Zoals in elke polder, en Kortenhoef is hierop geen uitzondering, is de eerste taak van het bestuur de polder te vrijwaren van wateroverlast. De polder Kortenhoef wordt in dit opzicht van twee kanten bedreigd door twee grote watermassa's: in het westen door Het Horstermeer en in het zuiden door de plassen van de totaal uitgeveende Loenderveense polder. Van oudsher vormde het Horstermeer de boezem waarop de polder uitwaterde. In die situatie kwam verandering toen men in de 17e eeuw het meer bedijkte om het droog te leggen ten behoeve van de omliggende polders werd er buiten de bedijking een ringsloot gegraven waarop de polders konden uitwateren. Enkele jaren later werd deze ringsloot aan beide zijden van de polder afgedamd zodat de verbinding met de andere polders werd verbroken. Alleen de verbinding, via de ringsloot, met het poldertje Het Kormof hield men in stand. Dit poldertje werd voor f 3.500,- per jaar door Kortenhoef bemalen. Nadat de droogmaking van het Horstermeer definitief was mislukt schoof de grens van de polder een stukje op en werd de Horstermeerdijk de nieuwe waterkering van de polder. Toen de verbinding met Het Kormof werd verbroken omdat de ingelanden daar de Horstermeerdijk ernstig verwaarloosden, verloor de ringsloot zijn laatste functie en werd gedempt.

De Horstermeerdijk was dus de waterkering geworden van de polder. Aan het begin van de 19e eeuw echter was de dijk zo ernstig verwaarloosd dat het water er geregeld overheen kwam. Hiervoor waren twee oorzaken aan te wijzen. Allereerst het slechte bestuur van de polder. Door het ontbreken van controle werd de dijk ondermijnd door de verveningen. Een tweede oorzaak moet gezocht worden in het feit dat de schout en poldermeesters van mening waren dat de eigenaar van het Horstermeer verantwoordelijk was voor de wateroverlast en daarom de dijk diende te onderhouden. Dit conflict sleepte zich jarenlang voort totdat uiteindelijk gedeputeerde staten in het nadeel van de polder beschikte onder het motto "wien 't water deert, 't water keert". Aan de problemen kwam pas definitief een einde toen in 1880 het Horstermeer, nu met stoomkracht, werd drooggemaakt. De polder had hiervan dubbel voordeel. Het gevaar voor het doorbreken van de dijk was geweken. Maar bovendien was door de droogmaking het grondwaterpeil zodanig gezakt dat sindsdien de watermolens nauwelijks meer in bedrijf hoefden te komen. Toen er een in 1889 afbrandde vond men het dan ook niet nodig om deze te herbouwen.

Bij het nieuwe reglement van 1982 werd het Kormof bij het grondgebied van de polder getrokken, maar bleef buiten de bemaling vallen. Aan de zuidkant grenst Kortenhoef aan de Loenderveense polder. De waterkering hier, de Alerobertskade, ligt aan beide zijden ingesloten door het water omdat het land volledig is uitgeveend. Toch is het van belang om deze zeer kwetsbaar geworden dijk in stand te houden. Wanneer de kade zou breken, ontstaat er een grote aaneengesloten watervlakte ten zuidwesten van de dorpskern van Kortenhoef. Bij zwaar weer en harde wind, die bij ons meestal zuid-west is, zou het water door opstuwing een directe bedreiging vormen voor het dorp. Daarbij komt dat over deze kade sedert lange tijd en ook nu nog de grens loopt tussen Noord-Holland en Utrecht. Ook daarom is het van belang om de Alembertskade in stand te houden. Nu was de Alembertskade aan het begin van de 19e eeuw ernstig verwaarloosd. Het water liep er op veel plaatsen overheen en het gevaar bestond dat bij een flinke storm de hele kade zou worden weggeslagen.

De beide betrokken polders waren niet bij machte om de jaarlijks terugkerende kosten van onderhoud te dragen. Er werd jarenlang onderhandeld tussen Noord-Holland, Utrecht en het Rijk om gezamenlijk financieel bij te springen. Tot een definitieve regeling is het echter nooit gekomen heeft de provincie Noord-Holland aan de polder toegezegd om jaarlijks de kosten voor zover die boven de 250 gulden zouden uitgaan te dragen *  . In 1938 werd dit bedrag gesteld op f 1.750,- en in de jaren zestig heeft de polder alle kosten op zich genomen.