aparte status
Binnen de concentratiekampen die onder het Wirtschafts- und Verwaltungshauptamt van de SS vielen, nam Bergen-Belsen een bijzondere plaats in. Bergen-Belsen was bedoeld als uitwisselingskamp: in ruil voor deviezen of de vrijlating van hun het buitenland geïnterneerde landgenoten waren de Duitsers bereid joodse gevangenen te laten gaan. In het voorjaar van 1943 werd begonnen met de inrichting van het kamp voor joden die wegens hun "ruilwaarde" buiten de vernietigingsplannen vielen.

Als locatie voor dit "Aufenthaltslager" werd een leegstaand gedeelte van het voormalig krijgsgevangenenkamp Bergen-Belsen aangewezen. In het begin van de oorlog waren er Belgische en Franse krijgsgevangenen ondergebracht; sinds de Duitse aanval op Rusland in juni 1941 werd het kamp bevolkt door duizenden Sovjet-krijgsgevangenen. Nadat het merendeel van hen aan honger, kou of ziekte was omgekomen, was alleen het kamplazaret nog in gebruik.

De omstandigheden in het Aufenthaltslager Bergen-Belsen verschilden aanmerkelijk van die in de overige concentratiekampen. Omdat het een uitwisselingskamp was bestond de gevangenenpopulatie voornamelijk uit families en waren er veel kinderen aanwezig. Lange tijd bestond de kampbevolking vrijwel uitsluitend uit joden. De eerste "Austauschjuden" arriveerden op 7 juli 1943, nadat in de voorafgaande maanden enkele honderden gevangenen uit Buchenwald, Niederhagen en Natzweiler het kamp bewoonbaar hadden gemaakt. Tussen januari en september 1944 kwamen vanuit Westerbork acht transporten met 3.670 Nederlandse joden aan *  . Zij werden ondergebracht in een gedeelte waar ook Griekse en later Franse, Noord Afrikaanse, Joegoslavische en Albanese joden terecht kwamen. Omdat de gevangenen een ster moesten dragen op hun burgerkleding raakte dit kampgedeelte bekend onder de naam "Sternlager". In 1944 werden twee grote groepen kinderen uit Westerbork in zogeheten wezen-barakken ondergebracht. De eerste groep kwam medio september aan en bestond uit kinderen die zonder hun ouders op een onderduikadres waren opgepakt en veelal hun eigen naam niet wisten. Begin december bleven 56 Nederlandse kinderen achter toen hun ouders het kamp moesten verlaten *  . Aanvankelijk zouden hun ouders in de diamantindustrie tewerkgesteld worden maar toen dat niet doorging werden de mannen doorgezonden naar Sachsenhausen en de vrouwen naar Beendorf.

Joden die de nationaliteit bezaten van neutrale staten als Turkije, Portugal en Spanje, werden in een apart gedeelte van het kamp ondergebracht, het Neutralenlager. Tussen juli 1943 en december 1944 werden minstens 14.600 joodse gevangenen binnengebracht *  . De gevangenen hadden de gebruikelijke vernederingen te verduren zoals strafappèls en -corvees. Ook honger, ziekte en ongedierte teisterden het kamp. Omdat de gevangenen voorbestemd waren voor uitwisseling kwamen mishandelingen en zware arbeid echter minder voor dan in de andere kampen. Voorkomen moest immers worden dat de ware aard van concentratiekampen in het buitenland bekend zou raken. Het was toegestaan persoonlijke bezittingen in het kamp mee te nemen. Aan deze relatief bevoorrechte positie kwam een einde toen commandant Hauptsturmführer Adolf Haas op 2 december 1944 werd afgelost door Hauptsturmführer Josef Kramer.

Het merendeel van de gevangen zag de hoop op uitwisseling nooit verwezenlijkt. Slechts in enkele honderden gevallen is het daadwerkelijk tot een uitwisseling van gevangenen gekomen. In februari 1944 gingen 367 joden met de Spaanse nationaliteit naar Spanje. In juli 1944 vertrokken 222 joden naar Palestina en verlieten zeventig joden met een Britse paspoort het kamp. Bijna alle 1.600 Hongaren kregen in augustus en december 1944 een vrijgeleide naar Zwitserland en 105 joden met de Turkse nationaliteit bereikten via Zweden Istanbul. Eind januari 1945 vond een Duits-Amerikaanse uitruil plaats waarbij 301 joden betrokken waren. Van hen kwamen 136 aan in Zwitserland, de overigen strandden in Zuid-Duitse interneringskampen *  .

uitbreidingen
Naast het Sternlager bestond het Häftlingslager, het enige deel waar alleen mannelijke niet-joden waren ondergebracht. Aanvankelijk werd dit bewoond door leden van het bouwcommando maar toen dat eind februari 1944 werd opgeheven, werd het gebruikt als lazaret voor zieke gevangenen uit andere kampen. Hoewel het door de SS cynisch "Erholungslager" werd genoemd, waren er nauwelijks artsen en medicijnen aanwezig.

In de zomer van 1944 werden grote tenten neergezet aan de zuidkant van het kamp waar duizenden joodse vrouwen werden ondergebracht. Veel van hen waren afkomstig uit Auschwitz, zoals Margot en Anne Frank die eind oktober 1944 aankwamen. Nadat op 7 november een zware storm de tenten had verwoest, werden de vrouwen overgebracht naar barakken die hadden dienstgedaan als kledingmagazijn voor de SS.

Vanaf eind 1944 kwamen tienduizenden gevangenen in Bergen-Belsen aan, die waren geëvacueerd uit de kampen in de frontzone. Hoewel het kamp werd uitgebreid raakte het overvol en braken epidemieën uit. Een deel van het oorspronkelijke Sternlager werd ingericht voor mannelijke gevangenen en ging Häftlingslager II heten. De krijgsgevangenen die nog in het lazaret verbleven, maakten in januari 1945 plaats voor vrouwelijke gevangenen. Ter onderscheid van de barakken waar het kledingmagazijn voor de vrouwen was ingericht, ging dit gedeelte Großes Frauenlager heten. Ook in de barakken van het twee kilometer verderop gelegen militair oefenterrein werd plaats vrijgemaakt voor gevangenen. De toestroom van grote groepen gevangenen had niet alleen ingrijpende gevolgen voor de toch al slechte hygiënische toestand, maar bracht ook veranderingen met zich mee in de samenstelling van de kampbevolking. Vormden de Nederlanders in de late zomer van 1944 nog de grootste nationale groep, tegen het eind van dat jaar hadden Polen en Hongaren die positie overgenomen. Ook maakten de joden niet langer het overgrote deel van de kampbevolking uit: hun aandeel zonk van bijna negentig tot vijftig procent. De nieuw gearriveerde gevangenen waren hoofdzakelijk politieke gevangenen, hun aantal benaderde dat van de joden. Daarnaast komen zo’n 150 Jehovah's Getuigen en 1.800 Roma en Sinti in de gevangenenregisters voor *  .

evacuatie en bevrijding
Vlak voor de bevrijding van het kamp vertrokken drie transporten met joden naar Theresienstadt. Slechts één bereikte het ghetto in Tsjechoslowakije, de beide andere treinen werden na lange omzwervingen door de geallieerde legers onderschept. Op 13 april stuitte een trein bij Farsleben op Amerikaanse troepen, tien dagen later hielden eenheden van het Rode Leger de tweede trein tegen in de omgeving van Tröbitz.

Toen Britse troepen op 15 mei 1945 Bergen-Belsen betraden, troffen zij daar duizenden lijken aan die in de open lucht waren achtergelaten. Veel van de 55.000 overlevende gevangenen hadden door honger en uitputting niet meer de kracht hun bevrijders te verwelkomen. Bijna een kwart van hen zou binnen enkele weken sterven. De overigen werden naar ziekenhuizen in de omgeving overgebracht. In de 23 maanden dat Bergen-Belsen in bedrijf was, stierven rond de vijftigduizend gevangenen *  . Op 21 mei staken de Engelsen met vlammenwerpers de laatste barakken in brand.

Een deel van de bevrijde gevangenen werd ondergebracht in een noodhospitaal dat was ingericht op het nabijgelegen militaire oefenterrein Bergen-Hohne. In de zomer kregen deze barakken steeds meer de functie van een opvangkamp voor ontheemden. Medio 1946 verbleven hier alleen joodse "Displaced Persons" en was de stroom van nieuwe vluchtelingen nog steeds niet opgedroogd. Pas tussen mei en juli 1950 verlieten de laatste DP’s het opvangkamp.

Tegen enkele tientallen SS-bewakers en kapo's van Bergen-Belsen begon op 17 september 1945 in Lüneberg een proces. Dit was het eerste proces dat op Duitse bodem tegen oorlogsmisdadigers werd gehouden. In mei 1946 vond een tweede Bergen-Belsenproces plaats. In totaal werd tegen vijftien aangeklaagden de doodstraf voltrokken.