Zoals de naam al zegt, omvatte het waterschap Beoosten de Eem het poldergebied op de oostelijke Eemoever tot aan de Laak. Bij de oprichting van het waterschap liep de grens langs de buitenteen van de dijken langs de Eem, van de Bunschoter Veldendijk en Veendijk en van de Laakkade. In het zuiden was het grensverloop grillig: de lijn liep meer of minder ten zuiden van de Roovoetsteeg, de Veenweg, de Kalveenseweg en de Nieuwlandseweg om halverwege die weg in zuidwestelijke richting af te buigen tot aan de Wolfshaarse- of Watersteeg bij de Heisteeg en vandaar verder langs de zuidzijde van de oude Overzeldertseweg, het Spijkerdijkje en de Vudijk tot aan de Grebbelinie bij Krachtwijk.

Na de samenvoeging met het hoogheemraadschap de Bunschoter Veen- en Veldendijk en het Bekaaide Maatwaterschap in 1942 kwamen de buitendijkse landen binnen het waterschap te liggen. De westgrens lag toen in het midden van de Eem en de noordgrens sloot aan bij de zuidgrens van het IJsselmeer. De oostgrens viel samen met de grens tussen de provincies Utrecht en Gelderland. In het zuiden werd de grenslijn enige malen aangepast in verband met wijzigingen in de waterhuishouding en in de kadastrale aanduiding van percelen. Het waterschap had een omvang van iets minder dan 5000 hectare ongebouwd, waarvan 3 à 4% uit water bestond.