De magistraat oefende hier ter stede over de meeste geestelijke gestichten toezicht uit. *  Gezien het vorenstaande ligt het voor de hand dat de magistraat van de aanvang af ook het toezicht over de Vilsterenshuizen heeft uitgeoefend. Het register van "Anneminge der stadtdienaren ende verscheiden vicariën, collatien sampt etlicke andere verdragen" bevat bepalingen op grond waarvan belangstellenden opgenomen konden worden in de Vilsterenshuizen. Ook worden hier vier personen genoemd die tussen 1538 en 1542 werden opgenomen. We kunnen dit stuk beschouwen als het oudst bewaard gebleven reglement van de stichting. Dit reglement was in ieder geval in 1538 van kracht, maar is zeer waarschijnlijk van oudere datum. Hieruit blijkt dat de magistraat bemoeienis had met de Vilsterenshuizen. De procuratoren (de toenmalige benaming voor de provisoren) namen de personen alleen op, in aanwezigheid van een burgemeester. Als procuratoren werden in 1540 Gerryt Heeckt en Kerstken Hellinck genoemd. Voorts zien we uit het "Register der stadsampten" dat er vanaf 1565 steeds twee provisoren waren, met uitzondering echter van de jaren 1578 - 1586. In deze periode was er slechts één persoon aangesteld als provisoor.

Daarna zijn er tot 1847 wel weer twee personen belast geweest met het provisoorschap. Ook uit een resolutie van 27 februari 1572 blijkt dat de magistraat het toezicht over de Vilsterenshuizen uitoefende. Uit bovenstaande kan worden geconcludeerd dat het beheer en het toezicht in handen was van de stedelijke magistraat middels zogenaamde provisoren. *  Deze provisoren moesten ieder jaar rekening en verantwoording afleggen aan het stedelijk bestuur, meer direct aan de zogenaamde kameraars en timmermeesters. Deze laatsten fungeerden vooral als overprovisoren van deze stichting. *  De provisoren hebben deze bevoegdheden en verantwoordelijkheden gehad zolang er kameraars en timmermeesters waren (tot 1795). Daarna kwam er een commissie uit de raad, geheten "De gecommitteerden tot de Godshuizen". De bevoegdheden van de magistraat gingen over op elkaar onder verschillende benamingen, opvolgende regeringscolleges en tijdens het Koninkrijk der Nederlanden tenslotte op de gemeenteraad. De functies die oorspronkelijk bij kameraars en timmermeesters hadden berust gingen op de duur over op burgemeester en wethouders. 5 september 1864 werd een gemeentelijk reglement voor de Vilsterenshuizen vastgesteld. * 

Ingevolge artikel 1 van dit nieuwe reglement zal het bestuur over de Vilsterenshuizen, ingevolge het bepaalde bij het stedelijk regeringsreglement, worden uitgeoefend door vier personen daartoe door de stedelijke raad te benoemen. *  Dit reglement is sindsdien niet ingrijpend gewijzigd. *  Vanaf 1955 wordt het bestuur bijgestaan door een administrateur. In 1968 wordt het bestuur met één persoon uitgebreid. De laatste jaren heeft het bestuur derhalve uit vijf personen bestaan. *  Deze besturen hebben tot en met 1976 het beheer gevoerd. Op 4 juni 1976 werd in een gecombineerde bestuursvergadering met een delegatie van het gemeentebestuur vastgesteld, dat het bestuur echter pas na de liquidatie in 1984 door het gemeentebestuur ontheven is van haar functie.