Bij de fusie tussen het hoogheemraadschap van Rijnland en de drie inliggende waterschappen (Wilck en Wiericke, Oude Rijnstromen en Groot-Haarlemmermeer) werd het archief van waterschap Groot-Haarlemmermeer in de archiefbewaarplaats van Rijnland opgenomen. Het archief kende een vrij ingewikkelde structuur. Voor stukken die betrekking hebben op de Haarlemmermeer werd een tijdlang de rubriekenstructuur voortgezet die in gebruik was bij de Haarlemmermeerpolder. Daarnaast was er een archiefblok over de periode 1979-1999, waarin ook stukken zaten die betrekking hebben op de Haarlemmermeer. Dit archiefblok werd in 2003 geïnventariseerd door Doxis. Het archief werd voortgezet in een archiefblok 2000-2019, dat in werkelijkheid uiteraard liep tot de opheffing van het waterschap per 1 januari 2005. Naast het rubriekendeel en beide omvangrijke archiefblokken was er een afzonderlijk mijlpalenarchief. In dit archief bevonden zich stukken die betrekking hebben op de in 59 mijlpalen verdeelde ringdijk van de Haarlemmermeerpolder. Deze indeling in mijlpalen vormde ook de ordening van dit archiefblok. Hierin bevonden zich stukken over verpachting (oranje mappen), opstalverlening (blauwe mappen) en vergunningen (roze mappen). Tot slot was er een archiefblok waarin stukken zaten die betrekking hebben op de luchthaven Schiphol. Het geheel was toegankelijk door middel van diverse toegangen. Er waren inventarissen van het rubriekendeel en het archiefblok 1979-1999 en een postregistratiebestand in Microsoft Excel van het archiefblok 2000-2019 (2004). Het mijlpalenarchief was toegankelijk op mijlpaalnummer. Op elk van de gekleurde omslagen waren de adressen genoteerd waarvan stukken voorhanden waren. Het Schipholarchief was niet toegankelijk.

In 2018 werd het archief door het bedrijf DOCFactory uit Rijswijk geïnventariseerd. De inventarisatoren van DOCFactory kregen de opdracht mee een beschrijvende inventaris te maken volgens een aangeleverd archiefschema. De bedoeling was alle archiefblokken ineen te schuiven en het mijlpalenarchief te splitsen naar de verschillende onderwerpen (verlening van opstal bij eigendommen, vergunningen bij toezicht) met handhaving van de ordening op mijlpaalnummer. Stukken uit dit blok die betrekking hebben op verpachting zijn niet in de inventaris meegenomen. Deze dossiers zijn vernietigbaar, zullen binnen Rijnland bekeken worden op relevantie voor de organisatie en daarna of worden vernietigd of van een bewaartermijn worden voorzien. Het Schipholarchief is vanwege de complexiteit als archief intact gelaten en opgenomen in een afzonderlijke rubriek in de inventaris. Selectie vond plaats aan de hand van de Lijst van voor vernietiging/bewaring in aanmerking komende archiefbescheiden van waterschappen van na 1935 (Goedgekeurd bij ministeriële beschikking van 18 januari 1993, afgekondigd op 8 april 1993, Stc. no. 69.). Na goedkeuring van de V-lijst door de waterschapsarchivaris dd. 4 juli 2018 zijn de voor vernietiging in aanmerking komende dossiers door DOCFactory vernietigd.