Op 17 juli 1624 deden dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland uitspraak in een proces tussen de verzoekers van inpoldering van het gebied tussen de Drecht, de Oude Wetering, de Heilige Geestlaan en de Herenweg en enige opposanten van het kerkgebod, waarbij de opposanten in het ongelijk werden gesteld. In de daaropvolgende jaren kwamen een nieuwe molen, een verlaat, dammen en andere werken, benodigd voor de totstandkoming van de polder, gereed. De molen moet in 1626 al in werking zijn geweest. De bouwkosten van molen en verlaat werden betaald in twee termijnen: op 22 oktober 1626 en 22 oktober 1627. De oppervlakte van het ingepolderde gebied bedroeg volgens de meting van Jan Pieterszoon Dou ruim 202 morgen. * 

In 1632 werd de polder vergroot met 39 morgen, gelegen ten zuiden van de Heilige Geestlaan, in het oosten begrensd door de Herenweg, in het zuiden door de Joosgen Tollenwatering en in het westen door het Braassemermeer. Deze vergroting was het gevolg van een op 2 februari 1632 gesloten overeenkomst tussen de landeigenaars in dit gebied en de ingelanden van de polder. Hierbij werd bepaald dat eerstgenoemden voortaan zouden uitwateren op de polder door middel van een duiker door de Heilige Geestlaan. De eigenaars van de landen ten zuiden van deze weg moesten eerst een kade leggen om het aan de polder toe te voegen gebied en tevens moesten zij een bijdrage betalen in de kosten van de totstandkoming van de Heilige Geestpolder. Op 13 maart 1632 werd de overeenkomst door dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland goedgekeurd. * 

De polder had volgens de rekeningen uit het laatste kwart van de zeventiende eeuw een oppervlakte van 236 morgen. *  In 1698 besloten ingelanden uit het gebied tussen Herenweg, Heilige Geestlaan, Oude Wetering en Drecht aan de Staten van Holland en West-Friesland octrooi te vragen om hun reeds grotendeels verveende landen te mogen bedijken en droogmaken. Nadat de ambachtsvrouwe van Rijnsaterwoude en Leimuiden en de schout en de ambachtsbewaarders van deze beide ambachten daartoe een rekest bij de Staten hadden ingediend, verleenden de Staten op 16 april 1699 het verlangde octrooi. *  De droogmaking leidde tot een splitsing van de polder. Zo lang het werk nog niet voltooid was, bleef de Heilige-Geestpolder bestuurlijk nog één geheel. Na de voltooiing van de droogmaking in 1707 kregen de 'geoctrooieerde' Heilige-Geestpolder en het niet drooggemaakte gedeelte van de polder een afzonderlijk bestuur. De geoctrooieerde polder, later Groote Heilige-Geestpolder genaamd, omvatte naast het gebied ten noorden van de Heilige Geestlaan ook een klein gedeelte van het in 1632 aan de Heilige-Geestpolder toegevoegde gebied ten zuiden van de Heilige Geestlaan. Het grootste deel van dit gebied was niet bij de droogmaking betrokken en zou voortaan de Kleine Heilige-Geestpolder vormen. *