Het gebied van de polder Middelburg maakte oorspronkelijk deel uit van de Verenigde polder aan de Oostzijde van de Gouwe. Middelburg zelf kende weer de indeling Nieucoop in het noorden, Foreest in het midden en het eigenlijke Middelborch in het zuiden. In 1801 verzochten ingelanden, eigenaars van landerijen in Middelburg en een gedeelte van Spoelwijk, allen onder het ambacht van Middelburg gelegen, hun landen te mogen "insteken, uitveenen en verslagturven en weder droogmaken". Zij richtten zich met hun verzoek behalve tot Rijnland ook tot het "vertegenwoordigend lichaam des Bataafschen volks". *  Op 6 juli 1802 werd de vergunning tot bedijking, vervening en droogmaking door Rijnland verleend. De vervening vond plaats naar een reglement van 17 juli 1802. *  In 1811 verzochten J. van Leeuwen en D. Schenk als eigenaars van de hofstede Spoelwijk aan D&H het in 1802 vergunde octrooi, vanwege onvoldoende veenstoffen in het land, in te trekken. Bij besluit van 14 december 1812 werd dit deel van Spoelwijk van vervening uitgesloten en bleef sindsdien deel uitmaken van polder Rijneveld. *  Het genoemde reglement werd daarna nog enkele malen gewijzigd, het laatst op 5 maart 1855. * 

In 1842 werd de ringdijk voltooid en in 1862 gesloten. De termijn van natvening was bepaald op 60 jaren. Een jaar voor het verstrijken van deze termijn moest het veenbestuur een plan van droogmaking ter goedkeuring aan Rijnland inzenden. Dit plan werd bij besluit van 8 maart 1861 door D&H van Rijnland goedgekeurd en er kon met de droogmaling worden begonnen. *  Op de in 1861 vervaardigde poldergrenskaart zien we dat de grens in die tijd in het noorden werd gevormd door de Spoelwijksekade. Oostelijk was dat de Alphens en meer zuidwaarts het Schinkeldijkje en de weg naar Reeuwijk. Zuidelijk de ringvaart en westelijk de Middelburgse weg, de noordzijde van de boezemkade en meer noordwaarts het Nieuwkoopse dijkje. * 

Tot 1864 bleef Middelburg deel uitmaken van de Verenigde polder aan de Oostzijde van de Gouwe. Toen de bedijking gereed was en de droogmakerij van een eigen gemaal voorzien was, werd een nadere regeling noodzakelijk. Dit resulteerde in een afscheiding van de Verenigde polder aan de Oostzijde van de Gouwe bij Statenbesluit van 9 november 1864. *  Na afscheiding van de Verenigde polder aan de Oostzijde van de Gouwe vielen er verschillende gemeenschappelijke waterstaatkundige belangen te regelen. Het betrof met name het onderhoud van de Gouwekade en het bemalen van de buiten de ringdijk doch binnen de grenzen van Middelburg gelegen percelen. In de in 1864 gesloten overeenkomst daaromtrent werd vastgelegd dat de Verenigde polder verplicht was deze landen tegen een jaarlijkse vergoeding te bemalen en dat de Verenigde polder tegen vergoeding ook het onderhoud van de Gouwekade op zich zou nemen. Toen in 1897 de provincie de onderhoudsplicht van de Gouwekade op zich nam, brak er tussen beide partijen een conflict uit betreffende de genoemde financiële afspraken. Dit geschil werd in 1900 opgelost door het sluiten van een nieuwe overeenkomst, waarvan de bepalingen in 1901 onder de artikelen 8 en 9 in het nieuwe bijzondere reglement werden overgenomen. * 

In 1965 zijn de Verenigde polder aan de Oostzijde van de Gouwe en de polder Rijneveld samengevoegd tot de Gouwepolder. Dit leidde tot herziening van het bijzonder reglement voor polder Middelburg. De tot de polder Middelburg behorende gronden die door de Verenigde polder bemalen werden, werden in de nieuwe polder opgenomen. De verrekening van de kosten van bemaling kon daardoor komen te vervallen. Polder Middelburg tekende tegen deze herziening bezwaar aan. Door de voorgestelde grenswijzigingen kwamen de ringvaart, de Middelburgseweg en Spoelwijkse dijkje, alsmede enige boerderijen welke geheel op polder Middelburg waren aangewezen buiten de polder te liggen. Het polderbestuur vreesde hierdoor geen toezicht meer te kunnen uitoefenen op het baggeren in de vaart, waardoor verzakking van de ringdijk, doorbraak van de dijk en verzakking van de Middelburgseweg zouden kunnen optreden. Bovendien zou de polder door verlies van omslagplichtig gebied schade lijden. Verder vreesde het bestuur onderhoudsplicht voor de Reewalsloot die binnen de polder kwam te liggen en had het bezwaar tegen het insluiten binnen de grens van de Gouwepolder van enkele perceeltjes land bij de ringdijk van de polder, waardoor de grens een hoekig verloop kreeg. Deze bezwaren werden door G.S. van Zuid-Holland ongegrond verklaard. *  Verklaarbaar waren deze bezwaren wel. De polder had veel wegen en bruggen in onderhoud. De toenemende verkeersintensiteit zorgde voor meer onderhoud aan wegen en bruggen, de onderhoudskosten drukten dan ook zo zwaar op de begroting dat er steeds naar oplossingen werd gezocht om de verkeerssituatie te verbeteren en de financiering rond te krijgen.