De Holwerder polders werden in 1580 bedijkt (3). In 1721 voorzagen de Friese gedeputeerde staten de voor de kust van Westdongeradeel gelegen zeepolders (de Ternaarderpolder en de beide Holwerder polders) van een - identieke - “instructie’’(4). Dit is het oudst bekende reglement van het waterschap. Het bepaalde dat het bestuur in handen kwam van een dijkgraaf en twee gedeputeerden, jaarlijks te kiezen door de “stemdragende” eigenaren, waar bij gestemd werd naar grootte van een ieders grondbezit in de polder. Jaarlijks dienden dijkgraaf en gedeputeerden de onderhoudsplichtigen (de “dijksgenoten”) samen te roepen om met hen te overleggen welke onderhoudswerken aan de zeewering uitgevoerd moesten worden. Het onderhoud van de zeewering bleef als vanouds een persoonlijke verplichting van de “dijksgenoten”. Het bestuur had te controleren of het onderhoud naar behoren werd verricht. Terwijl in de naburige contributies in 1718 het dijkonderhoud “gemeen” werd gemaakt, bleef hier dus alles bij het oude.

Het reglement van 1721 bleef ook in de eerste helft van de 19e eeuw haar geldigheid behouden.
Noch in 1822, noch in 1846 werden de Holwerder polders opgenomen in de lijst van water schappen waarvan de dijksbesturen door de Koning moesten worden benoemd. Het ontbeerde dus formele kwalificatie als waterschap. Toch werd het door de provincie, althans vanaf het midden van de 19e eeuw, wel als zodanig beschouwd.
In de jaren vijftig van de 19e eeuw, na het tot stand komen van de provinciewet, intensiveerde het provinciaal bestuur haar bemoeienis met de waterschappen. Een commissie “tot de dijksreglementen” kwam er, die o.a. als taak kreeg te bezien of de reglementen van de Holwerder polders en dat van de Ternaarderpolder herziening behoefden. De commissie vond van wel. In elk geval diende gemeenmaking van het dijkonderhoud plaats te vinden. De genoemde waterschappen werden daarop door de provincie verzocht nieuwe reglementen te ontwerpen, waarin gebroken zou worden met de “partiële” onderhoudsplicht.

De Holwerder polders ontwierpen daarop een reglement - gelijkluidend voor beide polders -, dat echter door de provincie werd afgewezen. Het provinciaal bestuur wou een inrichting van het waterschap zoals ontworpen was voor de Ternaarderpolder. Langdurig getouwtrek tussen provincie en de beide waterschappen volgde (5). De Holwerder polders stelden, onder meer, geen waterschappen maar particuliere belangenverenigingen te zijn, waarover de provincie geen gezag kon laten gelden. Achtergrond van de strijd was de angst van de polders voor de financiële consequenties van de provinciale reglementering.
De provincie trok in dit conflict uiteindelijk aan het langste eind. De in 1856 van kracht geworden nieuwe reglementen van de beide waterschappen waren grotendeels gelijkvormig aan het in hetzelfde jaar afgekondigde reglement van de Ternaarderpolder.
Het nieuwe reglement bepaalde de inrichting van het waterschap als volgt (6). Een dijksbestuur, bestaande uit een dijkgraaf en twee gedeputeerden, kreeg het dagelijks bestuur. Een uit vier personen bestaand college van volmachten werd belast met alle zaken die niet specifiek aan het dijksbestuur waren opgedragen. Dijksbestuur en volmachten hadden zes jaar zitting. Bij de verkiezingen gold een stemschaal. Gestemd werd naar kadastrale grootte van het grondbezit in de polder. Het partiële onderhoud werd afgeschaft. De kosten werden nu omgeslagen over de eigendommen, in verhouding tot de hoeveelheid dijk waarmee ze waren bezwaard. In 1857 werd bepaald dat ook het dijksbestuur behoorde tot het college van volmachten (dat nu dus uit 7 personen kwam te bestaan) (7).

In de jaren vijftig en zestig van de 19e eeuw poogde de provincie de vroegere zeepolders in het Oosten van de provincie, waaronder ook de Holwerder polders, te laten fuseren met de achterliggende zeedijkscontributies van West- en Oostdongeradeel. Dit ketste af op ver zet van laatstgenoemden, die vreesden voor lastenverzwaring (8).
Vanaf 1943 gold voor het waterschap het algemeen reglement voor de zeewerende waterschappen in Friesland. Zie voor de bepalingen daarvan de algemene inleiding. Het bijzonder reglement van het waterschap bepaalde dat de kosten van het dijkonderhoud in het vervolg zouden worden omgeslagen naar kadastrale grootte (9). Ook werd daarin de naam van het waterschap gewijzigd van Westerpolder-zeedijken onder Holwerd in West-Holwerderpolder.
Anders dan het naburig waterschap de Oost-Holwerderpolder bleef de West-Holwerderpolder ook na 1963, het jaar waarin de bestaande waterschappen ten Oosten van de veerdam te Holwerd opgingen in het nieuwe waterschap Eastergoa’s Sédiken, bestaan. Als grens werd bij deze concentratie immers uitgegaan van de veerdam te Holwerd. Bij de volgende en definitieve concentratie ‘’golf” in de jaren zeventig van de 20e eeuw was het waterschap wel betrokken. Aanvankelijk werd op een fusie met de buurwaterschappen Zeedijken van Ferwerderadeel en Eastergoa’s Sédiken aangekoerst. Deze plannen werden doorkruist door de oprichting van het waterschap Fryslân. Per 1-1-1980 werd de West-Holwerderpolder opgeheven, en gingen haar rechten en verplichtingen over naar het waterschap Fryslân.