Bij de inventarisatie van een archief moet zoveel mogelijk worden uitgegaan van de oude ordening van de stukken. Van een oorspronkelijke ordening was bij de aanvang van de inventarisatiewerkzaamheden echter nauwelijks meer sprake. Mr. R. Fruin Th. Azn. heeft tijdens zijn inventarisatie van de oude archieven van Kockengen in de jaren tachtig van de negentiende eeuw de stukken die tot de gezamenlijke gerechten van Laag Nieuwkoop behoorden, als vierde afdeling binnen het oud archief van Kockengen geplaatst. Een onjuiste handelwijze die m.i. alleen kan worden verklaard door de vermenging met de vele in verband met het kerspel van Kockengen opgemaakte stukken. Een aantal bescheiden uit zowel het oud als het nieuw archief, die tussen 1923 en 1925 in de archieven van de gemeente Vleuten en het Waterschap Laagnieuwkoop werden aangetroffen, zijn in verband met de overdracht daarvan gelijktijdig geïnventariseerd. Hoewel een aantal van deze ontdekte stukken onderdeel bleken te vormen van series die in het door Fruin aangetroffen oud archief van Laag Nieuwkoop zijn beschreven, zijn deze nimmer in Fruins inventaris geïntegreerd. Bij de huidige inventarisatie zijn de twee naast elkaar bewaarde oud archiefbestanden tot één geheel gemaakt en -voor zover van toepassing- afgescheiden van het oud archief van Kockengen. Het oud archief omvat de periode 1667-1811. Het oudste stuk betreft een extract-afschrift van 1667 van een akte uit 1530, waarin de landsheer Karel V aan enkele gerechten het schepenrecht verleent en deze tot één gerecht combineert. *  De jongste stukken dateren van 1811, het jaar waarin een einde kwam aan de bestuurlijke zelfstandigheid van de zeven betrokken gerechten. Het nieuw archief omvat de periode 1818-1942. Deze jaren vallen samen met de totstandkoming en opheffing van Laag Nieuwkoop als gemeente.

Bij de bepaling van de volgorde der stukken van het oud en nieuw archief is hoofdzakelijk uitgegaan van de organisatie en taken van de respectievelijke archiefvormende instanties (gerechten, gemeente en ambtenaar van de burgerlijke stand). Het nieuw archief is voornamelijk opgebouwd rond een aantal langlopende series zoals de raadsnotulen (die van burgemeester en assessoren/wethouders ontbreken!), correspondentie, begrotingen en rekeningen. Deze zijn vrijwel in zijn geheel bewaard gebleven. In de periode 1818-1942 heeft men ten aanzien van de correspondentie verschillende ordeningssystemen gehanteerd. In de jaren 1818-1834 en 1855-1915 zijn de ingekomen stukken volgens het agendastelsel geordend; *  d.w.z. chronologisch op datum van binnenkomst. In de jaren 1835-1854 is geagendeerd volgens alfabetisch geordende rubrieken. Daarbij dient de onderzoeker in gedachten te houden dat men soms weinig consequent aan deze rubrieksordening de hand heeft gehouden. Dit geldt vooral bij die onderwerpen die onder meer dan één trefwoord gerangschikt konden worden. Kennelijk is men per ingang van het jaar 1916 overgeschakeld op een rubriekenstelsel waarbij de ingekomen stukken onderwerpsgewijs werden samengevoegd met de bijbehorende minuten van uitgaande stukken.

Deze per onderwerp gerangschikte stukken werden in afzonderlijke dossiermappen geborgen. In 1934 of 1935 is men overgegaan op de zaaksgewijze ordening. Daarbij werd uitgegaan van de zgn. basis-archiefcode van de Vereniging van Nederlandse gemeenten (code VNG). Veel stukken uit de periode 1916-1934 zijn hierdoor als voorstukken in de op classificatienummer der genoemde code gezette dossiers ondergebracht. Bovendien is ten aanzien van de stukken uit zowel de periode 1916-1934 als de periode 1934-1942 op grote schaal gebruik gemaakt van de mogelijkheid tot vernietiging van niet (meer) terzake doende stukken. Ondanks het feit dat de onderwerpsgewijze en zaaksgewijze ordeningsmethoden zich in de regel niet met elkaar laten verenigen is hier besloten om de bestaande dossierordening niet te verbreken. Omdat het dossierbestand als één geheel wordt beschouwd naast de andere algemene en bijzondere series, is het code-archief in het archiefschema direkt achter de algemene series gevoegd. Deze werkwijze sluit aan bij recente opvattingen omtrent de inpassing van dossierbestanden in een archiefinventaris. *  Ten aanzien van de vernietiging van stukken kan worden opgemerkt dat de daarvoor in aanmerking komende bijlagen der rekeningen (i.c. de mandaten en bijbehorende nota's) over een groot aantal jaren zijn meeïngebonden bij de gemeenterekeningen, waardoor deze dienden te worden bewaard. Wel zijn de afzonderlijk bewaarde mandaten en nota's uit de periode 1913-1939 vernietigd; evenals een groot aantal stukken betreffende de boekhouding. Van het oorspronkelijke archief van 16,5 m' is na schoning thans 15 m' overgebleven.