De archieven over de periode 1599-1813 zijn zodanig geordend, dat de bescheiden ten aanzien van familiegeld, gemaal, erfdijks- en binnenlandse lasten, monsterrollen, dorpslasten, logiesgeld, akten van indemniteit enzovoort bij elkaar gehouden werden. Van 1811 tot 1843 werden in het archief van de gemeente Zeist de ingekomen stukken in chronologische volgorde opgeborgen. De antwoorden werden in het kort beschreven in de kopijboeken van brieven enz. van Zeist. Deze methode voldeed op den duur blijkbaar niet, want vanaf 1844 werden de antwoorden bij de ingekomen stukken gevoegd. Sedertdien werden de stukken zaaksgewijze bijeengehouden. Alle correspondentie over één zaak kreeg hetzelfde nummer. Wanneer de eerste zaak, die in het 5-jarig tijdperk voorkwam bijvoorbeeld een geldlening betrof, werd deze onder G geboekt en kreeg als aanduiding: G1/1. Het eerste nummer was het chronologische volgnummer van het geheel, het tweede was het volgnummer in de betreffende rubriek. De volgende zaak, bijvoorbeeld betreffende paspoorten, werd geboekt onder P en kreeg als aanduiding: P 2/1, een derde zaak bijvoorbeeld betreffende grondbelasting: G 3/2. Na vijf jaar werd met een nieuwe nummering begonnen. Deze wijze van ordening bleef gehandhaafd tot 1 januari 1906.