Het archief van het kerkbestuur bestond, blijkens inv.nr. 58, in 1899 uit de doop-, trouw- en overlijdensregisters, een memoriaal, twee dagboeken van inkomsten en uitgaven en een notulenboek. Over akten en correspondentie wordt niet gesproken. Het archief van het parochiaal armbestuur bestond in 1912 uit een notulenboek, een grootboek en een journaal. Over akten en correspondentie wordt evenmin gerept. De archieven van deze afzonderlijke organisaties werden terecht goed gescheiden gehouden. Dit geldt niet voor het schoolbestuur, dat een onderdeel was van het kerkbestuur: de vergaderingen waren gecombineerd; de correspondentie werd deels apart gehouden. Slechts de financiën waren, mede op aandringen van de accountant, strikt gescheiden. *  Daarnaast werden nog administraties gevoerd t.b.v. het Wit-Gele Kruis cq de Wijkverpleging (inv.nrs. 241-242) en het Parochiehuis (inv.nrs. 311-314). Tevens werden bij de inventarisatie diverse archiefstukken van broederschappen en congregaties aangetroffen. Tenslotte bleek ook sprake te zijn van het beheer van archiefstukken van r.-k. scholen. Zo werd in 1973 het archief van de voormalige V.G.L.O.-school St. Martha door het kerkbestuur overgedragen aan het nieuwe schoolbestuur. *  Gezien het feit dat er dus sprake is van meerdere archieven is dit in de titel aangegeven. Tevens is in de titel aangegeven het beginjaar van het oudste archiefstuk en het jaar, waarin de inventaris is afgesloten. * 

Begin 1997 lagen de archieven grotendeels op de zolder van de pastorie; de doop-, trouw- en overlijdensregisters c.a. lagen in een kluis op de begane grond. Van het geheel was in 1984 een lijst gemaakt. In opdracht van het kerkbestuur diende het archief herordend te worden, waarbij een inventarislijst diende te worden samengesteld. In het najaar van 1997 en begin 1998 werden de archieven door ondergetekende bewerkt volgens de Richtlijnen voor het beheer van parochiearchieven (uitgave Diocesane Archiefcommissie, Haarlem 1993). De archieven zijn nagenoeg compleet bewaard gebleven; slechts enkele archiefstukken, zoals de notulen van de parochieraad uit de eerste jaren, zijn tot op heden zoek. Tijdens de inventarisatie bleek dat een aantal stukken dringend aan restauratie toe was. Het kerkbestuur stelde hiervoor eveneens gelden beschikbaar, zodat deze waardevolle stukken, veelal charters, geconserveerd konden worden. Tenslotte stelde de gemeente zuurvrije dozen en mappen beschikbaar. Eind 1997 werd van de Diocesane Archiefcommissie goedkeuring verkregen om de stukken, met uitzondering van de doopboeken jonger dan 100 jaar en de trouwboeken jonger dan 75 jaar, in bewaring te geven bij het gemeentearchief van Uithoorn. In het voorjaar van 1998 werd, bij gelegenheid van de overdracht, de inventarislijst voorzien van een inleiding, waardoor gesproken kan worden van een volwaardige inventaris. Uithoorn bezit nu een goed geconserveerd, goed toegankelijk en veilig geborgen in cultuurhistorisch opzicht waardevol kerkarchief.

In 2016 is een aanvulling op het archief over de periode 1978-2007 overgebracht. Een aantal stukken dateert van eerdere datum. Aan de hand van de meegeleverde inventarislijst van I. Fritschij zijn de beschrijvingen van de dossiers uit de aanvulling ingevoerd in MAIS-Flexis. De inventarisnummers 322-523 hebben betrekking op de aanvulling.

Stukken betreffende de administratie van parochianen (doopsel, vormsel, communie, huwelijk en overlijden), met uitzondering van de berichten van overlijden (zie inv.nrs. 482-485) zijn niet overgebracht naar het NHA, maar bevinden zich nog in de pastorie de Burght van de Emmausparochie in Uithoorn.