Zowel aan de inventaris-Van Es, waarin de archieven van de Commissie en van de ingenieurs beschreven zijn, als aan de plaatsingslijst van Middelkoop, kleefden bezwaren van archieftechnische aard, met name t.a.v. de stukken van bijzondere aard. De beschrijvingen hiervan waren onvolledig en te summier. Bovendien waren de stukken niet in eenduidig omschreven rubrieken ingedeeld. Ook bleek het nodig de notulen, de ingekomen stukken en de minuten van uitgaande stukken te controleren op de juiste chronologische en numerieke volgorde.

De ingenieurs die aan de Commissie van beheer en toezicht over de droogmaking van het Haarlemmermeer waren toegevoegd, kunnen beschouwd worden als zelfstandige archiefvormers.
Zij voerden een eigen correspondentie, ondertekenden hun brieven zelf en hielden agenda's bij. Ook in de tijd dat zij werkzaam waren bij de Haarlemmermeerwerken, werden hun archieven als zelfstandige eenheden aangeduid. Dit blijkt bijvoorbeeld uit het proces-verbaal van overdracht van de ingenieursarchieven (door ingenieur J.A. Beijerinck aan ingenieur N.T. Michaëlis) . Hierin worden twee archieven onderscheiden, namelijk het archief van ingenieur P. Kock en dat van ingenieur J.A. Beijerinck. * 

Strikt genomen moet ingenieur F.W. Conrad ook als zelfstandig archiefvormer worden beschouwd. Op archivistische gronden zijn de door hem gevormde archiefbestanddelen en die van zijn opvolger als behorende tot één archief beschreven. Er is namelijk geen sprake van een cesuur in de archiefvorming: J.A. Beijerinck neemt de agenda van F.W. Conrad over en zet de door de laatste gehanteerde nummering van de ingekomen en minuten van uitgaande stukken voort.
Uit het eerder genoemde proces-verbaal, waarin een korte beschrijving van de betreffende archiefbestanddelen is opgenomen, blijkt ook dat soms archiefvermenging heeft plaatsgevonden. Zo zijn een aantal door J.A. Beijerinck gevormde stukken over onteigeningen in het archief van P. Kock terechtgekomen. Deze zijn moeilijk te scheiden van de stukken van Kock. Een bijkomende complicatie is dat beide ingenieurs nauw samenwerkten. Door middel van verwijzingen in het archief van F.W. Conrad en J.A. Beijerinck wordt de onderzoeker hierop attent gemaakt.

Een strikte scheiding tussen het archief van de Commissie en de archieven van de ingenieurs is niet altijd duidelijk aan te geven. Er komen soms dezelfde rubrieken in voor met soms ogenschijnlijk dezelfde stukken.
Het Commissiearchief bevat grosso modo echter de expedities, toegezonden door de hoofdingenieurs van de Waterstaat in de provincies Noord- en Zuid-Holland, terwijl de ingenieursarchieven grosso modo minuten van afschriften van de stukken die, via de hoofdingenieurs van de Waterstaat in de provincies Noord- en Zuid-Holland, als expedities bij de Commissie binnengekomen zijn; daarnaast werden in de ingenieursarchieven ook lijsten en staten aangetroffen met betrekking tot de eigen taakuitvoering. Vanwege dit doublure-karakter is een deel van de ingenieursarchieven vernietigbaar, omdat zich in deze archieven in hoofdzaak stukken bevinden daterend van voor 1850 is van vernietiging afgezien.

Ter verduidelijking zijn in alle afdelingen van de inventaris bij de relevante inventarisnummers kruisverwijzingen aangebracht.

Bij het ordenen van de archieven is zoveel mogelijk rekening gehouden met de oude ordening, d.w.z. de series notulen, ingekomen stukken en minuten van uitgaande stukken zijn intact gelaten. Wel zijn de naar onderwerp geordende stukken en aan aantal losse stukken aan een nieuwe ordening onderworpen. Bij de indeling van de beschrijvingen van deze archiefbestanddelen is zoveel mogelijk rekening gehouden met de taakuitvoering van de Commissie van beheer en toezicht over de droogmaking van het Haarlemmermeer.

De relatie tussen de kaarten en tekeningen en de bijbehorende archiefbestanddelen is niet gemakkelijk te leggen en in een vrij groot aantal gevallen zelfs ondoenlijk. Bij een grote categorie van kaarten zoals de uittreksels uit de kadastrale plans van de verschillende gemeenten, is dit ook weinig zinvol. Deze categorie betreft duidelijk archiefkaarten, want ze zijn door het lid van de commissie P.T. Grinwis aangevraagd. Ze kunnen gediend hebben bij de voorbereidende werkzaamheden-denk aan terreinverkenning en onteigeningen. Een tweede categorie van tekeningen waarvan de relatie met de archiefstukken moeilijk vastgesteld kan worden, betreft de schetsen en ontwerpen. Deze hebben meestal geen titel en zijn ongedateerd (titel en datering zijn tussen vierkante haken in de beschrijving opgenomen). Ook bij kaarten en tekeningen met archiefkenmerken is het leggen van de relatie verre van eenvoudig. Allereerst het ontwikkelingsstadium. Hebben we te maken met de minuut of met de expeditie? De minuut behoort tot een van de ingenieursarchieven, de expeditie daarentegen tot het archief van de Commissie van beheer en toezicht. Het netexemplaar verzond ingenieur P. Kock bijvoorbeeld aan de hoofdingenieurs van de Waterstaat van Noord-Holland en Zuid-Holland, beide leden van de Commissie.

Vervolgens zorgden deze functionarissen ervoor dat de stukken, waaronder de bijbehorende kaarten en tekeningen, bij de Commissie terecht kwamen. Door het ontbreken van de agenda's echter kan de loop van de stukken niet gereconstrueerd worden. Ook de indices bieden weinig houvast. Het onderwerp is nog wel te bepalen, maar het vinden van het juiste sub-onderwerp levert behoorlijk wat moeilijkheden op. Het onderwerp "Ringvaart en ringdijk" bijvoorbeeld is uitgesplitst in een groot aantal onderdelen, zoals "Zwartepolder te Rietwijkeroord tot het dorp Sloten", "de Kaag tot de Oude Wetering en in de Akerpolder", "onder Roversbroek". Bij welk dijkvak moeten we zoeken? Wanneer zijn de stukken aan de Commissie van beheer en toezicht aangeboden?