De polder is gesticht in 1658 door samenvoeging van de Floris Schoutenpolder, de Vrouwenpolder en nog niet ingepolderde landen naast de Zandsloot en de Heereweg. *  Reeds in 1565 hadden dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland vergunning verleend aan Cornelis Willemszoon, schout van Sassenheim, en de ingelanden van Sassemerbroek om ongeveer 150 morgen land in Sassemerbroek te bemalen en het water uit te slaan op de Kleine Poel. *  In 1632 kregen de ingelanden van ongeveer 130 morgen land tussen de Sassenheimervaart, de Vlietsloot (later bekend als de Kooisloot), de Menneweg en de Heereweg, waarin een oud poldertje van 78 morgen lag, vergunning om van hun landen één polder te maken en het water uit te slaan op de Sassenheimervaart. *  De omschrijving van de grenzen en de genoemde oppervlakte van 130 morgen laten er geen twijfel over bestaan dat deze polder de Floris Schoutenpolder is. *  Wat de relatie is tussen de Floris Schoutenpolder en de in 1565 door de schout van Sassenheim en andere personen in hetzelfde gebied gestichte polder van 150 morgen, is niet duidelijk. De schout uit 1565 heette Cornelis, geen Floris. Een zekere Floris Cornelisz. Schouten werd in 1621 genoemd als plaatselijke notabel, maar niet als schout. * 

De Vrouwenpolder was tot stand gekomen in 1633, toen de eigenaars van ongeveer 50 morgen land onder Sassenheim en Warmond, in het gebied tussen de Menneweg, de ringsloot van de Hemmeerpolder en de Zandsloot vergunning kregen om hun land tot één polder te maken. De molen van de aldus ontstane polder sloeg zijn water uit op de Zandsloot. *  De naam van de polder zou ontleend zijn aan de bezittingen van de abdij van Rijnsburg, in de Middeleeuwen een vrouwenklooster. * 

De samengevoegde polder werd Floris-Schouten-Vrouwenpolder genoemd en stond in de volksmond ook bekend als de Geelhoornsepolder. In het noordoosten werd de polder begrensd door de Sassenheimervaart en de ringsloot van de Lisserpoelpolder, in het zuidoosten door de Kooisloot, in het zuidwesten door de ringsloot van de Hemmeer en de Zandsloot en in het noordwesten door de straatweg langs de bebouwde kom van Sassenheim en de Kerkstraat. Het grootste deel van de polder behoorde tot Sassenheim, een klein gedeelte in het zuiden viel onder Warmond. * 

Kort voor de Tweede Wereldoorlog kwam de rijksweg Amsterdam - Den Haag tot stand, die de polder doormidden sneed. Veertig jaar later werd parallel aan de rijksweg de spoorlijn van Leiden naar Schiphol aangelegd. Het poldergedeelte tussen de rijksweg en de oude bebouwde kom van Sassenheim werd grotendeels volgebouwd. * 

In december 1962 verzochten Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland het polderbestuur eens goed na te denken over een fusie met de Kooipolder, die (sinds 1928) door de Floris-Schouten-Vrouwenpolder bemalen werd. Het bestuur reageerde afwijzend, waarop GS besloten voorlopig van samenvoeging af te zien. * 

De algemene concentratie van polders binnen Rijnland betekende het einde van de polder als zelfstandig bestuurslichaam. Op 1 januari 1979 werd de polder opgeheven en opgenomen in het nieuw gevormde waterschap De Oude Veenen.