Per 1 januari 1938 voerde de gemeente voor het archief de zaaksgewijze ordening en de archiefcode van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten in.
Na de invoering van de Archiefwet 1962 en het Archiefbesluit 1968 stelde de gemeenteraad op 3 maart 1969 een Archiefverordening vast. Op 14 april van dat jaar werd het archiefdepot in het gemeentehuis aangewezen als archiefbewaarplaats.
Na de samenvoeging van de gemeente Wanneperveen met Blokzijl, Giethoorn en Vollenhoven in 1973 werd het archief overgebracht naar de archiefbewaarplaats in de havezate Oldruitenborgh in Vollenhoven, de zetel van het gemeentebestuur van de nieuwe gemeente Brederwiede
In het archief uit de periode 1938-1972 werd in het dossier inzake archief en registratuur, 1942-1969, een plaatsings- en een magazijnlijst van het archief aangetroffen. Beide stukken dragen de titel "inventaris" en zijn ongedateerd. Uit de magazijnlijst blijkt dat het archief in het gemeentehuis deels was opgeslagen in rekken, in een staande en een ingebouwde kast op een zolderkamer en verder in en op drie kasten op de zolder. Bij de bouw van het gemeentehuis in 1957 werd een nieuw archiefdepot gebouwd. Tijdens de sloop van het oude gemeentehuis en de bouwactiviteiten van het nieuwe werden de secretarie en de raadzaal gevestigd ten huize van wethouder Huisman en het archief in een zijkamer geplaatst.
Bij een overval op het gemeentehuis op 7 juni 1943 werden behalve blanco persoonsbewijzen en zegels het bevolkingsregister en het woningregister ontvreemd. In 1944, veertien dagen vóór het uitbreken van de spoorwegstaking in september, werden de registers van de burgerlijke stand uit de jaren 1910-1940 verzonden naar de firma Samsom in Alphen a/d Rijn om te worden ingebonden. Deze kwamen daar echter nooit aan. Zij zijn verdwenen en niet meer teruggevonden. In 1951 besloot men fotografische reprodukties te laten vervaardigen van de exemplaren die bij de rechtbank berustten.