Bij de behandeling van de problemen, welke het N.B.I. bij de uitvoering van haar taak ondervond, werd reeds gesproken over het Tweede Kamerlid mej. mr Tendeloo. In de vergadering van de Tweede Kamer van 4 december 1947 werd door verschillende leden kritiek uitgeoefend op het beleid van het N.B.I. De belangrijkste klachten waren: het N.B.I. zou een sterk en onverzadigbaar verlangen hebben naar het onder beheer krijgen en houden van vermogens, waardoor traagheid bij het opheffen van die beheren werd veroorzaakt; het personeel was deels onbetrouwbaar; het beheer was niet steeds deugdelijk; er was te weinig openbaarheid en er werd door het N.B.I. te weinig toezicht uitgeoefend op het beleid van de vertegenwoordigingen.

De belanghebbenden zelf en het publiek voegden hier nog aan toe: er waren te dure beheerders aangesteld; opheffing moest volgens mededeling van Tribunaal, Procureur-fiscaal al worden uitgevoerd, maar het N.B.I. deed maar niets; niet alle meubels, die indertijd door het N.B.I. waren afgenomen, werden geretourneerd; verkopen van goederen en bedrijven beneden de waarde; verwaarlozen van bedrijven door beheerders. Het N.B.I. had inmiddels vervallen bankbiljetten niet of te laat ter vervanging aan de Nederlands Bank afgegeven.

In een nota van mr J.F. Verlinden, hoofd van de eerste afdeling van het Ministerie van Justitie, werd de oorzaak van de klachten gelegd bij het N.B.I. zelf:
"Mijn eerste indruk is, dat de leiding van het N.B.I. enerzijds door te grote zwijgzaamheid, het publiek noemt dit geheimzinnigheid, en door te grote beduchtheid voor overheidsinmenging, zelf oorzaak is geweest voor haar minder goede reputatie bij publiek en bij belanghebbenden". Voorts achtte mr Verlinden het minder juist "dat de leiding, welke een belangrijk deel der Staatstaak kreeg te vervullen, niet in handen werd gelegd van, op ambtelijke wijze verantwoordelijke organen èn mede daardoor de feitelijke uitoefening van de taak in handen kwam van vertegenwoordigers, op wier benoeming de Regering geen of zeer weinig invloed kon uitoefenen".

Het Tweede Kamerlid mej. mr Tendeloo kwam tijdens de kamerzitting van 4 december 1947 met het voorstel om commissies van toezicht in te stellen, die de problemen zouden moeten oplossen en die controle zouden uitoefenen op het beleid van het N.B.I. De Minister van Justitie was hier aanvankelijk niet erg gelukkig mee. Hij merkte op dat het beheers-instituut reeds gecontroleerd werd door respectievelijk de afdeling Beheer van de Raad voor het Rechtsherstel, de Raad zelf en de Centrale Accountantsdienst van het Ministerie van Financiën. "Als men de zaak recht ingewikkeld wil maken, moet men commissies van toezicht gaan benoemen, die zich met alle quaesties hebben in te laten". De Tweede Kamer was echter unaniem van mening dat er iets moest gaan gebeuren en nam de motie Tendeloo zonder hoofdelijke stemming aan. Kort daarop probeerde de Directie van het N.B.I., in een brief aan de minister van Justitie, de instelling van de commissies nog tegen te houden. Bij de behandeling van de brief op het departement kwamen onder andere de volgende bezwaren naar voren: uitbreiding van het werk voor alle betrokkenen, moeilijk om geschikte commissieleden te vinden, de bestaande hiërarchie zou worden doorbroken, verhoging van de kosten, er zouden meer ongemotiveerde klachten binnenkomen, de commissies zouden misschien gaan proberen zeggenschap in het beleid van het N.B.I. te krijgen.

Ondanks alle mogelijke bezwaren, meende de minister de wens van de Kamer echter niet naast zich neer te kunnen leggen. Tijdens de behandeling van de Justitiebegroting in de Eerste Kamer deelde hij dan ook mee: "Wanneer de Tweede Kamer in de uitoefening van haar functie ten aanzien van het regeringsbeleid een dergelijke maatregel noodzakelijk acht, dan ben ik zeer geneigd om de totstandkoming van een dergelijke maatregel te bevorderen". Begin maart 1948 zond de minister een nota aan de ministerraad, waarin hij voorstelde dat de vijf betrokken ministers gezamenlijk een besluit zouden nemen, waarbij op grond van art. 4, E 133 het toezicht op het N.B.I. zou worden gelegd in handen van de minister van Justitie. Hij stelde verder voor om aan de Raad voor het Rechtsherstel (dus indirect het N.B.I.) de aanwijzing te geven dat aan de in te stellen klachtencommissies alle gewenste inlichtingen zouden moeten worden gegeven. De instelling van de commissies zou moeten geschieden bij besluit van de vijf betrokken ministers. De ministerraad keurde de bovengenoemde voorstellen reeds op 15 maart 1948 goed.

Bij besluit van de ministers van Justitie, Financiën, Landbouw, Visserij en Voedselvoorziening, Economische Zaken en van Overzeese Gebiedsdelen, van 11 juni 1948 (Stcrt. 12 oktober 1948, nr. 197) vond de instelling van de klachtencommissies plaats. Een tweede besluit van diezelfde datum verplichtte de afdelingen Beheer, Voorzieningen voor Rechtspersonen en Voorzieningen voor Afwezigen van de Raad voor het Rechtsherstel, tot het verstrekken van alle door de commissies gewenste inlichtingen (besluit nr. 1984). Ofschoon de instelling en werkzaamheid van de commissies een groot aantal problemen uit de weg heeft kunnen ruimen, bleven de gemoederen ten aanzien van het beleid van het N.B.I., nog enige tijd verhit. In een door het N.B.I. aan alle commissies gezonden overzicht van de taak en werkwijze van het instituut (nov. 1948) valt het navolgende te lezen: "Het grote publiek is nu eenmaal samengesteld uit vogels van diverse pluimage: ernstigen en lichtzinnigen, redelijk en onredelijk denkenden, hebzuchtigen en altruïsten, brutale en bescheiden mensen, het is een uniek verschijnsel, dat een litanie van verwijten wordt gezongen door een zo gedifferentieerd gezelschap, dat het onderling meestal volkomen oneens is, maar unaniem de zondebok meent te kunnen aanwijzen".

Uit de inleiding, op 25 oktober 1948 door mr H. van Krimpen gehouden in de openbare bijeenkomst van het Landelijk Comité voor rechtszekerheid, volgt hieronder tenslotte nog een tamelijk agressief citaat: "Wat de tegenwoordige directie van het N.B.I. betreft kan uw inleider slechts betreuren, niet herhaaldelijk gelegenheid te hebben om over dit onderwerp te spreken. Want wie aan de hand der opgesomde gevallen laat gelden, dat men opzettelijk verzuimt maatregelen voor een onpartijdige berechting te nemen, dat men afstand van een ingesteld hoger beroep tracht af te dwingen door voorzien van een andere beslissing te weigeren, dan wel voor de gehoorzame appellant een gunstige beslissing in uitzicht te stellen, dat men tenslotte aan de boven het N.B.I. gestelde Afdeling Rechtspraak opzettelijk inlichtingen weigert en zich inmiddels aan huisvredebreuk en verduistering schuldig maakt, moet het betreuren niet telkens weer te kunnen eindigen met de woorden: Voor het overige ben ik van mening, dat de tegenwoordige directie van het N.B.I. behoort te worden vervangen".