Het Vereenigingsarchief is door de verschillende secretarissen en overige functionarissen gevormd. Het lopende archief werd niet op een centrale plaats opgesteld, doch bij de secretaris in huis of op zijn werkplek. Hierdoor is dit archiefgedeelte diverse malen verhuisd. Dit heeft ertoe geleid dat het Vereenigingsarchief incompleet bewaard is gebleven. Het statische archief bleef waarschijnlijk in bewaring in het gebouw van het Geschiedkundig Overijsselsch Museum. In 1954 werd mr G.J. ter Kuile jr, de toenmalige rijksarchivaris in Overijssel, secretaris van de Vereeniging. Hij beheerde het archief in de Sassenpoort, waar destijds het Rijksarchief in Overijssel was gehuisvest. Toen Ter Kuile in 1971 zijn functie als secretaris neerlegde, zijn functie van rijksarchivaris had hij ook al neergelegd, droeg hij het archief vanaf 1968, gedeeltelijk 1969, aan de nieuwe secretaris, J.C.H. de Groot, over. De archiefbescheiden van voor 1968/1969 zijn op de Sassenpoort in bewaring gebleven. Met mr E.D. Eijken, toen rijksarchivaris in Overijssel, werd schriftelijk overeengekomen dat het Rijksarchief deze bescheiden officieel in depôt zou nemen, onder voorwaarden van het recht tot raadpleging door de bestuursleden *  .

Het archief dat liep over de periode 1857-1922, vijf archiefdozen, werd in 1978 aan het Rijksarchief in Overijssel overgedragen *  . In 1983 gaf de Vereeniging opnieuw een stukje archief uit de periode 1858- 1950 (ca. 50 cm.) aan het Rijksarchief in bewaring *  . Op de overdrachten uit 1978 en 1983 werd in 1990/1991 door de toen fungerende secretaris van de Vereeniging (de oud-rijksarchivaris mr E.D. Eijken) een 'plaatsingslijst' vervaardigd. Tevens voegde hij enige archivalia toe tot en met 1979. Tenslotte werden in 1995 en 1996 diverse archivalia overgedragen aan het Rijksarchief in Overijssel door verschillende functionarissen van de Vereeniging tot en met 1995/1996. Hiervan zijn geen akten van inbewaargeving opgemaakt.