Onder de leiding van directrice Mabel Schalij veranderde de Culturele Raad Overijssel in 1994 van naam, omdat het instituut een gedaanteverwisseling had ondergaan. Hiervoor had het instituut een steunfunctie. Deze aanpassingen zijn gebaseerd op het meerjarenbeleidplan Kunst en cultuur op schaal, 1992-1995. Zo gingen ze anticiperen op de belangrijke, toekomstige culturele-, maatschappelijke en bestuurlijke ontwikkelingen. Ze kregen een nieuw werkwijze voor de aanpak van grote, meerjaren projecten en ze gingen zich toeleggen op interne samenwerkingsverbanden en langdurige samenwerkingsverbanden met externe partners. De projecten moesten zich meer richten op specifieke doelgroepen. Ook wilden ze zich meer richten op het faciliteren bij het organiseren van symposia en/of festivals. Ze kregen in 1995 officieel de naam Stichting Kunst & Cultuur Overijssel.

Na de naamsverandering ontstond al snel de wens om te verhuizen naar de binnenstad van Zwolle. Deze wens werd uiteindelijk vervuld in 1997. Toen verhuisde ze van de Jacob Catsstraat naar de Kamperstraat. Ze verhuisden hier heen samen met kunstuitleen Zwolle.

In 2000 betrad de stichting het digitale tijdperk door het digitalseren van de kunstenaarsdossiers en hadden ze in 2001 een eigen website.

In 2003 nam de directrice Mabel Schalij afscheid van de Stichting Kunst & Cultuur Overijssel en werd ze opgevolgd door directeur Marco van Vulpen.

In 2004 kreeg de stichting een nieuwe organisatiestructuur. Vanaf 2004 hadden ze als doelstelling om een culturele dienstverlener te zijn van Overijsselse kunst en cultuur in brede zin. Ze ondersteunden kunstenaars, culturele organisaties, onderwijsinstellingen en gemeenten. Ze ondersteunden ze door ze te informeren, adviseren en door te bemiddelen. De stichting was actief in de Overijsselse cultuursector in de provincie Overijssel. Ze streefden naar gemeenteoverstijgende samenwerking.

In 2005 werd de verbouwing van de begane grond afgerond. De KCO Cultuursalon is een multifunctionele projectruimte waar ontmoetingen konden worden georganiseerd, zoals platformbijeenkomsten, cursussen, debatten en miniconferenties. Daarnaast kon het worden gebruikt als expositieruimte.

Directeur Marco van Vulpen bleef maar een jaar als directeur bij Stichting Kunst & Cultuur Overijssel en werd toen in 2007 opgevolgd door Henk Moes.

Onder de leiding van directeur Henk Moes onder ging de stichting ook veel veranderingen. In 2007 werd gestart met de digitalisering van cultuureducatie. Ze kregen een eigen website en database. Ook werden er plannen gemaakt om het bestuursmodel om te vormen. Plannen die al in een ver stadium waren gevorderd, maar door een faillissement nooit zijn uitgevoerd. Net als de plannen die waren gemaakt voor het 50 jarige bestaan in 2011. In plaats van een groot feest werd het sober gevierd. Directeur Henk Moes heeft hard gestreden om de stichting niet failliet te laten gaan. Toen bekend werd dat ze geen subsidie meer kregen, had hij meteen plannen gemaakt voor een reorganisatie. Plannen die net als de plannen voor het bestuursmodel in een ver stadium waren uitgewerkt. Hij had zelfs met behulp van het advocatenkantoor Benthem Gratama geprobeerd via bezwaarprocedures om de subsidie niet in één keer stop te zetten, maar in afbouwfases. Helaas verloor hij de zaak en ging Stichting Kunst & Cultuur Overijssel in 2012 failliet.