De taak van de diakonie is in de eerste plaats bijstand verlenen aan hulpbehoevende gemeenteleden. In de 17e eeuw zal dit voornamelijk gedaan zijn door uitdelingen van voedsel en kleding, in de 18e eeuw voelde men toch ook behoefte aan een verdergaande hulp. Men wilde de armen ook huisvesten. De eerste stemmen voor de bouw van een armenhuis gingen al in 1701 op, maar het duurde nog tot 1736 voordat aan de eerste armen onderdak kon worden geboden. Tot armenhuis was toen in gebruik genomen een omgebouwd boerderijtje, dat echter al in 1763 niet meer aan de minste eisen voldeed en zelfs als gevaarlijk werd beschouwd vanwege de slechte atmosfeer die er heerste en die gemakkelijk ziekten tot gevolg zou kunnen hebben. In 1763 is het aanmerkelijk vergroot en voor de verzorgers voorzien van een aparte "armenkamer". Bijna honderd jaar later wordt een aantal woningen door de diakonie opgekocht en omgebouwd tot armenhuis. Het dagelijks toezicht in het armenhuis was toevertrouwd aan een "vader en moeder". Naast de inkomsten uit bezittingen, collecten, schenkingen, legaten en overige had de diakonie te Zwartsluis ook nog een inkomen uit het zgn. "mandegeld". Dit was de opbrengst van de verpachting van de manden waarmee men bij verscheping te Zwartsluis verplicht was de turf te meten. De diakonie zorgde voor deze manden, die een vast formaat hadden, en ontving daarvoor het mandegeld.

Over de geschiedenis van de kerkvoogdij te Zwartsluis voor 1810 vermeldt het archief nagenoeg niets. De archivalia over deze periode ontbreken grotendeels. Mogelijk is hiervan de reden dat het dorpsbestuur zelf nagenoeg alle financiële belangen voor de kerk heeft behartigd, waarbij men de kerkvoogden of kerkmeesters dan ook meer als wereldlijk dan kerkelijke functionarissen beschouwde, en het kerkvoogdijarchief met het archief van het schoutambt is vermengd geraakt. Het oudarchief van de latere gemeente Zwartsluis is echter op een aantal delen na bijna geheel verloren gegaan. Het archief is echter nagenoeg kompleet vanaf 1810, als de kerkvoogdij zelf het financiële roer in handen krijgt. Wanneer in 1870 het ministerie van de Hervormde eeredienst wordt opgeheven, waarmee uiteindelijk de totale scheiding van kerk en staat een feit wordt, wordt ook het Provinciaal College van Toezicht op het beheer van de kerkelijke goederen van een wereldlijk weer een kerkelijke instelling, waarbij de gemeenten kunnen kiezen of zij zich vrijwillig onder dit beheer willen stellen. De meeste gemeenten doen dit, waaronder ook Zwartsluis.