Het archief van de commanderij van St. Jan te Arnhem heeft reeds eenige malen de bronnen geleverd voor belangrijke publicaties. De belangrijkste hiervan is verschenen in de Bijdragen en Mededeelingen van het Historisch Genootschap (Utrecht), deel XLVIII (1927), p. 146-340, Visitatie-verslagen van de Johanniter-kloosters in Nederland, 1495, 1540, 1594; medegedeeld door dr. E. Wiersum en mr. A. le Cosquino de Bussy. Kon destijds niet worden uitgemaakt, hoe deze visitatieverslagen, in afschrift, in het archief der Arnhemsche commanderij zijn gekomen, na de thans ondernomen ordening is de aanwezigheid dezer handschriften waarschijnlijk wel verklaarbaar, hetgeen later moge blijken.
Deze zelfde visitatieverslagen zijn de bron geweest voor een artikel over: De commanderieën der orde van St. Jan in Gelderland, van de hand van de heeren F.A. Hoefer en dr. J.S. van Veen in de Bijdragen en Mededeelingen der Vereeniging Gelre, deel XIII (1910), p. 227-332, terwijl de gedeelten betreffende de commanderij te Sneek door dr. Van Veen werden uitgegeven in de Vrije Fries, XXI (1913), p. 211.
Vervolgens heeft mr. S. Muller Fzn. in zijn belangrijk opstel over: De Johanniters in Nederland, in het maandschrift Onze Eeuw, 1918, I, p. 28 en 129, van deze verslagen gebruik gemaakt, evenals jhr. mr. dr. E.A. van Beresteyn, die in 1934 een historische schets in het licht gaf, getiteld: Geschiedenis der Johanniter Orde in Nederland tot 1795, waarin de schrijver verschillende stukken uit dit archief als bewijsplaatsen aanhaalt.
Ook J. Delaville le Roulx nam in zijn Cartulaire général des Hospitaliers de S. Jean de Jerusalem, dat in vier foliobanden te Parijs verscheen van 1884-1901, eenige stukken op uit het Arnhemsche commanderij-archief, hetzij in regestvorm, hetzij in volledigen tekst.

De geschiedenis van de orde van St. Jan in ons land in het algemeen en van de commanderij te Arnhem in het bijzonder, is voor ieder te vinden in één of meer der hierboven genoemde publicaties, terwijl wij voor wat betreft de met Arnhem zoo nauw verbonden commanderij te Nijmegen verwijzen naar Schutjes, Geschiedenis van het bisdom 's-Hertogenbosch (1876), deel V, p. 249 en naar het proefschrift van mej. A.J. Maris, De reformatie der geestelijke en kerkelijke goederen in Gelderland, in het bijzonder in het Kwartier van Nijmegen, p. 330. * 
Wat de geschiedenis der commanderij te Arnhem betreft, deelen wij mede, dat de commanderij voor het eerst wordt genoemd in 1234. De geschiedenis neemt echter vasteren vorm aan omstreeks 1280, wanneer de commanderij wordt verrijkt met belangrijke bezittingen aan den oostelijken en zuidelijken Veluwezoom, afkomstig van de heeren van den Nyenbeek. Eenige dezer goederen komen nog voor in de jongste stukken, die het archief bevat. Zoo wordt de hoeve Klein Edingweerd onder Brummen, welke in 1297 aan de commanderij in eigendom overgaat, in 1828 door het domeinbestuur als laatsten beheerder van de goederen van St. Jan publiek verkocht.
Behalve deze goederen langs de Veluwezoom, verkreeg de commanderij in de 14e en 15e eeuw ook belangrijke eigendommen in de Neder- en Overbetuwe, nog later in de Lymers, terwijl ook talrijke rentebrieven een geregeld inkomen verzekerden.

Een andere bron van inkomsten vormden de renten en goederen ten behoeve van pitanciën. Onder pitancie wordt verstaan een extraatje, een tractatie, een portie lekker eten, verstrekt aan een lid van een geestelijke broederschap; later ook wel een uitdeeling aan anderen, b.v. aan huiszittende armen. Wanneer de ordenspriesters op zich namen jaarlijks eenige bijzonder diensten in de kerk op te dragen, zielmissen op naam- of sterfdag of op Allerzielen, werd het fonds der pitanciën doorgaans begiftigd met een rente of eigendom. Dit fonds stond onder beheer van een pitanciemeester en bleef waarschijnlijk gescheiden van de inkomsten der commanderij, daar het alleen ten goede kwam aan de St. Jansheeren persoonlijk. Van een aparte administratie was in het archief echter niets te vinden, zoodat ook geen poging is gedaan hier een min of meer kunstmatige scheiding in de inkomsten te reconstrueeren. In 1604 werden de fondsen der pitanciën door den eenig overgebleven ordenspriester, tevens laatsten pitanciemeester van St. Jan, op aandringen van den magistraat overgedragen aan de drie gasthuizen te Arnhem (Zie 2000 Oud archief Arnhem, inv.nr. 4577).

De inkomsten der commanderij dienden, behalve tot het levensonderhoud der bewoners, tot het instandhouden van de doelstellingen der orde. Was het doel der orde oorspronkelijk geweest het strijd voeren tegen de vijanden van het Christendom en het verplegen en herbergen van zieken en reizigers, in den loop der tijden heeft zich dit in sterke mate gewijzigd. Door het toenemende goederenbezit, mede een gevolg van de opheffing der orde van de Tempeliers, is het karakter van klooster veranderd in dat van een machtige economische organisatie. Daar in Arnhem het gasthuis niet zooals in Utrecht tot een ziekenhuis is uitgegroeid, is het aantal bewoners der commanderij hoogstens op een tiental te schatten, eenige priesters, kapelaans en wat dienstpersoneel. Doordat er geen rekeningen zijn bewaard gebleven, is slecht na te gaan, hoe de inkomsten werden verantwoord en in welken bodemloozen put de baten werden gestort. Uit het batig saldo moest in allen geval, na aftrek van alle lasten, die op de landerijen drukten, ook de respons worden betaald aan de orde, terwijl van tijd tot tijd de zgn. Türckensteuer werd geheven, een extra belasting, die diende om een leger te kunnen uitrusten tegen de belagers van het Heilige Land.
Ondanks enkele feiten, waaruit het karakter van geestelijke stichting nog blijkt, maakt de commanderij in het begin der 16e eeuw toch meer den indruk van het bedrijf van een heereboer dan van een klooster. Het verval, dat in dezen tijd begint, is niet een gevolg van de Hervorming, maar een gevolg van diezelfde verslapping, die den stoot heeft gegeven tot de Reformatie. Een verslapping, die zich uit in het voortdurend bezwaren en verpanden der goederen om geld te krijgen, tenslotte in het feit, dat de commandeurs elders verblijf hielden en de commanderij te Arnhem aan anderen in admodiatie gaven. De admodiatie is een vorm van pacht, waarbij de admodiator niet alleen het gebruik der goederen verkrijgt, maar ook in de rechten van den bezitter treedt.

Nadat Arnhem overging tot de Staatsche zijde en bij plakkaat van 31 mei 1580 orde werd gesteld op het beheer der geestelijke-, kerkelijke en kloostergoederen, was de commanderij nog slechts bewoond door één broeder, de goederen waren zwaar belast, de gebouwen vervallen. De directie, administratie en dispositie der goederen komt in handen van de Landschap (Gelre en Zutphen), terwijl de eigendom aan de orde blijft.
In 1597 werden de goederen vrijgegeven, nadat de commandeur Van Lulsdorff zich verplicht had jaarlijks een som van 300 daalders aan de stad te betalen tot onderhoud van een predikant. In 1638 zijn de goederen in stad en schependom weer door den magistraat in beslag genomen, maar in 1640 wordt de toenmalige commandeur weer in het gebruik der goederen gesteld tegen een jaarlijksche uitkeering aan de stad van 1500 gulden, welke som in 1691 op 1200 gulden per jaar wordt teruggebracht.
Elders hopen wij deze ingewikkelde verhouding tusschen de commanderij en de overheid uitvoeriger te kunnen weergeven.
Hoewel de commanderij als geestelijke stichting dus ongeveer in 1600 ophoudt te bestaan, is hiervan in het archief geen weerslag te vinden, daar dit in hoofdzaak van administratieven aard is en het omvangrijke goederenbezit, ook na ontruiming van het convent, één geheel is gebleven, al zijn eigendom en beheer in verschillende handen geweest.
Gedurende de 17e eeuw wordt de administratie nog door eenige commandeurs gevoerd, in de 18e eeuw echter resideeren te Arnhem slechts rentmeesters, later admodiateurs.

In de zomer van 1800 worden de goederen van de commanderij van St. Jan te Arnhem gesequestreerd ten behoeve van de Bataafsche natie en gebracht onder beheer van de Commissie van Breda. Hiermede wordt het contact met de orde, dat de laatste jaren had bestaan in een admodiatieverhouding met eenige Duitsche commandeurs, definitief verbroken, al blijven de goederen onder beheer van Domeinen nog een kwart eeuw bijeen. De band met het verleden blijft bewaard, doordat F.J. de Nerée, die in 1797 zijn vader als admodiateur was opgevolgd, in zijn functie bleef gehandhaafd tot 1823.
Ingevolge de wet van 27 december 1822, waarbij het Amortisatie-syndicaat werd ingesteld, had deze instelling tevens het beheer gekregen over alle nog overige staatsdomeinen, waaronder ook de goederen der voormalige commanderij van St. Jan te Arnhem behoorden. In de hierop volgende jaren, van 1823 tot 1828, worden de goederen verkocht, zoodat in het laatste jaar de commanderij als geliquideerd kan worden beschouwd.

Een zeer merkwaardig onderdeel van het archief, dat tot dusver nog niet tot zijn recht is gekomen, wordt gevormd door de inventarisnummers 522 tot 633. Reinier Kempinck, die in 1655 tot rentmeester der commanderij te Arnhem werd benoemd, was tevens gevolmachtigde der orde tot het voeren van onderhandelingen met de overheid betreffende de teruggave der ordensgoederen na de Reformatie. Dit vrij omvangrijke en zeer interessante archief van de gevoerde besprekingen en correspondentie is, nadat er in 1687 te Kleef een beschrijving van was gemaakt, weer te Arnhem terecht gekomen bij den toenmaligen rentmeester Temminck, neef en opvolger van Kempinck. Door de thans ondernomen beschrijving zijn de veertig nummers van den inventaris van 1687 uitgedijd tot 111 nummers, die echter bijeengevoegd zijn op een dergelijke wijze, dat de oude ordening nog te herkennen is. Tot deze stukken behooren ook de visitatieverslagen, waarover boven reeds werd gesproken. De bedoelde afschriften zijn waarschijnlijk vervaardigd ten behoeve der onderhandelingen, om uit drie verschillende jaren eenige aanwijzingen te hebben omtrent het goederenbezit.

Tenslotte maken wij attent op een boekje dat zich bevond in de bibliotheek van het Rijksarchief te Arnhem. Het is helaas in de Tweede Wereldoorlog verloren gegaan. Oorspronkelijk heeft het behoord tot het commanderij-archief. Het bevatte zes gedrukte verhandelingen en een afschrift van het tweede stuk, alle tezamen gebonden en getiteld:
1. Bethonica ofte Bethoninge van saeken aengaende het recht 't welcke den ridderlijcken orden van S. Johan tot Hierusalem... competeert tot derselver goederen ghelegen alomme in de Vereenighde Nederlandtsche Provintien, 1642.
2. Remonstrantie aen de Staeten des Furstendoms Gelre... raeckende het aenveerden van de Commanderye van St Johan tot Nymeghen, etc. Gedrukt in 't jaer onses Heeren 1647.
3. Anaclisis ofte weerschijn van de cracht der sententie by den Hove... op 19 December 1646 uytgesproken. Ghedruckt in 't jaer 1648.
4. Verkondinghe van de rechtveerdighe pretensie des ridderlycken Ordens van S. Jan van Jerusalem residerende tot Malta, etc. Ghedruckt in 't jaar MDCLI.
5. Insichten van de publycque rechten ende redenen, waerom... die restitutie ende redintegratie der Baliagien, commandeurien, huysen en de goederen... behoort geconsenteert te werden. Gedruckt in den jare 1652.
6. Memorien ende deductie, justificerende het recht, hetwelcke d'Ordre van Maltha heeft op de commanderien gelegen in de geunieerde Provintien, gepresenteert door den grave d'Estrades, extraordinaris ambassadeur van Vranckrijck. Gedruckt in't jaer ons Heeren MDCLXIII.
De eerste drie nummers houden verband met een civiel proces voor het Hof van Gelderland, 1646, no. 76, d.d. 19 december, tusschen Walraven Scheiffart van Merode, St Johans Ordens ridder, commandeur en receptor-generaal van de orde in Nederland, als eischer en de heeren van den magistraat van Nijmegen als gedaagden, over het aanvaarden en aantasten door den magistraat van de goederen der Nijmeegsche commanderij.

Toen de bezittingen van de commanderij te Arnhem met de nationale domeinen zijn vereenigd, is ook het archief aan het domeinbestuur overgegaan en kwam het te berusten onder den ontvanger der domeinen te Arnhem. Den 14en December 1852 verzocht de toenmalige provinciale archivaris, mr. I.A. Nijhoff, machtiging van den Commissaris des Konings tot overneming van het archief. Nadat de machtiging was verleend, werden de stukken den 7en Juni 1853 overgedragen. Na een voorloopige inventarisatie in 1856 is het archief blijven liggen, totdat mr. J.J.S. baron Sloet een inventaris heeft opgemaakt, welken hij in Juli 1885 voltooide. De onpraktische inrichting van dezen inventaris deed den Rijksarchivaris ertoe besluiten om het archief door den ondergeteekende opnieuw te laten ordenen en beschrijven. In 1903 werden van den Algemeenen Rijksarchivaris eenige bundels stukken ontvangen, welke thans onder afdeeling A, V zijn beschreven en welke stukken, als betrekking hebbend op Rijksdomeinen, via den rekenmeester der domeinen in Gelderland, op het Departement van Financiën waren terecht gekomen.
De regestenlijst is tot het jaar 1580 voortgezet, daar in dat jaar van overheidswege orde werd gesteld op het beheer der geestelijke-, kerkelijke- en kloostergoederen.
Daar er geen eenheid bestaat in de Latijnsche schrijfwijze van den plaatsnaam Jeruzalem en deze bovendien vaak is afgekort tot een viertal letters, is deze plaatsnaam overal getranscribeerd als Jeruzalem.
Wat het gebruik van den jaarstijl betreft, deelen wij mede, dat de kanselarij der orde te Rhodus en Malta Boodschapstijl heeft gebruikt, terwijl het convent te Arnhem zich aan den plaatselijken stijl zal hebben gehouden, d.w.z. dat tot het jaar 1486 de Kerststijl werd gebruikt, daarna de Jaardagstijl.