Van 1814 tot 1930 was het Provinciaal Bestuur gevestigd in een kantoorgebouw aan de Jansstraat te Haarlem, in welk gebouw steeds ook de door de administratie sinds 1814 gevormde archieven onder toezicht van de griffier zijn beheerd. In 1850 werd dr. P. Scheltema benoemd tot eerste provinciale archivaris, een deeltijdfunctie, want hij was tevens gemeentearchivaris van Amsterdam. Zijn taak betrof primair de eveneens in het provinciehuis bewaarde archieven van vóór 1814: met het vanaf 1814 gevormde archief had hij blijkens zijn jaarverslagen weinig of slechts incidenteel bemoeienis. Het archiefgedeelte vanaf 1814 is dan ook niet opgenomen in de gedrukte inventaris van het provinciaal archief, die Scheltema in 1873 publiceerde. Als cesuur voor het oude en nieuwe provinciale archief was door Scheltema 1 mei 1814 aangehouden; gemakshalve had hij het archief van de van november 1813 tot en met april 1814 opgetreden Commissarissen-generaal opgenomen in het gedeelte "Prefecture du Zuiderzee 1811-1814". * 

In 1875 vatte de provincie het plan op aan de Noordvleugel van het provinciehuis langs de Ceciliasteeg een apart depotgebouw op te trekken voor de berging van de sterk in omvang toegenomen archieven vanaf 1814. Hiertoe moest een deel van de fraaie, achter het provinciehuis gelegen tuin worden opgeofferd. De realisering van dit plan heeft 5 jaar op zich laten wachten als gevolg van een slepend conflict met het rijk, dat juist in deze jaren zijn greep op de archieven van en in de provincies wilde verstevigen. *  In 1886 werd ook in Noord-Holland een rijksarchivaris benoemd, als gevolg waarvan een boedelscheiding werd aangebracht: alle provinciale archieven tot en met april 1814 kwamen nu onder beheer van het rijk; het archief van het provinciaal bestuur vanaf mei 1814 bleef onder verantwoordelijkheid van Gedeputeerde Staten. Toen in 1897 het rijksarchief verhuisde naar de Vleeshal, bleef het archief van het sinds 1814 opgetreden provinciaal bestuur achter in het depot aan de Ceciliasteeg.

In 1930 verliet ook de provincie het inmiddels veel te krap geworden kantoorgebouw aan de Jansstraat. Naar de nieuwe, zeer riante huisvesting in hef voormalige paviljoen Welgelegen aan de Dreef werd alleen het archief over de periode 1851-1930 mee verhuisd: het gedeelte 1814-1850 bleef achter in de Ceciliasteeg en werd in 1931 op verzoek van G.S. (en ingevolge K.B. van 25 okt. 1930 nr.12) overgedragen aan de rijksarchivaris in Noord-Holland. In 1934 verhuisde het rijksarchief zelf vanuit de Vleeshal naar het door de provincie ontruimde kantoorgebouw Jansstraat hoek Ceciliasteeg. Het kabinetsarchief van de Gouverneur over 1814-1850 is in 1935 overgedragen. In hetzelfde jaar en in 1939 werden aanvullingen overgebracht van buiten verbaal gehouden stukken, die steeds als aparte "collecties" op de griffieafdelingen waren aangehouden. *  In 1982 tenslotte werd het archief met alle andere archieven en collecties van het rijksarchief verhuisd vanuit het overvolle en brandgevaarlijke depot Ceciliasteeg naar het nieuwe depot van het rijksarchief aan de Kleine Houtweg te Haarlem.

Het archiefgedeelte 1814-1850, omvang circa 500 m, is niet ongeschonden overgeleverd. Vooral in de tweede helft van de 19e eeuw is nogal wat archief op onoordeelkundige wijze vernietigd. Nadat in 1855 archivaris Scheltema zelf aan G.S. voorstelde niet nader omschreven stukken betreffende de Nationale Militie en de rijksbelastingen te vernietigen, kwamen G.S. in 1884 zelf met een voorstel aan Binnenlandse Zaken. Men had de verhuizing van het archief in 1880 naar het nieuw gebouwde depot aan de Ceciliasteeg aangegrepen om allerlei bescheiden "van slechts kortstondig tijdelijk belang" uit te schiften en apart te houden, om "de kostbare plaatsruimte niet te verspillen". Het betrof een oogst van vele jaren, want er had nooit "eene naar vaste regelen jaarlijks wederkeerende opruiming" plaats gevonden. De bemoeienis van Binnenlandse Zaken beperkte zich vnl. tot het opeisen van de gehele opbrengst van de verkoop van het oud papier, waar de provincie een verdeling had voorgesteld om het overwerk van de provinciale schiftingsambtenaren te kunnen betalen. *  In 1894 ging een nieuw voorstel voor een omvangrijke vernietiging (liefst 14.170 kg) naar Den Haag. Dit keer werd gepoogd Binnenlandse Zaken al bij voorbaat gunstig te stemmen door de waarschijnlijke opbrengst van ¿.200,- aan het rijk voor te houden als lokaas. De specificatie is uitgebreider dan in 1884 en hier en daar staan zelfs jaren vermeld. En passant werd ook het gedeponeerde archief van de provinciale commissie van Landbouw (1805-1850) in de vernietigingsroes meegenomen. * 

In 1896 gaf Binnenlandse Zaken aan de provinciale besturen voor het eerst richtlijnen voor de vernietiging van bepaalde categorieën archiefbescheiden uit de provinciale archieven. Deze vernietigingslijst is in 1910 en in 1928 vervangen door een nieuwe. Aangenomen mag worden, dat sinds 1896 volgens deze lijsten is vernietigd, al ontbreken vrijwel alle processen-verbaal, als deze al zijn opgesteld. *  Na de overdracht (in 1931) aan het rijksarchief zijn alleen nog in 1943 stukken uit het archief vernietigd, nl. bescheiden uit de zgn. "Verzameling" van buiten verbaal gehouden stukken, vnl. gemeentebegrotingen. Dit is gebeurd op aandrang van het toenmalige Departement van Opvoeding, Wetenschap en Kultuurbeschreming "teneinde de beschikking te verkrijgen over voldoende grondstoffen voor de papierindustrie", een niet eerder (en evenmin later) naar voren gebracht argument om archivalia te vernietigen. *