Toen in 1663 het convenant tussen de Ridderschap en de drie IJsselsteden werd gesloten, bevonden de archieven van de geestelijke instellingen, die aan de Ridderschap waren toegewezen, zich nog in de instellingen zelf. Niet onaannemelijk is, dat die archieven toen niet meer geheel compleet waren. Immers vooral aan het eind van de 16e eeuw had het platteland van Overijssel nogal geleden van rondstropende en plunderende benden soldaten *  . Van het oud-archief van het Stift Zwartewater zijn enkele stukken slechts bewaard gebleven *  . Waarschijnlijk is het merendeel verloren gegaan toen de overgebleven juffers zich rond 1650 te Hasselt vestigden en de resterende kloostergebouwen te de Velde en het Klooster onbeheerd achterbleven. Daarentegen is het oud-archief van het klooster te Almelo vrijwel compleet bewaard gebleven, omdat bij de overdracht van het klooster in 1663 aan de Ridderschap ook de aanwezige charters en bescheiden direct werden overgegeven.

Tijdens de Keuls-Münsterse bezetting van 1672-1673 werden door de bisschop van Münster nieuwe rentmeesters aangesteld voor het Stift Weerselo, Frederik Koitenbrouwer, en voor de proosdij, het kapittel en het klooster te Oldenzaal, Berend Wolderink. Uit die goederen zouden de kanunniken van het herstelde kapittel te Oldenzaal hun inkomsten krijgen. Beide rentmeesters waren ingezetenen van de stad Oldenzaal. Ongetwijfeld hebben zij de toen nog aanwezige archieven in hun woonplaats geconcentreerd. In 1674 blijken die in het bezit te zijn van de kanunnik van het kapittel, Jan van Deventer. Na de bezetting weigerde hij de archivalia aanvankelijk af te geven aan de gemachtigde van de Ridderschap. Pas na herhaald bevel van de overheid liet hij de gemachtigde toe tot zijn woning, waarna de daar aanwezige kast werd verzegeld en gereedgemaakt voor vervoer naar Deventer.

Toen men een aanvang wilde maken met het vervoer, bleek de kast opengebroken te zijn en de daarin geborgen stukken verdwenen. De tot het Stift Weerselo behorende stukken waren blijkbaar in een afzonderlijke kist geborgen, die nog gaaf was. Bij aankomst te Deventer bleken ook de zegels van deze kist verbroken en de archivalia verdwenen. De voerman die het transport begeleidde en ter verantwoording werd geroepen, beschreef de route van het transport nauwkeurig. Onderweg zo verklaarde hij had hij niets onregelmatigs bemerkt en het was hem dan ook onverklaarbaar hoe een en ander had kunnen gebeuren *  . Om toch enig inzicht te krijgen van de staat van de genoemde rentambten, moesten de door de bisschop van Münster aangesteld rentmeesters een verslag van hun beheer opstellen *  . De restanten van het archief van de Ridderschap werden in het vervolg bij de griffier ondergebracht. Na de Keuls-Münsterse bezetting werd een summiere inventaris vervaardigd van de toen aanwezige stukken, die een goed overzicht geeft van hetgeen was overgebleven *  .

De griffier van de Ridderschap bleef tot 1795 belast met de zorg voor het archief, dat zich te zijnen huize bevond. Voor de vergaderingen van de Ridderschap die afwisselend in een van de steden Deventer, Kampen en Zwolle plaatsvonden was hij genoodzaakt iedere keer opnieuw de relevante archivalia te doen transporteren. In 1790 werd opnieuw een inventaris van de aanwezige archivalia opgemaakt. Daaruit blijkt wel, dat van een systematische berging en beheer geen sprake was. Dankzij de uitgebreidheid van deze inventaris is het mogelijk enige stukken te traceren, die thans niet meer voorhanden zijn *  .

Met het oog op de precaire situatie, ontstaan door de inval van de Fransen in de Zuidelijke Nederlanden, werd in 1794 een gedeelte van het archief van de Ridderschap afgezonderd van de rest. Dit was het meest recente gedeelte en uit politiek oogpunt het meest gevoelige *  . Dit bevatte o.a. de secrete resoluties van de Ridderschap en de laatste afgehoorde rekeningen van de onderscheidene rentmeesters. Waarschijnlijk gebeurde dit om een herhaling van de situatie na 1674 te voorkomen. Dit gedeelte werd dan ook nog in oktober van datzelfde jaar verzonden naar prof. S.F. Meiling te Lingen, die de kist in bewaring nam *  .

Na de omwenteling van 1795 eisten vertegenwoordigers van de Provisionele Representanten van het Volk van Overijssel pas in 1797 de bij Meiling berustende archivalia op. Pas na toestemming van enige leden van de voormalige Ridderschap wilde Meiling het archief afgeven. Op 10 augustus 1798 werd dit gedeelte van het archief weer verenigd met het nog in Overijssel aanwezige. Uiteindelijk kwam het in Zwolle terecht, waar het samen met het archief van de voormalige Staten werd bewaard. In 1813 belandde het op de zolders van het provinciale gouvernement aan de Diezerstraat te Zwolle. In 1898 werd het overgebracht naar de Sassenpoort te Zwolle, die juist was ingericht tot rijksarchiefbewaarplaats in de provincie Overijssel en tenslotte kwam het archief in 1976 naar het huidige gebouw van het Rijksarchief in Overijssel aan de Eikenstraat te Zwolle.

De herkomst van de archieven van de kwartierridderschappen is onbekend. In de oude inventarissen van de Ridderschap komen zij niet voor. Waarschijnlijk zijn zij op een onbekend tijdstip in de 19e eeuw door het Rijksarchief verworven. Voor het eerst worden zij vermeld in de z.g. "manuscript-inventaris". Het archief van de ridderschap van Salland ontbreekt geheel. De archieven van de ridderschappen van Twente en Vollenhove zijn - voor zover valt na te gaan - uiterst fragmentarisch bewaard gebleven.