Bij de vorming van zijn derde kabinet in ballingschap zag minister-president prof.mr. P.S. Gerbrandy het belang in van uitbreiding van het kabinet met "personen die het vertrouwen in bevrijd Nederland bezitten en die tevens door bezet Nederland gaarne aanvaard worden" *  . Tot de zeven nieuw aangetreden personen uit het bevrijde Zuiden behoorde Tromp. Op 5 april 1945 werd hij beëdigd als Minister van Waterstaat. Dit laatste oorlogskabinet werd op 24 juni 1945 ontbonden waarna de regering-Schermerhorn aantrad. Hiermee kwam ook een eind aan de politieke loopbaan van Tromp.

Als Minister van Waterstaat ontwikkelde Tromp een plan ter versnelling van de herstel-werkzaamheden aan de dijken op Walcheren, die op vier plaatsen door Engelse bombardementen vernield waren *  . Ondanks aanvankelijke scepsis werd zijn plan gedeeltelijk uitgevoerd. Tromp wilde de gaten in de dijken dichten met stalen torpedonetten, enkele grote betonnen caissons die waren overbleven bij de bouw van de zogenaamde Mulberry-havens voor de Normandische kust en trapeziumvormige betonblokken (beetles) die eveneens bij de Mulberry-havens waren gebruikt. Van die netten en beetles lagen in Engeland grote voorraden. Tromp liet onderzoeken in welke buitenlandse havens materieel van de grote Nederlandse waterbouwkundige aannemersbedrijven lag, en liet dat met spoed naar Walcheren zenden. Zijn Belgische collega-minister stond zwaar materieel af dat in de haven van Zeebrugge lag en het geallieerd opperbevel leverde baggerbakken die op de Westerschelde gebruikt waren als ankerplaats voor de grote luchtballons om de Duitse vliegtuigen op een afstand te houden. Tenslotte haalde Tromp vertegenwoordigers van alle grote waterbouwkundige aannemers naar Walcheren.