Het Forteiland krijgt een jaar later weer een vaste bezetting. In de Kanaalstraat wordt een rooms-katholiek Militair Tehuis ingericht. De hoofdonderwijzer van de Heilig Hartschool staat aan de leiding. In 1939 wordt, als eerste van een reeks vorderingen, de Jongensschool opgeëist door Defensie. Het verenigingsgebouw volgt snel. In juli 1940 wordt bericht ontvangen, dat de herstelkosten van beide gebouwen zullen worden vergoed. Daarna volgt een reeks van bepalingen en richtlijnen zoals over 'het niet mogen vlaggen op tot dusver gebruikelijke dagen, het moeten verduisteren van het kerkgebouw en het niet mogen hebben van anti-Duitse boeken op de scholen'. De bisschop verzoekt dringend geen handelingen te verrichten waaraan de bezettende overheid aanstoot kan nemen. De scholen en het verenigingsgebouw zijn nu bij de Duitsers in gebruik. Er wordt nu halve dagen les gegeven in de Comitéschool. De klassen zijn klein geworden door de vele evacués, wat van invloed is op de kerkelijke financiën. Wegens een te hoog elektriciteitsgebruik mag het kerkorgel niet meer bespeeld worden. In februari 1943 komt het bericht dat de kerk en de schoolgebouwen voor 8 maart ontruimd moeten worden.

De inventaris gaat naar de Kathedrale Basiliek St. Bavo in Haarlem. Onder protest wordt de luidklok verwijderd. Het kerk- en schoolbestuur vergadert in Haarlem: IJmuiden is voor hen 'Sperrgebiet' geworden. Niet ongunstig is als blijkt dat voor de evacuatie van kerk en scholen door de overheid een vergoeding wordt gegeven; tevens wordt de schade aan het kerkgebouw door het bombardement van 26 maart 1944 (f 2.000,-) vergoed.
De jongensschool en het verenigingsgebouw worden in 1944 afgebroken.