Van de archieven van voor 1892 is veel van de correspondentie verloren gegaan. Een aantal brieven, zowel ingekomen als uitgaande, zijn overgeschreven in de notulen. Daarnaast heeft de onderlinge verdeeldheid zijn sporen in de archieven nagelaten. Van het archief van de Gereformeerde Kerken onder het Kruis is alleen nog een notulenboek over. Dat bevindt zich in het archief van de landelijke synode dat bewaard wordt in het Rijksarchief Utrecht. Het archief van de classis Overijssel-Drenthe van de Nederduitsch Gereformeerde Kerk (dolerende) dat men in de archieven van de particuliere synode Overijssel zou kunnen aantreffen blijkt zich te bevinden in het archief van de classis Zwolle en is daar geïnventariseerd.

Na 1892 is het archiefbeheer beter geregeld. De kerk van Zwolle werd aangewezen als archiefbewarende kerk. Als archivaris werd later ds. Scheps van de Gereformeerde kerk van Deventer aangesteld. Hij bleef tot aan 1924 archivaris. Over deze periode is het archief vrijwel compleet bewaard. Het archiefbeheer wordt daarna chaotischer en niet alle bijlagen zijn meer aanwezig. het gaat dan vooral om de jaren dertig (economische crisis) en veertig (vrijmaking 1944) met voor de kerk moeilijke tijden. Maar ook na deze tijd is het archiefbeheer niet optimaal, zo ontbreken de notulenboeken over de periode 1942-1960. Van de periode 1961-1969 zijn alleen de gedrukte acta van 1961 en 1968 bewaard gebleven.

Een grote verbetering in het beheer kwam met de aanstelling van de heer Broek Roelofs als archivaris in 1969 en als actuarius in 1973. Sinds die tijd is het archief van de particuliere synode min of meer compleet bewaard gebleven. Het archiefbheer bij de deputaatschappen is ook niet optimaal geweest en de archieven en archiefjes zijn dan ook min of meer fragmentarisch overgeleverd.

Aangezien de kerk van Zwolle drie archieven moest beheren (kerk van Zwolle, classis Zwolle en particuliere synode Overijssel) en ze ook nog in één ruimte bewaard werden heeft zich naar alle waarschijnlijkheid een vermenging van archiefstukken voorgedaan. Met deze inventaris is nu dan ook het laatste van deze drie archieven geïnventariseerd. In 1972 zijn de drie archieven overgebracht naar de archiefbewaarplaats van de gemeente Zwolle. Diverse malen zijn daarna nog gedeeltes van archieven naar het gemeentearchief overgebracht. Het laatst tijdens de inventarisatie van de onderhavige archieven in 1991 toen het gedeelte van het archief van de partiucliere synode tot en met 1988 gebracht werd.

Tijdens de inventarisatie bleek er één overheersende orde aanwezig te zijn: het ging om een seriestelsel. De orde bestond uit drie series: notulenboek, kladnotulen en bijlagen. Deze laatste waren per jaar geordend, min of meer naar de agenda van de vergadering voor zover nog aanwezig. De correspondentie was bij de bijlagen ondergebracht. Sinds 1964 zond men met de agenda van de vergadering ook de gedrukt bijlagen mee. Daarvóór werden rapporten veelal mondeling uitgebracht op de vergadering en kwamen dan in de gedrukte acta terecht. In latere jaren heeft men op de stukken het bijbehorende agendanpunt gezet. Het is niet duidelijk of dit later bij een herordening gebeurd is of dat dit er vanaf het begin op gestaan heeft. Deze orde heb ik als de oude orde beschouwd. Afgedwaalde stukken zijn dan ook zoveel mogelijk weer terug gebracht naar de plek waar ze horen. Daarnaast waren er "dossiers" gevormd met bepaalde onderwerpen, zoals inv.nr. 124 met stukken betreffende het archief. Archiefstukken van deputaatschappen die aan de archivaris overgedragen zijn werden apart van het archief van de synode gehouden en dus niet bij de stukken van de synode bewaard.

Hoewel elke synodevergadering op zichzelf staat heb ik de indeling gevolgd zoals die in "Aanwijzingen voor het inventariseren van archieven van gereformeerde kerken en instellingen" voorkomt. Dit betekent dat er een indeling gemaakt is naar de perioden waarin een kerkgenootschap bestond. Binnen deze periode is de oude orde gehandhaafd wat als gevolg had dat de inventaris voor het grootste deel uit stukken van algemene aard bestaat. De archiefbescheiden onder stukken van bijzondere aard zaten dan ook niet bij de bijlagen maar waren apart gehouden in dossiers of werden los tussen de andere stukken aangetroffen. Hoewel er in 1958 een nieuwe kerkorde van kracht werd is als einddatum voor deze inventaris gekozen voor 31 december 1988 omdat per 1 januari 1989 de classis Emmeloord uitgebreid werd tot de gehele provincie Flevoland *  en het gedeelte dat tot de provincie Overijssel behoord weer bij de classis Zwolle kwam. De particuliere synode Overijssel wijzigde daarbij haar haarm in particuliere synode Overijssel en Flevoland.