Naast de zorg voor het onderhoud van de sluis en de schouw over de boven vermelde watergangen werd het waterschap vanaf 1871 belast met de onderhoudplicht voor de Oude Eem als zijnde de boezem voor de uitwatering van de landerijen binnen De Drie Sluizen onder Amersfoort gelegen. Al in 1868 had het bestuur bij Gedeputeerde Staten geprotesteerd tegen het voornemen het heemraadschap van de Rivier de Eem, beken en aankleve van dien van de onderhoudslast te ontslaan. Toen dat niet hielp, trachtte men de zaak te ondervangen door de Oude Eem op te nemen in de keur van het waterschap en het Eemcollege als schouwplichtige eigenaar op de legger van verhoefslaagden te brengen. De legger werd daarop in 1873 door Gedeputeerde Staten nietig verklaard, maar dit besluit werd op zijn beurt door de Raad van State vernietigd.

De onderhoudplicht van het Eemcollege zou echter middels een proces moeten worden afgedwongen en een daartoe ingestelde commissie van ingelanden adviseerde in december 1874 daar niet aan te beginnen, omdat de procedure zeker tot in het hoogste ressort gevoerd zou worden, hetgeen jaren zou duren en hoge kosten zou meebrengen, die niet in verhouding stonden tot de geringe omvang van de zaak zelf. De ingelanden besloten daarop het onderhoud van de Oude Eem dan maar tijdelijk voor rekening van het waterschap te nemen. Bij reglementswijziging in 1876 werd het waterschap ook formeel met het onderhoud belast *  .

Vier jaar later besloten de ingelanden om de Oude Eem te doen uitdiepen en verbeteren. Er werd een rapport opgesteld door een deskundige en het werk werd uitgevoerd in 1881/1882 *  . In de jaren daarna werd de Oude Eem jaarlijks schoongehouden en in 1887 werden twee scherpe hoeken afgestoken *  .

De uitwateringssluis was in 1857, kort voor de oprichting van het waterschap, vernieuwd *  . Bij de storm van 23 december 1894 werden de deuren zo beschadigd, dat ze vervangen moesten worden. Ook na de stormvloeden van december 1903 en 31 december 1904/1 januari 1905 was reparatie nodig *  . De overstroming van 13/14 januari 1916 vernielde de sluis geheel. De nieuwe sluis werd enige meters zuidoostelijk van de oude gelegd *  .

De Grebbeliniedijk, waar de sluis in lag, behoorde niet tot het waterschap. Nadat echter de Genie in 1927 had laten weten eventuele waterschade aan de borstwering tussen de Vudijk en de spoorbaan Amersfoort - Zwolle niet meer te zullen herstellen, indien dat niet door de eigen belangen werd gevorderd, sloten de besturen van de Drie Sluizen, de Malesluis en Coelhorst een overeenkomst met dijkgraaf en hoogheemraden van de Bunschoter Veen- en Veldendijk om gedurende vijf jaar (vanaf 1929) gezamenlijk in het gewoon onderhoud van de dijk te voorzien *  .

In 1940/41 werd volgens een plan van de Nederlandse Heidemaatschappij een deel van de Oude Eem tussen de sluis en de schansen gedempt. De waterlozing werd verlegd naar de door defensie nieuw gegraven vaart langs de Grebbeliniedijk. Twee jaar later werd evenwel door het volspuiten van de om de schans gelegen gracht een groot deel van het in de gracht aanwezige slik in de wetering geperst, die hierdoor praktisch dicht raakte.

Het bestuur verzocht de commissaris voor de belangen van de voormalige Nederlandse Weermacht de tankgracht te doen uitbaggeren, daar deze eigendom van defensie was. De commissaris verwees naar de provincie Utrecht, omdat de verzanding het gevolg was van het uitdiepen van de Eem door de provincie. De zaak stagneerde en pas in 1946 werd een oplossing bereikt door het graven van een afvoersloot naast de tankgracht met medewerking van de Cultuurtechnische dienst en de dienst Landbouwherstel.

Het waterschap wilde vervolgens eigendom, beheer en onderhoud van de sloot langs de Liniedijk overnemen, maar dat werd door de Genie afgewezen, omdat de waterloop op militaire grond lag. Wel had het bestuur vergunning tot het graven en onderhouden van de sloot, hetgeen praktisch op hetzelfde neerkwam *  . De formele overdracht van de eigendom van de gedempte percelen van de Oude Eem kon toen ook worden afgewikkeld *  .

Na de Tweede Wereldoorlog kwam ook de moeilijke waterafvoer bij het Zwartlandse bos in de bestuursvergadering ter sprake. Een technisch ambtenaar van de Provinciale waterstaat bracht advies uit over de verbetering van de afwatering van de landen ten noorden van de spoorbaan Amersfoort - Apeldoorn naar de Groenesteeg. Het plan voor de verbetering van de afvoersloten werd door ingelanden aangenomen op 6 december 1946. De uitvoering ervan liep vertraging op door de lange winter en het gebrek aan arbeiders. In 1948, het laatste jaar van het bestaan van het waterschap, werd er nog aan gewerkt *  .