De inrichting van het stadsbestuur werd geregeld door het stadsrecht. Na 1795 ontstond een nieuwe situatie. Voor het eerst werd een regeringsreglement opgesteld, die verschillende onderdelen van het stadsrecht buiten werking stelde. Een geheel nieuwe situatie ontstond in 1798 toen aan het revolutietijdperk een einde kwam en er een nieuwe staatsregeling voor de gehele Republiek kwam. Zowel de gewestelijke als de stedelijke autonomie werden aanzienlijk ingeperkt. Overijssel sloot zich op 12 februari 1798 daarbij aan. Aan de nieuw op te richten departementale besturen, ter vervanging van de gewestelijke staten, werd de bevoegdheid gedelegeerd om regels op te stellen voor de inrichting van de binnen zijn grondgebied bevindende steden en schout- en richterambten of municipaliteiten. Als gevolg daarvan verloor de stad Zwolle een groot gedeelte van haar bevoegdheid om haar bestuursinstellingen naar eigen inzicht te formeren. Maar in 1802 werd de staatsregeling alweer door een andere vervangen. Dit bracht met zich mee, dat niet alleen Zwolle de hoofdstad werd van het nieuw gevormde Departement Overijssel, maar ook dat de inrichting van het stadsbestuur de goedkeuring behoefde van het departementaal bestuur. Voor het eerst werd duidelijk gesteld, dat aan Zwolle bleef voorbehouden 'het Bestuur over de Policie, Oeconomie en Finantiën', ten behoeve waarvan ook keuren konden worden vastgesteld, 'mits niet strydende tegen de Nationale Wetten en Departementale Inrichtingen' *  .

Gehandhaafd op de oude voet bleef de administratie en uitoefening van de civiele en criminele justitie. Maar ook hier een inperking van de stedelijke autonomie: in het vervolg was appèl mogelijk op een stedelijk college, uitgebreid met een aantal leden van het Provinciaal Hof van Justitie van Overijssel.

Op grond van art. 66 van de staatsregeling van 1805 behoefde de stad Zwolle een nieuw regeringsreglement, dat in 1806 werd goedgekeurd door het gedeputeerd bestuur van Overijssel. Dit reglement bleef tot 1808 van kracht. Sedertdien werd de inrichting van het stedelijk bestuur door de centrale, landelijke overheid geregeld.