Het nog aanwezige archief heeft betrekking op de periode 1628-1972 en heeft momenteel een omvang van circa 3,5m2.
Het vermoeden is gerechtvaardigd dat in de loop der tijden vrij veel materiaal verloren is gegaan.

In het verleden is het waterschapsarchief vermoedelijk één geheel geweest met het archief van het gerecht Maarssenbroek, gelet ook op de problemen die er in 1818 waren met de schout van Maarssen om het waterschapsarchief onder hem berustende, terug te krijgen.
Het archief werd in de negentiende en twintigste eeuw beheerd door de voorzitter of de secretaris van het waterschap en werd of bij hun thuis bewaard of tegen betaling in de gemeentelijke archiefbewaarplaats van Maarssen.
Gelet op een opmerking uit de zeventiger jaren bestaat de mogelijkheid dat een vermenging heeft plaatsgevonden met het archief van het waterschap Hooge- en Neermaten. De secretaris (?) van laatstgenoemde waterschap deelde aan de voorzitter van het waterschap Maarssenbroek mee dat hij de stukken betreffende de Hoge en Neermaten uit het waterschapsarchief van Maarssenbroek te hebben verwijderd.
Bij de opheffing van het waterschap in 1972 werd bepaald dat het archief overging naar de gemeente Maarssen.
Het werd hier bewaard in de gemeentelijke archiefbewaarplaats om in 1977 tijdelijk in beheer te worden overgedragen aan het Rijksarchief in de provincie Utrecht.
In 1989 werd het archief weer overgedragen aan de gemeente Maarssen en het berust nu in de gemeentelijke archiefbewaarplaats.