Halverwege de 19e eeuw ontstond binnen de Hervormde gemeente van Westzaan een groepje kerkgangers die het daar niet kon vinden vanwege de vrijzinnige aard van diverse voorgangers. Sommigen lazen thuis een preek, anders zochten hun heil elders. Vanaf omstreeks 1860 kwam een klein groepje bijeen in een schuurtje van Pieter Brinkman, ter hoogte van J.J. Allanstraat 185. Daarnaast was er een groep die onder meer bijeenkwam in een huis “op het land van C. Oudkerk”. Vanaf 1880 was er in elk geval sprake van een vrij georganiseerde gemeente met een eigen boekhouding. In april 1882 kocht voor hen de classis Amsterdam van de Christelijk Gereformeerde Kerk een pakhuis of bergplaats ter hoogte van Zuideinde 63. Er kwam een toren op het dak en aan de zuidkant kwam een consistorie. Er ontstond voor ongeveer 140 personen plek. Op 9 augustus 1882 werd het Evangelisatiegebouw in gebruik genomen. Op 25 maart 1885 werd de Christelijk Gereformeerde Gemeente Westzaan geïnstitutioneerd.
Een deel van de thuislezers rond de groep van Brinkman kwam ook aan het Zuideinde naar de kerk. In 1887 traden ze daar weer uit en gingen weer terug naar het schuurtje aan de J.J. Allanstraat (uit deze groep zou in 1888 de Gereformeerde Gemeente onder ’t Kruis worden geïnstitutioneerd, in 1907 met andere kerkverbanden gefuseerd tot Gereformeerde Gemeente).
De Christelijk Gereformeerde Kerk aan het Zuideinde ging in 1892 mee in de landelijke fusie met de Christelijk Gereformeerde Kerk en de Nederduits Gereformeerde Kerk als Gereformeerde Kerk in Nederland (in de jaren ’50 van de 20e eeuw zou overigens opnieuw als afsplitsing van de plaatselijke Gereformeerde Gemeente een Christelijk Gereformeerde Kerk in Westzaan ontstaan).
In 1904 werd het kerkgebouw overgeschreven op naam van de plaatselijke gemeente en in 1917 werd het pand Zuideinde 73 aangekocht als pastorie.

Tien jaar later werd besloten daarachter een nieuwe kerk te bouwen, aan de Groene Jagerstraat. De Zaandamse architecten J. en D. Eilmann ontwierpen een gebouw in de stijl van de “Amsterdamse School”. P. Rot Czn legde de eerste steen. De familie Rot was een vermogende houthandelaarsfamilie (later Rote) die hun terreinen in de nabijheid van de kerk hadden en op financieel gebied veel voor de gemeente betekend hebben. Zo financierde Rot de bouw van de kerktoren.
Begin jaren ’30 bleek de kapconstructie van de kerk niet in orde en werd deze hersteld.
Het oude kerkgebouw aan het Zuideinde door de firma Rote aangekocht en in 1929 ingericht als verenigingsgebouw voor het dorp. In 1975 zou het afbranden.
In 1943 werd een tweedehands pijporgel in gebruik genomen, aangeboden door de familie Rot.
In 1972 startte een Samen-op-Wegproces met de plaatselijke Hervormde gemeente. Al heel vlug bleek onderhoud van twee gebouwen te kostbaar. Ondanks dat het orgel begin jaren ’70 nog hersteld was, werd in 1978 de Gereformeerde Kerk buiten gebruik gesteld en de diensten gezamenlijk in de Grote Kerk gehouden. In 1980 hield de Gereformeerde Kerk Westzaan als zodanig op te bestaan; de Samen-op-Weggemeente Westzaan zou in 2004 meegaan in een landelijk fusietraject tot Protestantse Kerk in Nederland.
De Gereformeerde Kerk, verenigingsgebouw “De Bun” en de pastorie werden in 1980 verkocht. De torenklok van de Gereformeerde Kerk is in 1983 aan de westgevel van de Grote Kerk aangebracht. Het orgel kreeg uiteindelijk in 1986 een plaats in de Kerk van de Nazareër in Koog aan de Zaan maar is daar nooit gebruikt. Uiteindelijk kwam een partycentrum in de voormalig Gereformeerde Kerk. De vloer en glas-in-loodramen zijn nog origineel.