In 1876 werd voor het eerst een orgel (harmonium) aangekocht door de Hervormde Gemeente Wesepe-Averlo: een Serapin Harmonium in een kast van glad eikenhout met een gebeeldhouwd ornament. Het orgel werd gekocht van de weduwe H. Knipscheer uit Amsterdam. Door de slechte constructie deed het slechts negen jaar dienst. Daarna moest de gemeente het een tijdje zonder orgel doen. In hetzelfde jaar 1876 bouwt H.G. Holtgräve een orgel voor de Doopsgezinde Gemeente te Deventer. Toen deze gemeente verhuisde naar de Penninckshoek werd besloten een nieuw orgel te laten bouwen door de Fa. Maarschalkerweerd uit Utrecht. Echter op voorwaarde dat het bestaande instrument voor duizend gulden werd overgenomen. In 1894 werd het door deze firma overgeplaatst naar de kerk in Wesepe voor 1235,00 gulden. *  Het orgel werd geplaatst in het westelijk deel van het schip, enkele meters voor de huidige positie, ter hoogte van de noordelijke- zuidelijke zijingang met daaronder een overdekte gang. Het orgel werd tijdens de restauratie van 1950/1951 grondig gerestaureerd door de gebroeders Van Leeuwen uit Leiderdorp; bij deze restauratie werd het orgel helemaal naar achteren tegen de torenwand geplaatst. Achter in de kerk is rechts de trap die naar de orgelgaanderij leidt. Het orgel wordt vanaf de zijkant bespeeld. Tot 1938 werd er nog door de koster voorgezongen. In 1993 werd het orgel nogmaals grondig gerestaureerd door de gebroeders Reil B.V. uit Heerde. Bij deze gelegenheid schreef de heer P.J. Groenendijk een boekje over de geschiedenis van het/de orgel(s) van de kerk: ' Het Orgel in de Hervormde kerk van Wesepe'. Dit boekje is opgenomen in de inventaris van het archief.