Blokzijl is gesticht door Hollandse kooplieden. De naam Blokzijl komt al voor in 1438 en wordt dan geschreven als 'Blockerssluys'. Het heeft zijn opkomst te danken aan de transitohandel in vooral turf uit de Overijsselse en Drentse venen, maar met name uit de Giethoornse veenderijen, naar Holland en Westfriesland. De nederzetting lag, voor wat de rechtspraak betrof, in het ambtsgebied van de drost van Vollenhove.

In de tweede helft van de zestiende eeuw ontstond bij de zeesluis van de nieuwe monding van de Steenwijker Aa de vesting Blokzijl. Deze vesting werd in de eerste periode omschreven 'de schanse' of ' het fort'.

Als stimulator van het ontstaan mag zeker de bekende stadhouder van Friesland, Groningen en Overijssel, Johan van Ligny, graaf van Aremberg genoemd worden.

Ten behoeve van de handel werden op kosten van de inwoners het Diep en de zeehaven aangelegd, maar het onderhoud ervan was een voortdurende bron van zorg. Reeds in 1573 blijkt men te kampen met verzanding en ook in volgende jaren blijft het een aanslag vormen op de financiën van Blokzijl. * 

Bij het beleg van Steenwijk door de Spanjaarden in 1580/1581 werd de 'stad' door Sonoy, die door de Staten van Holland naar Overijssel was gezonden, verschanst om de Spaanse vloot op de Zuiderzee te weren. In de jaren daarna kreeg Blokzijl van prins Maurits diverse privileges, zoals de benoeming van burgemeesters, die aanvankelijk gedeputeerden werden genoemd, een eigen wapen en vlag en in 1609 het recht tot het oprichten van een waag. De vestingwerken werden verbeterd in 1621. *  Doordat Blokzijl al snel aan de Staatse zijde was, was het een tijdlang een enclave in een Spaans gebied. Dit veroorzaakte strubbelingen tussen Holland en de Staten van Overijssel omtrent de zeggenschap over Blokzijl. De drost van Vollenhove vocht bovendien de privileges die Maurits had verleend aan en eerst in 1610 werd hierin berust.

Wegens haar houding ten tijde van de Munsterse inval in 1672 werd de 'Fortresse' als beloning door stadhouder Willem III tot stad verheven. Een octrooi van 19 oktober van dat jaar, verleend door de stadhouder, gaf het bestuur het recht van rechtspraak over de schans en de kerspelen Baarlo en Kuinderdijk. Deze werd uitgevoerd door drie burgemeesters, vier schepenen en een secretaris.

Dit werd echter aangevochten door de drost van Vollenhove, uit wiens jurisdictie Blokzijl was losgemaakt. In 1675 klaagde de verwalter-drost van Vollenhove, Johan Sloet tot Tweenyenhuizen, bij Willem III over het aanmatigende gedrag van de regering van Blokzijl, waarop de prins de privileges herriep en de oude situatie werd hersteld. De burgemeesters bleven deze naam voeren, maar waren in feite eerder de gedeputeerden die Maurits had aangesteld: administratieve ambtenaren. Door het behoud van een aantal privileges, zoals het recht van de waag, bleef Blokzijl een enigszins bijzondere positie innemen. *  In latere stukken wordt doorgaans gesproken over de fortresse Blokzijl. Slecht éénmaal, in 1746, werd gesproken van de 'Fortresse ofte Carspel Blokzijll'. * 

Vergaderingen van het bestuur van Blokzijl, alsook die van het schippersgilde vonden plaats in de "(...) kamers opt Stadhuijs", of, zoals het in hetzelfde stuk wordt omschreven in "beijde de Camers boven het Schoole". * 

De financiële toestand van Blokzijl baarde inmiddels ook zware zorgen. De schuldenlast was dermate hoog opgelopen, dat tot een sanering van de financiën moest worden overgegaan. In 1680 werd een overeenkomst gesloten tussen de burgemeesters en regeerders van Blokzijl, de gildemeesters van het schippersgilde en vertegenwoordigers van de mennonieten. Hierin was onder meer vastgelegd, dat burgemeesters en regeerders rekening en verantwoording zouden afleggen aan de beide andere partijen, dat extra inkomsten gebruikt zouden worden voor de delging van de schulden en dat voor het lenen en aflossen van grote kapitalen toestemming van de schippers en de mennonieten gevraagd zou worden. Over dit contract ontstonden al snel problemen, waarna het toezicht werd geregeld door middel van de colleges, namelijk het schipperscollege, het mennonietencollege, elk bestaande uit drie leden, en de drie burgemeesters. Een eeuw later werd het contract hernieuwd, na klachten van de schippers-en mennonietencolleges bij het Hoog Adellijk Gerecht van Vollenhove als zou de regering van Blokzijl zich niet aan de afspraken houden. * 

De omwenteling van 1787 was aanleiding voor de burgemeesters, gezworenen, burgers en ingezetenen van Blokzijl om gedeputeerde staten te verzoeken de gemeensman Remmelt Santink uit zijn ambt te ontzetten wegens zijn gedrag na deze omwenteling. Blijkbaar was hij niet of onvoldoende Oranjegezind. Maar verder meenden de regeerders dat zij in staat waren zelf de orde en rust in Blokzijl te handhaven en zij verzochten in september van dat jaar aan de gedeputeerden tot de defensie van Overijssel om het garnizoen terug te trekken. * 

Begin april 1811 werden de voormalige schout-en richterambten in Overijssel omgezet in gemeenten. De gemeente Blokzijl werd bestuurd door een maire, aanvankelijk nog schout genoemd, maar vanaf 1825 heet deze functionaris burgemeester. Nog steeds wordt de burgemeester door de Kroon benoemd voor een periode van zes jaar.
Het dagelijks bestuur van de gemeente werd gevormd door de burgemeester en de assessoren. Sinds de invoering van de Gemeentewet in 1851 worden de assessoren wethouders genoemd.

Assessoren en gemeenteraad werden aanvankelijk voor een periode van zes jaar benoemd door gedeputeerde staten van Overijssel, maar sinds 1851 wordt de raad rechtstreeks gekozen door het kiesgerechtigde deel van de bevolking. De wethouders worden sindsdien door en uit de raad gekozen. Tot de herziening van de Kieswet in 1919 trad om de twee jaar eenderde deel van de raad en een assessor/wethouder af. Vanaf 1919 wordt de raad in zijn geheel om de vier jaar gekozen.

Vóór 1851 werden de gemeentesecretaris en-ontvanger op voordracht van de gemeenteraad benoemd door gedeputeerde staten, daarna rechtstreeks door de raad. Omdat in Blokzijl-zoals gebruikelijk in plattelandsgemeenten-de burgemeester tegelijk secretaris was, werd deze laatste functionaris de facto door de koning benoemd.

Voor een overzicht van burgemeesters, wethouders en raadsleden wordt verwezen naar de bijlagen bij deze inleiding.