogus op de archieven samen te stellen, hij geen onderscheid maakte tussen de verschillende archieven, maar de stukken beschreef als behorend tot één archief. Wel merkte hij in zijn voorwoord op dat het merendeel van de stukken uit het archief van de Synode van Zuid-Holland afkomstig moest zijn.
Bij zijn inventarisatie beperkte Janssen zich tot het herkennen van de banden en bundels aan de hand van de inventaris van 1737, opgemaakt door de gedeputeerden van de Synode na de inbind-operatie van 1737, met de aanvullingen tot 1816. Hij nam de beschrijvingen uit deze inventaris klakkeloos over waarbij hij overigens niet altijd even nauwkeurig te werk ging. Janssen besloot de banden en de bundels volgens een door hem bepaalde volgorde na elkaar te plaatsen. Het aanbrengen van een meer verfijnde indeling leek hem onmogelijk omdat de banden niet uit elkaar gehaald konden worden.

Dit "oud synodaal archief" deelde Janssen in 15 rubrieken in: de eerste rubriek noemde hij "Algemeene Zaken". Vervolgens maakte hij een geografische indeling, namelijk naar de provinciale Synoden waaronder de Zuidhollandse Synode, de generaliteitslanden, de koloniën en het buitenland. De drie laatste rubrieken noemde hij "Losse schriften in portefeuilles", "Losse schriften, geordend en in bundels verzameld" en het "Aanhangsel, vermeldende deels drukwerk, deels handschrift", waarin de losse stukken uit het archief van de Zuidhollandse Synode werden opgenomen. Deze rubrieken bevatten vrijwel uitsluitend de losse stukken daterend van na 1737.
In de eerste rubriek "Algemeene Zaken" beschreef Janssen de verschillende onder nummer 1 t/m 3 genoemde archieven. Hij nam in "Algemeene Zaken" tevens stukken op die oorspronkelijk tot het archief van de Zuidhollandse Synode behoorden, zoals de archiefinventarissen van de Zuidhollandse Synode die hij blijkbaar beschouwde als "stukken van algemene aard". Het schema toont de archieven die door Janssen werden ondergebracht in de rubriek "Algemeene Zaken":

Alle stukken die Janssen na de rubriek "Algemeene Zaken" in de overige 14 rubrieken onderverdeelde, maakten oorspronkelijk deel uit van het archief van de Synode van Zuid-Holland.
Bij de herinventarisatie was de eerste stap om conform het bestemmingsbeginsel orde te scheppen in de wirwar van archiefvormers en daarna de structuur van de verschillende archieven te reconstrueren. De meeste aandacht ging uit naar het archief van de Synode van Zuid-Holland, de kern van het "oud synodaal archief".
Het leek verkieselijk het feit te negeren dat de stukken waren ingebonden en het archiefvan de Synode van Zuid-Holland te beschouwen als een verzameling losse stukken die op papier in de beschrijvingen bijeengebracht konden worden; de banden zouden echter materieel intakt worden gelaten. * 

Op deze manier konden de inconsequenties ontstaan bij het inbinden worden opgeheven. Voordeel hiervan was bovendien dat in het archief een geheel andere ordening kon worden aangebracht, los van het keurslijf van de banden. De niet ingebonden stukken na 1737 konden in een logisch vervolg op de eerdere stukken worden geplaatst en de breuk die Janssen aanbracht tussen de stukken voor en na 1737 kon worden opgeheven. De beschrijvingen werden aangepast en verbeterd. De stukken die de Algemene Synode had verzameld onder haar leden werden strikt gescheiden naar archiefvormers. De archivalia die niet behoorden tot het archief van de Zuidhollandse Synode zijn geplaatst bij de rubriek "Verzamelde stukken".

De stukken werden geordend naar de organisatie en de werkzaamheden van de Synode. Problematisch bij deze methode vormde het indelen van de stukken afkomstig uit de periode 1609 -1617 toen de Synode werd verboden in vergadering bijeen te komen en zij formeel niet functioneerde. De gedeputeerden die in 1608 waren gekozen, hadden geen beslissingsbevoegdheid, maar moesten in de synodale vergadering van 1618 verantwoording afleggen voor hun handelen. Vooral één van hen, Johannes Becius, vervulde een vooraanstaande rol in de kerkelijke twisten die zich in deze periode afspeelden en die de organisatie van een Nationale Synode in de weg stonden. De gedeputeerden hebben in 1621 aan de Synode van Zuid-Holland de stukken betreffende hun werkzaamheden na 1608 tot 1618 overgegeven. Bij de inventarisatie is ervan uitgegegaan dat zij in hun functie als gedeputeerden van de Zuidhollandse Synode de belangen van de Synode na 1608 behartigden en in dienst van de Synode meewerkten aan de oplossing van de conflicten om de organisatie van een Nationale Synode mogelijk te maken. Derhalve zijn de stukken die door de gedeputeerden ontvangen of opgemaakt zijn, opgenomen in het archief van de Synode van Zuid-Holland onder de rubriek "Voorbereiding van en deelname aan provinciale synodale vergaderingen en Nationale synodale vergaderingen".

De banden die waren gevormd uit stukken afkomstig van Johannes Bogerman in zijn functie van praeses van de Nationale Synode van Dordrecht, 1618 en 1619 en van vertaler van het Oude Testament werden gevoegd bij de autografen van de Synode van Dordrecht en van de Commissie van de vertalers en revisoren van de Statenvertaling. De ten geschenke gekregen band met de stukken opgemaakt door en ingekomen bij Jacob Revius, scriba van deze Commissie, werd in een aparte rubriek bij het archief van de Commissie beschreven; uitgaande van het feit dat in vroeger dagen door de functionarissen geen strenge scheiding werd gemaakt tussen stukken van persoonlijke en van ambtelijke aard, met andere woorden ze hielden ambtelijke stukken vaak thuis.

Eveneens werden de archieven van de Nationale Synode vanaf 1572, de Synode van Holland en Zeeland, 1574 en de provinciale Synode van Holland, 1582, gereconstrueerd. Behalve dat de afgedwaalde delen uit de archieven van de classes 's-Gravenhage en Gouda weer naar die archieven werden teruggebracht, konden bij de huidige inventarisatie ook stukken worden toegevoegd. In de verzameling handschriften van de Nederlandse Hervormde Kerk en in het archief van het Provinciaal Kerkbestuur van Zuid-Holland werden stukken gevonden die tot het archief van de Synode van Zuid-Holland moeten hebben behoord. Deze stukken werden in het archief opgenomen.
De archieven die in deze inventaris beschreven zijn, beslaan in totaal 24 m.