Op kerkelijk gebied gedroeg de Maatschappij zich strikt neutraal. Een bepaalde godsdienst werd niet voorgeschreven. Dit zou ook in strijd zijn geweest met de doelstelling: de koloniën als toevluchtsoord voor alle armen *  . Van den Bosch zag wél in de godsdienst het beste middel om de mensen tot "zedelijkheid" te brengen. De kolonisten moesten dus daarvan een gepast gebruik maken. Op straffe van een boete van 2 stuivers werden zij gedwongen de godsdienstoefeneningen van hun kerkgenootschap bij te wonen, terwijl kinderen naar catechisatie moesten. De verschillende protestantse gezindheden werden hierbij over één kam geschoren en alle naar de Nederlands Hervormde kerk gestuurd, in de dichtstbijzijnde dorpen Vledder en Steenwijkerwold. Het verplichte kerkbezoek was echter een bron van moeilijkheden en de controle erop betekende voor de directie een grote zorg. De afstand tot de kerken in de omgeving was groot en de kerken waren weldra te klein voor de snelgroeiende koloniebevolking, met name de Nederlands Hervormde kerk te Vledder. De dominee aldaar werd bijgestaan door een hulpprediker, die elke zondagavond 'toespraken' ' eigenlijk een kerkdienst ' hield in de hoofdschool te Wilhelminaoord, in het lokaal waar 's-morgens de mis was opgedragen *  .

Eigen kerkgebouwen en geestelijken werden wenselijk, maar voor de Maatschappij was dit te duur en het bestuur liet het aan de regering over. Vanaf 1822 werd de mis in Wilhelminaoord in het schoolgebouwtje opgedragen; pas in 1845 kwam er een Rooms Katholieke kerk. Protestantse godshuizen verrezen nog enige jaren later in Frederiksoord en Willemsoord. De school, die in 1838 voor de vrij talrijke joden in Willemsoord werd gebouwd, deed tevens dienst als synagoge *  .

De geestelijke verzorging in Veenhuizen werd sneller en krachtiger ter hand genomen dan in de vrije koloniën. Een protestantse en katholieke kerk met bijbehorende parochies werden er in 1826 in gebruik genomen *  . Naderhand waren er twee hervormde predikanten in Veenhuizen. Ook werd er een kleine synagoge gesticht *  .