De statuten van de nieuwe Maatschappij van Weldadigheid werden goedgekeurd bij Koninklijk Besluit van 7 juli 1859 *  . Krachtens die statuten werd de hoogste macht in de Maatschappij uitgeoefend door de Algemene Vergadering van afgevaardigden der afdelingen. De Maatschappij werd bestuurd door een directeur, die ondergeschikt was aan vijf commissarissen. Dezen werden door de algemene vergadering benoemd. De directeur vertegenwoordigde de Maatschappij en voerde de briefwisseling en het beheer, volgens het Reglement van Beheer dat door de Commissarissen werd vastgesteld *  . Directeur en commissarissen traden op 14 september 1859 in functie, waarbij zij het beheer van de Maatschappij overnamen van de Gecommitteerde der Regering, die vanaf 6 december 1856 het dagelijks bestuur in handen had gehad. De doelstelling van de "Vereeniging de Maatschappij van Weldadigheid" was "mede te werken tot verbetering van den toestand der lagere volksklassen" *  . De administratie werd vereenvoudigd en de leiding praktischer gemaakt door het bureau in Den Haag te sluiten en het beheer geheel in Frederiksoord te vestigen.

Het beleid van het nieuwe bestuur was voornamelijk gericht op de agrarische sector. De bedrijfsgrootte van de hoeven was vóór 1859 te gering gebleken en vanaf 1860 kwam hierin verandering door een reorganisatie van het grondgebruik. Door samenvoeging van de grond van de kolonisten-arbeiders ontstonden in de jaren 1864- 1867 zes grote landbouwbedrijven van omstreeks 50 ha, elk met een modern bedrijfsgebouw, die de Maatschappij onder toezicht van bedrijfsleiders in eigen exploitatie nam. Hiervoor was een verhuizing van 50 vrijboeren- en 50 arbeidersgezinnen noodzakelijk. Het bedrijfskapitaal was ten dele verkregen uit de verkoop van het gebied van het voormalig Landbouwkundig Instituut te Wateren en omgeving. Te Frederiksoord stichtte de Maatschappij de hoeve Koning Willem III, te Wilhelminaoord de hoeven De Dankbaarheid en 's-Gravenhage en te Willemsoord de hoeven Utrecht, Generaal van den Bosch en Amsterdam *  . De opbrengst ging nu regelmatig vooruit en in 1869 kon eindelijk winst op landbouw en veeteelt worden geboekt.

Het oorspronkelijke doel, de opleiding van kolonisten tot zelfstandige pachters, werd opnieuw krachtig nagestreefd. In de jaren 1859-1863 werden 210 kolonisten 'bevorderd' tot vrijboer (vóór 1859 slechts 20!) *  . Men ging zich in het bijzonder toeleggen op de bosbouw, wat de minder goede grond ten goede kwam en de werkgelegenheid bevorderde. Een grote oppervlakte aan arme bouwgrond en heide werd bebost, vooral in het gebied van kolonie nr. 7, het latere Boschoord *  .

De katoenweverij werd niet aangepast aan de eisen des tijds en werd beperkt tot zelfvoorziening. De fabrieksmatige arbeid kon echter als object van werkverschaffing niet worden gemist. Het bestuur gaf de voorkeur aan kleine industrieën, geschikt als huisindustrie: strovlechten, weven van koffiezakken en koedekken enz. Tegen het eind van de negentiende eeuw waren de voornaamste takken van fabrieksmatige arbeid de manden- en wannenmakerij en de rotanindustrie. Omstreeks 1925 kwam aan deze activiteiten van de Maatschappij echter nagenoeg een einde *  .

Toezicht en discipline bleven gehandhaafd, maar het eigen tuchtrecht was niet meer in overeenstemming met de bepalingen van het nieuwe Wetboek van Strafrecht, dat in 1886 werd ingevoerd. Voortaan werd in ernstige gevallen de hulp ingeroepen van de burgerlijke rechter. In het begin van deze eeuw werden voor de kolonisten speciale huurcontracten ingevoerd. Ontsporingen kwamen echter steeds minder voor; de invloed van de vaste bevolkingskern werd onmiskenbaar *  .

Het ledental steeg weer. Vele giften kwamen binnen, waaronder die van het Koninklijk Huis. Het aantal legaten ten gunste van de Maatschappij nam eveneens aanzienlijk toe *  .

Al vanaf de oprichting zag het bestuur van de Maatschappij het nut van propaganda in. Vanaf 1819 had het een eigen tijdschrift, De Star genaamd, waarin naast officiële stukken en de jaarlijkse verslagen, Johannes van den Bosch in tal van verhandelingen zijn plannen ontvouwde en verdedigde. In 1826 hield De Star op te bestaan en werd vervangen door De Vriend des Vaderlands, dat in december 1842 voor het laatst verscheen. Vanaf 1865 verscheen het jaarboekje Erica, waarvan de baten ten goede kwamen aan het gehele onderwijs in de koloniën *  .