In 1841, bij de opheffing van de ressortadministratie, zijn inventarissen opgemaakt van de destijds bij de administrateur berustende archiefbescheiden. *  Vergeleken met deze inventarissen kan geconstateerd worden, dat het thans nog aanwezige archief niet meer volledig is. Zo ontbreken met name de leggers van elk agentschap en de archiefkaarten, die er in 1841 nog wel waren.

Het hierna beschreven archief van de administrateur bestaat behalve uit agenda's vrijwel geheel uit correspondentie geordend op onderwerp. Volgens de instructie voor de inventarisatie van 1841 dienden de stukken per ontvangkantoor (1824-1828) c.q. per agentschap (1828-1841) te worden geordend, terwijl de "boeken en registers, de "stukken of archieven van algemeene strekking" en de kaarten apart moesten worden beschreven. * 

Stukken betreffende een bepaalde zaak, die "één dossier of convoluut uitmaken", moesten van een omslag worden voorzien, waarop een volgnummer en een korte omschrijving van de inhoud moesten worden vermeld. Het is niet duidelijk, of deze dossiers in de periode 1824-1841 direct al als zodanig zijn gevormd of dat deze eerst bij de inventarisatie van 1841, dus achteraf, zijn gevormd uit een chronologisch geordend archief. In de agenda's namelijk zijn de stukken ingeschreven onder een volgnummer, dat van 1828 tot 1841 doorloopt van 1 tot 55.419. Gezien de aard van de domeinadministratie met haar behoefte aan dossiers is het echter niet waarschijnlijk, dat de stukken ook op dat agendanummer werden geborgen. Het lijkt ook ondoenlijk, dat in 1841 in vrij korte tijdspanne ruim 55.000 stukken zijn herordend tot dossiers. Wellicht zijn in 1841 alleen omslagen om bestaande dossiers gevoegd, deze genummerd en per kantoor/agentschap geordend.

Sommige dossiers vormen in feite kleine rubrieken, zoals die met opschriften als "verpachtingen", "personeel", e.d. Ook seriële bescheiden zoals ingekomen maandstaten van de agenten werden als "dossier" bijeengehouden. Dossiers met het opschrift "algemeen" betroffen onderwerpen die (in beginsel) alle kantoren of agentschappen aangingen. Betreffende domeinveilingen was er een aparte serie dossiers.

Zoals hiervóór is opgemerkt ontbreken de leggers. Waarschijnlijk zijn deze na 1841 door de centrale domeinadministratie in Den Haag in gebruik genomen en later overgedragen aan het Nationaal Archief waar in het archief van de afdeling Domeinen een grote collectie leggers berust. Hetzelfde kan het geval zijn geweest met kaarten die in 1841 op een aparte lijst zijn beschreven. Ten dele waren het kaarten van vóór circa 1800 die "tot het Generaal Domein Archief schijnen te behooren", ten dele kaarten "behoorende tot het archief van den voormaligen Administratie der Domeinen te Amsterdam". *  Opmerkelijk is, dat de beschrijvingen op de lijst van 1841 van vrijwel al deze kaarten gelijkluidend zijn aan die in een onlangs gepubliceerde inventaris van domeinkaarten afkomstig van het ministerie van Financiën. * 

Het ontbreken van de leggers van de grote wegen en vaarten kan verklaard worden uit het voorschrift van 1841, deze bescheiden over te dragen aan het ministerie van Binnenlandse Zaken (afdeling Waterstaat). De overige stukken betreffende de wegen en vaarten moesten in 1841 worden opgezonden naar de gouverneurs in de provincie. *  Gezien de aanwezigheid van vele dossiers wegen en vaarten in Noord-Holland is dat in elk geval voor deze provincie niet consequent gebeurd.
Omgekeerd bevat het archief van de administrateur ook bescheiden van andere archiefvormers. Bepaalde dossiers bevatten retroacta van vóór 1824. Ook bleken stukken aanwezig te zijn van het kantoor Vianen en daterend van na de overgang van dit kantoor naar het eerste ressort (kantoor Culemborg). *  Ook de weinig omvangrijke archieven van de inspecteurs en verificateurs (1824-1828), van de hoofdopziener wegen en vaarten (1829-1840) en van de commissie van toezicht respectievelijk de hoofdopzichter van het Noord-Hollands Kanaal (1825-1829-1831) waren vermengd met het archief van de administrateur. In de inventaris van 1841 zijn ze als genummerde dossiers opgenomen in de serie dossiers "algemeen". Wel apart gehouden waren de nogal fragmentarische archiefjes van de provinciale directeuren uit de periode 1819-1823. Al deze functionarissen kregen bij de opheffing van hun functie de instructie hun archief op te zenden naar de administrateur. * 

De verdere lotgevallen van de archieven na 1841 zijn vrij duister. Waarschijnlijk in 1919/1920 zijn de in deze inventaris beschreven domeinarchieven door het ministerie van Financiën overgedragen aan het toenmalige Algemeen Rijksarchief in Den Haag. *  In het uit 1927 daterende Overzicht van de inhoud van het Algemeen Rijksarchief (p. 34) worden althans genoemd de archieven van de administrateurs in het eerste en tweede ressort (1814) 1824-1841 en van de inspecteurs in deze beide ressorten 1828-1841.

In 1947 heeft het Algemeen Rijksarchief het archief van de administratie in het tweede ressort overgedragen aan het toenmalige Rijksarchief in Noord-Holland, aangezien de administrateur in Amsterdam was gevestigd. *  Het archief van de inspecteur van het tweede ressort is in 1947 niet aan het Rijksarchief in Noord-Holland overgedragen, kennelijk omdat niet het ressort maar de standplaats van de inspecteur, Den Haag, bepalend was voor de bestemming van het archief (in dit geval het Rijksarchief in Zuid-Holland). In 1987 werd een collectie gedrukte circulaires overgedragen door de Tweede Afdeling van het Algemeen Rijksarchief. In 1980 is van het archief een plaatsingslijst vervaardigd, waarbij geen herordening heeft plaatsgehad en de stukken zijn beschreven in de volgorde waarin ze werden aangetroffen.
De omvang van de archieven bedraagt in totaal 36 strekkende meter.