Karel V heeft in 1520 het heemraadschap van Nieuwer-Amstel opgericht om te voorkomen dat de landen van Amstelveen overstroomd werden met het water, dat door "die van het Sticht" op de Amstel werd uitgeworpen. Hij verleende hiertoe aan de rijkste ingelanden van Amstelveen octrooi tot het aanstellen van een dijkgraaf en vier heemraden, die het recht kregen tot het uitvaardigen van keuren ten behoeve van de waterkering. Indertijd kon de Amstel het overtollige water namelijk niet altijd op de toenmalige Zuiderzee lozen, daar de vloed vaak te hoog stond. Het grondgebied van het heemraadschap omvat later drie polders, te weten: de Binnendijkse Buitenveldertse polder, de Amstelveense of Middelpolder en de Bovenkerkerpolder. Dit hele gebied wordt in het oosten door de Amstel begrensd, door de stadssingel van Amsterdam en de Overtoomse Vaart in het noorden, de Amstelveense en Bovenkerkerweg in het westen en de Thamerdijk in het zuiden.

Als in 1529 de heerlijkheid Amstelveen door Reinoud van Brederode aan de stad Amsterdam wordt verkocht, komen dijkgraaf en heemraden in dienst van die stad. Doordat het heemraadschap weinig meer mocht doen dan keuren uitvaardigen ten behoeve van de waterkering, was het eigenlijk een krachteloos lichaam. In de regel knapte Amsterdam de benodigde werkzaamheden aan de dijk zelf op. Vooral ook omdat de Amsteldijk een goede toegangsweg moest zijn vanuit het zuiden. Pas tegen het einde van de 18e eeuw kan het heemraadschap zich rechtstreeks met het onderhoud van de dijken gaan bemoeien: in 1771 stond de stad Amsterdam de helft van het bruggeld, dat aan de brug bij Ouderkerk werd opgehaald, af aan het heemraadschap. Met dit geld kon men de brug bij Ouderkerk onderhouden met de oprit en de beschoeiingen. In 1778 kreeg het heemraadschap octrooi om op de Amsteldijk, vlakbij Amsterdam, een tolhek te plaatsen: het IJzeren Hek.

Met de opbrengst van deze tol kon men de weg tussen Amsterdam en Ouderkerk gaan bestraten en onderhouden. Doordat de landen van Amstelveen in de loop van de tijd ingepolderd waren in de drie bovengenoemde polders, en deze polders elk een zelfstandig college van poldermeesters hadden gekregen, was de taak van het heemraadschap ingekrompen tot het toezicht over de gemeenschappelijke ring en tot het onderhoud van enkele wegen. In 1809 kwam hierin verandering, doordat de Staat bij K.B. van 9 augustus 1809 no. 247, uitvaardigde, dat het heemraadschap de wegen tussen de Overtoom en Amstelveen, tussen Ouderkerk en Uithoorn en rond de Legmeer moest gaan verbreden en verhogen. Bovendien werd bepaald, dat er een lening van ? 74.000,- uitgeschreven kon worden voor de bekostiging van dit project. Om aan de verplichtingen, voortvloeiend uit deze lening te kunnen voldoen, werd bovendien bepaald, dat langs de genoemde wegen tollen opgericht konden worden. Met de opbrengsten van deze tollen zou aan deze verplichtingen kunnen worden voldaan. Hierdoor werd het accent van de taak van het heemraadschap sterker gelegd op het beheer en onderhoud van dijken en wegen, dan op de zorg voor de waterkering. In 1823 werd het werk buiten het grondgebied uitgebreid, toen bij K.B. van 5 april 1823 no. 77 (bijlage 1) opdracht werd gegeven om de Amstel, de Aar en de Drecht te verbeteren. Immers na de Franse tijd nam koning Willem I de wederopbouw van ons land energiek ter hand, bevorderde handel en industrie en stimuleerde het verkeer door wegen te bouwen, waterwegen te graven en later in de tijd door spoorwegen aan te leggen.

Het heemraadschap kreeg toen twee taken:
- De eigenlijke heemraadschapstaak (weergegeven in het deel van de naam "Nieuwer-Amstel"): deze omvat het toezicht op de waterkering van de drie polders in dit gebied, met het schouw drijven over de werken die daar voor nodig zijn. Bovendien had het heemraadschap ook het beheer en onderhoud over enkele wegen ten westen van het hiervoor omschreven gebied;
- Het verbreden en uitdiepen en daarna het beheer en onderhoud van de waterweg tussen Amsterdam en Gouda: de Amstel, de Aar en de Drecht, hierna te noemen: de waterweg. (Dit deel van de taak wordt weergegeven in het deel van de naam: "de Amstel"). Het tweede deel van de taak is in feite wezensvreemd voor een heemraadschap. Het heeft er dan ook wel wat mee te stellen gehad, zoals hierna zal blijken. Een van de waterwegen die verbeterd moest worden, was de waterweg van Amsterdam naar Gouda: de toegangsweg voor Amsterdam vanuit het zuiden. Het verbeteren van deze weg zou een goede aanvulling zijn op de waterwegen die al naar Amsterdam liepen of gegraven werden: de Keulse Vaart, vanuit het zuidoosten, en het Noord-Hollandskanaal vanuit het noorden. Jacob de Jong, houtkoper te Uithoorn, is de geschiedenis ingegaan als de grote animator achter het plan tot verbreding en verdieping van de waterweg.

Hij heeft er zelfs een boekje over geschreven en laten drukken, 'voor rekening van de schrijver', zoals er duidelijk in staat. Het heet: "De Amstel, de Drecht en de Aar voor grootere schepen bevaarbaar gemaakt" *  . Samen met W.IJ. van Hamelsveld uit Amsterdam en L. van Heusden, controleur van de Waterstaat, werden ontwerpen gemaakt voor de werkzaamheden aan de waterweg en aan de aanliggende bruggen en sluizen. Het probleem rees, wie dit project op zich zou nemen: de Staat, de provincie, de stad Amsterdam, het heemraadschap of een nieuw in het leven te roepen lichaam. Amsterdam, het heemraadschap en Gouda hadden tollen langs de vaart. Deze wilden de tollen wel afstaan tegen schadevergoeding, zodat een nieuw op te richten lichaam met behulp van deze tollen de gemaakte onkosten terug kon verdienen. Uit tactisch oogpunt leek het de Staat beter om aan een bestaande instantie de opdracht te gunnen. Dit werd het heemraadschap, omdat het de meeste tollen langs de waterweg had. Bij voormeld K.B. van 5 april 1823 no. 77 kreeg het heemraadschap van Nieuwer-Amstel de "vererende" opdracht van de regering om de Amstel, de Aar en de Drecht te verbreden, de naam werd veranderd in: "Het heemraadschap van de Amstel en Nieuwer-Amstel" en Jacob de Jong werd bij het college van dijkgraaf en heemraden gevoegd als president. In dat zelfde jaar nog werd L. van Heusden tot algemeen opzichter aangesteld. Toen de dijkgraaf in juli 1824 zijn ontslag nam, werd de president tot dijkgraaf benoemd. Het is duidelijk, dat de oorspronkelijke heemraadschapstaak nog van zeer ondergeschikt belang was en overvleugeld werd door het onderhoud van wegen en vaarten.

Om de werkzaamheden vlot te doen verlopen werd er in 1823 een lening uitgeschreven van fl 350.000,-. Dit bleek echter niet genoeg te zijn, want in 1825 en 1826 werden nog twee leningen uitgeschreven van resp. fl 100.000,- en fl 50.000,- . Voor dit geld werden allerlei terreinen en werken langs de vaart aangekocht, die bij de waterweg hoorden, zoals: bruggen en tollen, jaagpaden en wegen, huizen en landerijen. Hierdoor kon de vaart verbreed worden en uitgediept, bruggen konden worden vergroot en remmingwerken aangelegd. De dubbele sluis bij Bilderdam werd vergroot, bij de Vrouwenakker werd een nieuwe brug ter vervanging van de bestaande veerpont gebouwd en hinderlijke bochten werden afgesneden. De meest ingrijpende afsnijding was wel die in de Aar. Met al deze werkzaamheden was de scheepvaart zeer gebaat, maar de inkomsten van de tollen bleven beneden de begroting. Al in 1826 was er een tekort van fl 5.000,-. Men heeft in 1828 nog geprobeerd om de lasten op een groter lichaam over te dragen door het heemraadschap te fuseren met het hoogheemraadschap Amstelland *  , maar na een half jaar werd deze regeling al weer ingetrokken *  . De beoogde samenvoeging heeft nooit plaatsgevonden. Bij K.B. van 26 juni 1828 no. 58 werd ook, tot dekking van het tekort op de dienst van 1826, door de Staat een subsidie ter grootte van dit bedrag toegekend. Vanaf dat jaar werden subsidies toegekend om de tekorten te dekken. Na 1836 een jaarlijkse toelage van fl 4.000,- later van fl 8.000,- en vanaf 1857 werd dit bedrag opgetrokken tot fl 10.000,- . Tot 1906 is dit laatste bedrag jaarlijks uitgekeerd. Desondanks bleef het uiterst moeilijk om de rente en aflossing te blijven betalen. In verschillende jaren konden b.v. ook geen vergoedingen worden betaald aan Domeinen als jaarlijkse schadevergoeding voor de overname van de grote brug bij Uithoorn en het Thamer Zandpad.

De inkomsten van de tollen bleven gedurig onder de begroting. Hiervoor zijn diverse externe oorzaken aan te wijzen.
1. Het Hollands-Belgische conflict van 1830-1839, waardoor de handel voor een belangrijk deel kwam stil te liggen;
2. De aanleg van spoorwegen vanaf 1839;
3. De drooglegging van het Haarlemmermeer, omstreeks 1854 (De Ringvaart van de Haarlemmermeerpolder werd toen ook een toegangsweg naar Amsterdam, en wel zonder tollen. Dat maakte deze route veel aantrekkelijker); H. Tenslotte betekende het in 1892 geopende Merwedekanaal ook een alternatieve vaarroute. Financieel gezien was het bevaarbaar maken van de Amstel, de Aar en de Drecht dan ook een fiasco. Ook juridisch gezien gaf de waterweg de nodige problemen. Wie had de rechtsbevoegdheid over deze waterweg? Er bestonden wel politieverordeningen op de waterweg, maar die waren door de aanliggende gemeenten afzonderlijk voor haar rechtsgebied uitgevaardigd. Het heemraadschap zelf werd noch door de provincies, noch door de Staat bevoegd geacht een politieverordening voor de gehele waterweg uit te vaardigen. In het K.B. van 5 april 1823 no. 77 was hier niet in voorzien. Al deze factoren maakten het noodzakelijk om de regelingen voor de waterweg te herzien. *  Vanaf 1821 begon het touwtrekken over het beheer van de Amstel, de Aar en de Drecht. Strijdpunten waren: het aflossen van de schulden en het beheer over de waterwerken, met andere woorden, wie de politieverordeningen mochten uitvaardigen.

De provincies hielden hardnekkig vol, dat de Staat dit moest doen; de regering wilde het beheer aan de provincies overlaten. Deze waren op haar beurt niet genegen om de enorme schuld van het heemraadschap over te nemen, die omstreeks 1900 ca. ? 150.000,- bedroeg. Na verschillende voorstellen van beide zijden, (die overigens wederzijds geen genade vonden) werd men het in 1905 dan toch eindelijk met elkaar eens: de regering zou alle schulden en het tekort op de rekening over 1903 op zich nemen, de provincies Noord- en Zuid-Holland zouden het onderhoud en beheer van het Amstel- en Aarkanaal op zich nemen. De taak van het heemraadschap zou weer teruggebracht worden tot die uit de tijd van voor het K.B. van 5 april 1823 no. 77: Het beheer en onderhoud van de dijken en wegen en de zorg voor een goede waterkering van het gebied van het heemraadschap. Met ingang van 1 januari 1906 werd deze regeling van kracht *  In de najaarsvergadering van Provinciale Staten van Noord-Holland van 1907 werd vervolgens besloten tot opheffing van het heemraadschap *  . De aanleiding hiervoor was de uitbreiding van Amsterdam en de mogelijkheid tot het opheffen van de tollen bij het IJzeren Hek en in Amstelveen. De gemeenten Amsterdam en Nieuwer-Amstel en de drie polders in het gebied van het heemraadschap waren bereid om de werkzaamheden van het heemraadschap over te nemen. Met ingang van 1 januari 1908 is het heemraadschap opgeheven. Het archief over de jaren 1823-1908 werd bij deze regeling door de provincie overgenomen en in 1970 is het naar het Rijksarchief in Noord-Holland overgebracht. Het archief over de periode 1569-1823 was al in 1923 naar het Rijksarchief in Noord-Holland overgebracht.