De eerste bepaling omtrent archiefvorming is te vinden in 1628: alle verkopingen van landen moesten geregistreerd worden en er moesten bezegelde brieven van gemaakt worden waaraan het groot zegel van de Bijlmermeer van de baljuw/dijkgraaf en de zegels van de heemraden gehangen werden, gedrukt in rode was. *  De verantwoording van het financieel beheer werd vanaf 1624 per omslag genoteerd. Daar deze onregelmatig werden geheven, werden ook de rekeningen onregelmatig door de penningmeester gesloten. In 1643 werd aan de secretaris opgedragen alle rekeningen van de penningmeester vanaf 1632 af te schrijven in het "groot rekenboek" *  van de Bijlmermeer, achter de rekeningen van de vorige penningmeester. In 1654 werd een vaste dag voor het vaststellen van de rekening bepaald, nl. de eerste dinsdag in maart (vanaf 1693 de 1e zaterdag in mei). De jaarlijkse rekeningen van vóór 1731 ontbreken echter. In de 18de eeuw zijn er meerjaarlijkse rekeningen opgemaakt. Vanaf 1826 kwamen er weer jaarlijkse rekeningen. In de eerste helft van de 17de eeuw, toen men vaak in Amsterdam vergaderde, was er in de Crijgskamer op het stadhuis een kast, waarin de boeken geborgen werden. In 1667 werd aan de koster van Diemen een bedrag betaald omdat hij een aantal jaren de boeken van de Bijlmermeer in de kerk van Diemen in bewaring had genomen. *  In 1695 bevonden de boeken, die op dat moment in gebruik waren, zich in de Bijlmermeer in de secretariekas. * 

Het grote archief was onder de verantwoordelijkheid van de dijkgraaf, en geborgen in een houten kist. Dit is lange tijd zo gebleven. In 1938 bevond het archief zich op de zolder van het raadhuis van de gemeente Weesperkarspel: de dijkgraaf was namelijk tevens wethouder van deze gemeente. Omdat deze gemeente geen ruimte had voor het archief van de Bijlmermeer, besloot het heemraadschap, op aandringen van de toenmalige provinciaal inspecteur, dr. R.D. Baart de la Faille om zelf bij het poldergemaal een nieuwe kluis te bouwen voor het archief. *  Het archief is een aantal keren eerder geordend en beschreven. De eerste lijst van alle "boeken, octroyen en andere stukken en bescheyden toebehorende de Bijlmermeer" dateert van 1752. De lijst werd gemaakt wegens de overdracht van het archief door de secretaris Gerard Burghout aan dijkgraaf en heemraden bij diens ontslag als secretaris. De archiefbestanddelen zijn in deze lijst wel omschreven, maar hebben geen nummer gekregen. Het grootste deel van het archief wordt gevormd door boeken (resolutie-, verkoop-, rekenboeken, rechterlijke rollen). De losse stukken zijn in deze lijst ondergebracht in omschrijvingen als "een pacquet ontwerpen en varia", "een groot pacquet oude papieren, ende eenige van jonger datum". * 

In 1846 werd weer een inventarislijst opgemaakt. De archiefbestanddelen hebben nu een nummer gekregen. De losse stukken zijn deels op zaak, deels op onderwerp, deels naar redactionele vorm, grotendeels echter willekeurig geordend. Ordening naar zaak was vooral toegepast bij processen. Een voorbeeld van ordening naar onderwerp wordt gevormd door de omschrijving "een couvert waarin enige missiven en stukken aangaande de droogmaking van het Bijlmermeer". Ordening naar redactionele vorm is toegepast door bijvoorbeeld enige begrotingen bij elkaar onder één nummer onder te brengen. Een groot deel van de losse stukken is echter geheel willekeurig bij elkaar gebracht en onder diverse nummers in een kist geborgen. Zo zijn er verschillende omschrijvingen als "concepten en onleesbare papieren van het Bijlmermeer van den jare 1625 enz", "een paket brieven, rekwesten en andere verschillende oude papieren welke onleesbaar zijn", "een pakket missiven over differente onderwerpen". *  De ordening van 1846 werd gehandhaafd bij een een nieuwe lijst van 1878. Aangenomen mag worden dat deze ordening ook de basis is geweest waarmee de laatste ordening van het archief vóór de huidige inventarisatie heeft plaatsgevonden. Deze ordening werd uitgevoerd in 1939 door J. Schmitz. Hoewel Schmitz zijn werkwijze in de inventaris niet heeft toegelicht, kan door de aanwezigheid van de hiervoor beschreven lijsten een idee van zijn werkwijze worden gevormd. Schmitz heeft in zijn inventaris een in die tijd gebruikelijke driedeling gehanteerd:
I. Algemene zaken; II. Financiën; III. Waterstaat.
Er werd géén rekening gehouden met verschillende archiefvormers. De ordening vond grotendeels plaats op grond van onderwerp en serievorming.