In de inventaris worden achtereenvolgens de archieven beschreven van de besturen van:
- het Binnengasthuis (1430-1825);
- het Buitengasthuis (16e eeuw-1825);
- het Binnen- en Buitengasthuis (1826-1951), vanaf 1873 tevens de Heerinkshuizen;
- de Daniëlla's Stichting (1870-1952);
- de Pruimers Stichting (1882-1951);
- het Binnen- en Buitengasthuis, de Heerinkshuizen, de Daniëlla's Stichting en de Pruimers Stichting (1952-2005).

De scheiding tussen de verschillende archieven is gemaakt op basis van de bemoeienissen van de verschillende besturen. Al hadden het Binnen- en Buitengasthuis vanaf 1660 dezelfde doelstellingen en verplichtingen, zij hadden elk een afzonderlijk bestuur. De archieven van beide instellingen zijn dan ook gescheiden gehouden totdat zij in 1826 een gezamenlijk bestuur kregen.
Dit gezamenlijke bestuur nam in 1873 tevens het beheer van de Heerinkshuizen op zich, maar dat had geen consequenties voor de archiefvorming. In 1952 was er wel sprake van een duidelijke overgang. Met de overname van het beheer van de Daniëlla's Stichting en de Pruimers Stichting kwam er een gezamenlijk bestuur voor de verschillende instellingen, dat alleen de financiële administratie nog gescheiden hield. Dat neemt niet weg dat de archiefjes van de Daniëlla's Stichting en de Pruimers Stichting voor 1952 wel afzonderlijke eenheden vormen.
De vernietiging van archiefbescheiden vond plaats op basis van een met het bestuur van de Stichting De Gasthuizen in juni 2005 overeengekomen Vernietigingslijst. Voor een overzicht van de na verkregen toestemming van het bestuur vernietigde archiefbescheiden verwijs ik naar bijlage 1.
Ten tijde van de overdracht van de archieven in de jaren 1955, 1977, 1981 en 1987 zijn om onduidelijke redenen geen archiefwettelijke overeenkomsten opgesteld. Deze omissie werd in 2005 hersteld, toen in juli van dat jaar door dhr. H.G. de Vries, secretaris-penningmeester, een overeenkomst van inbewaringgeving (beperkt openbaar) werd ondertekend. In deze overeenkomst zijn alle in deze inventaris beschreven gasthuisarchieven samengebracht. Op grond van art. 9 mogen archiefbescheiden jonger dan 20 jaar alleen geraadpleegd worden na schriftelijke en voorafgaande toestemming van het bestuur van de Stichting De Gasthuizen