Het dorp Wanneperveen is waarschijnlijk ontstaan in de dertiende eeuw. In 1284 werd het voor het eerst genoemd in een officieel document, een oorkonde.
De naam is afgeleid van het veen en het riviertje de Wanepe of Wennepe (wan betekent weinig en ape of epe water) dat in die tijd daar liep. De locatie van de plaats werd echter in eerste instantie bepaald door het Meppelerdiep, omdat vanaf dat diep de veenontginningen in dit gebied zijn gestart. Na de vijftiende eeuw verschoof de kern van de plaats naar het oosten omdat boerderijen moesten worden verplaatst wanneer de grond als gevolg van bodemdaling door de ontginningen te nat werd.
In die tijd werd ook de kerk van het dorp gebouwd. Wanneperveen behoorde tot de kerk van Vollenhove. Maar in de veertiende eeuw werd het een zelfstandige parochie en schoutambt, waarvan de kern lag bij de Veneweg.
In dezelfde periode als Wanneperveen ontstond Dinxterveen en ook dit dorp is ontstaan aan het Meppelerdiep. De Buurtschap Belt is waarschijnlijk ouder dan Wanneperveen en al voor de 13e eeuw ontstaan.
In de 17e eeuw werd een zijtak gegraven van de Arembergergracht. Hieraan ontstond Schutsloot. De buurtschappen Ronduite, Beukers, Zegelenburg, Doosje, Leenders, Blauwe Hand en Bovenboer zijn in de zestiende en zeventiende eeuw ontstaan. In 1890 onderscheidde men de volgende dorpen, gehuchten en buurtschappen: Klosse, Roekebos, Dinxterveen, 't Haagje, Bovenboer, Westerbuurt, Ronduite, Schutsloot, Belt en Zomerdijk.

Wanneperveen leed veel onder wateroverlast. Tijdens de grote overstromingen van 1775 en 1776 ontstonden de Wijden en verdronk het dorp Beulake. Ook in 1825 waren er zware overstromingen waarbij 3 mensen omkwamen en 305 dieren (rundvee, paarden en schapen). Ook werden vele woningen onbewoonbaar of ernstig beschadigd. 26 Woningen waren compleet weggespoeld. Pas vanaf 1932, toen de Afsluitdijk werd gedicht, waren de overstromingen verleden tijd.

Lange tijd was veenwinning de belangrijkste bron van inkomsten voor de bevolking. In de 16e en 17e was Wanneperveen een welvarend dorp door de verkoop van turf aan Holland. Toen turfontginning niet langer mogelijk was, stapte de bevolking over op agrarische activiteiten, de rietcultuur, eendenvangst, visserij en veeteelt. Er werd grond ontgonnen ten behoeve van de akkerbouw. Toen dit niet langer mogelijk was, ging de akkerbouw achteruit en ontstond in de achtiende eeuw armoede. In later eeuwen werd de veeteelt belangrijker.
Er waren na het wegvallen van de turfhandel nauwelijks handelsactiviteiten. Pas in 1839 werd een weverij opgericht en in 1898 werd de Coöperatieve Zuivelfabriek 'De Hoop' geopend.

In 1929 ontstond een wereldwijde economische recessie. In Wanneperveen trachtte men deze zoveel mogelijk met werkverschaffing te bestrijden. Het werk bestond vooral uit droogmakerijen en de ontginning van woeste gronden. In 1932-1933 werd een drinkwaterleiding aangelegd in Wanneperveen. De Nederlandse regering verstrekte subsidies voor deze werken.

Lange tijd ging het vervoer in Wanneperveen vrijwel ontsluitend over het water en waren er maar enkele wegen. Aan het eind van de negentiende en het begin van de twintigste eeuw werd het vervoer over land verbeterd door de aanleg van diverse grindwegen, voet- en fietspaden. Het openbaar vervoer bestond uit stoombootdiensten op Steenwijk, Blokzijl, Meppel, Amsterdam, Zwartsluis en Zwolle. In de dertiger jaren kwamen er de busverbindingen Zwolle-Blokzijl-Zwartsluis-Meppel en Blokzijl-Meppel-Steenwijk bij of voor in de plaats.

Het onderwijs in Wanneperveen werd in 1811 aan regels gebonden. Er bleven twee scholen over, één in Schutsloot en één in 't Haagje . In 1821 werd op verzoek van de Vereniging voor Christelijk Onderwijs te Belt-Schutsloot een christelijke lagere school geopend in Belt-Schutsloot, terwijl de openbare school werd gesloten. In 1822 werd een tweede lagere school geopend in Wanneperveen.
Wanneperveen kende geen Burgerlijk Armbestuur. De gouverneur van Overijssel zond hierover in 1831 een circulaire aan de gemeente, maar de gemeenteraad besloot de armenzorg over te laten aan de diaconieën, die echter wel om aanvullende subsidies konden vragen . In latere jaren, bleek de angst van de gemeenteraad dat de armenzorg te veel geld zou gaan kosten, bewaarheid. In de negentiende eeuw vroegen de diaconieën geregeld om extra fondsen en moest de gemeente hiertoe regelmatig provinciale of rijkssubsidies aanvragen.

De gemeente telde in 1938 1610 inwoners, in 1972 1788. Hoewel er geen Duitse soldaten waren ingekwartierd in Wanneperveen , ging de oorlog niet geheel aan de gemeente voorbij. Op 7 juni 1943 werden, tijdens een overval op het gemeentehuis, blanco persoonsbewijzen, zegels, het bevolkingsregister en het woningregister ontvreemd . Op 19 november van datzelfde jaar werd een razzia gehouden. In die nacht is burgemeester P.K. Roege gefusilleerd.
Ook had de bezetter grote belangstelling voor de vermeende bodemschatten van de Roeckebosch. De bodem werd tot een diepte van 1400 à 1500 meter onderzocht, maar er werd niets gevonden. In 1949 vond de Nederlandse Aardolie Maatschappij B.V. (NAM) wel een gasveld in de Roeckebosch.

In de jaren zestig waren gemengde bedrijven, landbouw en veeteelt de voornaamste bron van inkomsten in Wanneperveen. Daarnaast was er nog sprake van rietcultuur en visserij op witvis, paling en snoek. Er was nog steeds weinig industrie; wel bestonden er eind 1967 een jachtwerf en een transport/grondbedrijf en was het toerisme in opkomst.

De belangrijkste reden voor haar bekendheid dankt Wanneperveen aan haar meren, de Beulakerwijde en de Belterwijde, die zeer geschikt zijn voor de watersport. De gemeente maakte van deze bekendheid gebruik en begon in 1962 met de aanleg, inrichting en exploitatie van een watersportcentrum nabij de Blauwe Hand. Ook zijn beide meren rijke viswateren en kent de omgeving een uitzonderlijke flora en fauna met onder andere Handekeskruiden, welriekende Nachtorchis, Parnaskruid, reeën, fazanten en kolonies van blauwe en purperreigers, aalscholvers en zwarte sternen.
Het is dan ook niet verwonderlijk dat 1000 hectare van het gemeentelijk grondoppervlak een natuurmonument zijn, waartoe ook eendenkooien behoren.

Wanneperveen was een religieuze gemeente. Van de bevolking behoorde slechts 7.3 % niet tot een kerk. De meeste Wanneperveners behoorden tot de Nederlands Hervormde kerk (bijna 77% rond 1967). Ook politiek is dat terug te zien. Bij de gemeenteraadsverkiezingen in 1966 kreeg de CHU 45.2% van de stemmen en de ARP 16.1. De overige stemmen gingen naar de PvdA (23.2) en Gemeentebelangen (15.4%).

Het openbaar onderwijs vond tot in 1980 plaats in het schoolgebouw van de Openbare Lagere School 't Vonder, welke was geopend in 1822, waarna het nog enige malen was verbouwd. Vanaf 1949 was er ook een kleuterklas, deze had van 1946 tot 1949 in de serre van het schoolhuis gezeten.
Vanaf 1922 was er een ook een christelijke basisschool. De school werd in 1955/1956 en in 1972 uitgebreid. In 1946 kregen ook de kleuters een eigen christelijke kleuterschool. Het gebouw bestond uit een houten barak, dat in 1960 werd vervangen door een nieuwe school, welke in 1977 werd uitgebreid.