Eind jaren '40 pleitte het protestante deel van de Zwolse bevolking voor een eigen ziekenhuis naast het R.K. Liefdesgesticht en het Gemeentelijk Sophia Ziekenhuis. Men had daartoe de stichting "Het Protestants Ziekenhuis" in het leven geroepen. Indien dit plan uitgevoerd zou worden, vreesde men het gemeentelijk ziekenhuis te moeten sluiten. Het zou echter een oplossing zijn in het gemeentelijk ziekenhuis een protestants christelijke sfeer in te brengen. Men verzocht de geneesheer-directeur dr. Van Hees met concrete plannen te komen. Gezien het feit, dat het ziekenhuis een gemeentelijke instelling was, kon onmogelijk een bepaalde levensbeschouwing worden ingevoerd. Op 1 juli 1955 bereikte men dan toch een akkoord: Er komt een overeenkomst tussen de gemeente Zwolle en de stichting "Sophia Ziekenhuis" en de stichting "Sophia Ziekenhuis" wordt opgericht. Hiermee werd het beheer van het ziekenhuis per 1 januari 1956 door de gemeente overgedragen aan de stichting "Sophia Ziekenhuis". Bovendien werd bepaald dat de nieuwe stichting een verzoek zou indienen tot de uitbreiding van het ziekenhuis met 225 bedden, de stichting "Het Protestants Ziekenhuis" in het nieuwe stichtingsbestuur 3 van de 9 leden zou leveren, een ziekenhuispredikant zou bekostigen en niet zou bijdragen in de exploitatiekosten en de bouwkosten van de geplande uitbreiding, er wordt een kapel gebouwd, de gemeente Zwolle zou de nadelige exploitatiesaldi voor haar rekening nemen en het ziekenhuispersoneel valt onder de gemeentelijke rechtspositieregelingen. De overeenkomsten zijn in de jaren '70 op enkele punten gewijzigd en per 1 januari 1987 zullen waarschijnlijk de banden met de gemeente Zwolle geheel geslaakt worden.