De archieven gevormd voor 1955 zijn deels geordend volgens het agendastelsel, tenminste voorzover het stukken van meer algemene aard betreft. Voor een ander deel, en wel voornamelijk met betrekking tot onderzoekingen, herkent men het streven om tot dossiers te komen. De ingekomen en uitgaande stukken werden in aparte brievenboeken ingeschreven.

Kort na het betrekken van het nieuwe gebouw te IJmuiden werd bij het RIVO in 1955 het archief als een centrale eenheid en volgens het dossierstelsel ingericht. Een en ander kwam tot uitvoering op basis van K.B. no. K. 425 van 2 oktober 1950, houdende voorschriften voor de behandeling van post- en archiefzaken bij de rijksadministratie. De dossiers werden, voor wat betreft .07 (organisme) en .08 (personeel), geclasseerd volgens het Registratuurplan van het ministerie van Landbouw en Visserij. Het taakgedeelte was geclasseerd volgens de archiefcode RIVO, waarbij voor een deel de U.D.C. werd gebruikt.

In 1963 verzocht de toenmalige directeur van het RIVO, prof.dr. P. Korringa het ministerie om de bij het instituut berustende oude archieven toegankelijk te willen maken. Bij proces-verbaal van 7 februari 1964 werden de archieven van de Wetenschappelijk Adviseur in Visscherijzaken, het Rijksinstituut voor het Onderzoek der Zee, het Rijksinstituut voor Visscherij Onderzoek, het Rijksinstituut voor Biologisch Visscherij Onderzoek, het Rijksinstituut voor Hydrografisch Visscherij Onderzoek en het (2e) Rijksinstuut voor Visserij Onderzoek (tot 1955) overgedragen aan het Hoofd van de Centrale Afdeling Post- en Archiefzaken van het Ministerie van Landbouw en Visserij. De archieven werden overgebracht naar het archiefdepot van het ministerie in Zuid-Holland te Lisse alwaar de heer R. de Kok, Hoofdregistrator Buitendienst van de reeds eerder genoemde ministeriële afdeling de inventarisatie ter hand nam. Deze inventaris kwam in 1966 gereed. In 1977 werden de archieven in verband met een verhuizing van de departementale archiefbewaarplaats overgebracht naar de Oude Haagweg 547 te 's-Gravenhage. In 1979 werden nogmaals 240 dozen met dossiers uit de periode 1955-1970 overgedragen. Medio augustus 1990 werd het gehele archief overgebracht naar het Regionaal Archiefdepot Noord-Holland aan de Toekanweg te Haarlem. Uit het archief 1955-1970 is in het verleden reeds verschillende keren vernietigd, waarvan verklaringen in het archief aanwezig zijn (zie inv.nr. 368).