Omdat Avenhorn en Oostmijzen in de periode 1795-1803 elk een eigen municipaliteit en civiel gerecht hadden, moeten de uit die tijd daterende stukken van deze dorpen worden beschouwd als aparte archieven. Hierbij kunnen drie archieven onderscheiden worden:
1. Het archief van de municipaliteit van Avenhorn van 1795 tot 1803;
2. Het archief van het gerecht van Avenhorn van 1795 tot 1803;
3. Het archief van het gerecht van Oostmijzen van 1797 tot 1803.
Gezien de geringe omvang van deze archieven zijn de stukken eenvoudig geordend naar chronologie.
Van de municipaliteit van Oostmijzen is geen archief bewaard gebleven, net zo min als uit de periode voor 1795. Toen stonden Avenhorn en Oostmijzen wel onder een gezamenlijk dorpsbestuur, maar omdat dit geen archief heeft nagelaten, hoefden in het ordeningsschema geen verdere kunstgrepen worden bedacht.

Ook in het archief van Grosthuizen is een caesuur aangebracht. De scheiding tussen oud en nieuw is gelegd bij de tijdelijke opheffing van de gemeente Grosthuizen in de periode 1812-1816. De naar onderwerp geordende gemeentelijke stukken hebben een kleine uitloop tot het jaar 1812. De leden van het opgeheven gemeentebestuur bleven aan als polderbestuur, en notuleerden in het oude en nog niet volgeschreven gemeentelijke notulenboek. Tot het oud-archief van Grosthuizen behoren overigens ook de stukken van het van 1795 tot 1803 gefungeerd hebbende civiel gerecht.
Het archief van Scharwoude bevat geen stukken van voor 1817, en behoeft wat een "oud-archief" betreft geen toelichting.
In de "nieuwe" archieven van Avenhorn & Oostmijzen (1804-1854), Grosthuizen (1817-1854) en Scharwoude (1817-1854) zijn de stukken, behoudens het gebruikelijk onderscheid tussen "stukken van algemene aard" en "stukken betreffende bijzondere onderwerpen", geordend naar onderwerp. Uit de archieven van voor de samenvoeging van 1854 zijn geen stukken vernietigd.

Ten aanzien van het archief van Avenhorn & Oostmijzen moeten nog enkele opmerkingen worden gemaakt. Ten eerste bevat het namelijk ook de stukken uit de periode 1812-1816, waarin de drie gemeenten al eens kortstondig verenigd waren. Deze stukken zijn niet als apart archief in een afzonderlijke afdeling ondergebracht ter voorkoming van een al te grote versnippering. Op deze plaats wordt volstaan met de opmerking dat de stukken uit die tijd de gecombineerde gemeente betreffen. De reeds genoemde serie minuten, afschriften en brievenboeken van verzonden stukken uit de periode 1817-1846, waarin de Hoornse burgemeesters/gemeentesecretarissen de drie gemeenten op één hoop gooiden, is opgenomen in het archief van Avenhorn & Oostmijzen. Bij de archieven van Grosthuizen en Scharwoude zijn verwijzingen geplaatst. Van de minuten en afschriften uit de jaren 1817-1830 (GA Avenhorn & Oostmijzen, inv.nrs. 47-49) is omstreeks 1930 een index en inhoudsopgave vervaardigd. Dit archiefstuk(!) zal te zijner tijd worden opgenomen in de inventaris van het code-archief. Er is een fotokopie van dit stuk gemaakt, omdat de inventarisatie van het code-archief nog wel geruime tijd op zich zal laten wachten. De fotokopie is opgenomen in de handschriftenverzameling en op te vragen onder catalogusnummer 1350.

Tot slot volgt hier nog een toelichting over de stukken betreffende het polderbestuur. Bij de inventarisaties van de archieven Schellinkhout, Spanbroek en Opmeer bleek dat de band tussen polder en gemeente pas werkelijk werd verbroken toen de door het Provinciaal Bestuur vastgestelde "bijzondere reglementen van bestuur" van kracht werden. Tot dan traden de gemeentebesturen, als opvolgers van de vroegere dorpsbesturen, op als plaatselijke polderbesturen. Polderzaken werden tussen de gemeentelijke zaken door behandeld, en werden eenvoudig in de raadsnotulen opgenomen. Er was slechts sprake van een financiële scheiding tussen gemeente en polder, op het personele vlak was de band tussen beide nog volledig. Daarom konden de "polderstukken" met recht in het gemeentearchief worden opgenomen. Daarbij werden de "stukken betreffende bijzondere onderwerpen" geordend naar funktie, anders gezegd naar taakonderdelen van de archiefvormende instantie. De gemeentelijke stukken werden geplaatst onder de afdeling "gemeentebestuur", de polderstukken onder "polderbestuur". In Avenhorn & Oostmijzen, Grosthuizen en Scharwoude was de band tussen polder en gemeente ook evident, maar toch bepaald anders dan in de hiervoor genoemde gemeenten. Ten aanzien van het plaatselijk polderbestuur zetten de gemeenteraadsleden hier immers de Hoornse burgemeesters/gemeentesecretarissen buitenspel door zich op eigen houtje als apart college voor het polderbestuur te gedragen. Hierdoor vinden we in de notulen van de gemeenteraad geen behandeling van polderzaken, zelfs niet nadat de drie gemeenten in 1845 een eigen burgemeester kregen. Deze autochtonen konden weliswaar gaan fungeren als voorzitters van de plaatselijke polderbesturen, maar nu moest er nog een Hoornse gemeentesecretaris (C. de Jongh Bloem) buiten de deur worden gehouden.

Al met al kon plaatsing van de polderstukken in de gemeentearchieven niet worden gerechtvaardigd. Hoewel er van een gereglementeerd polderbestuur geen sprake was, moest worden geconcludeerd dat de gemeenteraad een eigen leven leidde als semi-legaal polderbestuur. En dat in voldoende mate om te kunnen spreken van een aparte archiefvormende instelling. Daarom zijn de in het gemeentearchief aangetroffen bescheiden overgebracht naar de binnen enkele jaren te inventariseren archieven van de bannen Avenhorn, Grosthuizen en Scharwoude. Hoewel deze bestuursinstellingen pas in 1858 werden gereglementeerd en in 1859 aantraden, zullen hun archieven dus tevens de stukken bevatten die hun "onwettige" voorgangers hebben nagelaten. Als beginjaar voor deze vervreemding is 1812 gekozen. Door het aanblijven van de bestuurders van de tijdelijk opgeheven gemeenten gingen de plaatselijke polderbesturen in dat jaar een eigen leven leiden.

Ook in het archief van de gemeente Avenhorn (1854-1925) is de onderverdeling in "stukken van algemene aard" en "stukken betreffende bijzondere onderwerpen" gemaakt. Voorts is de oude orde gehandhaafd, ook die van de stukken geordend volgens de rubriekenstelsels uit de periode 1913-1925. Vanwege onderlinge verwijzingen had het archief een structuur gekregen die niet verstoord mocht worden.

Uit het archief van de gemeente Avenhorn zijn vernietigd:
- De nu ontbrekende stukken uit de compleet aangetroffen serie ingekomen stukken (1854-1912) en rubriekenstelsels (1913-1925);
- Bijlagen bij de gemeenterekeningen, 1854-1925;
Hiervan zijn uitgezonderd:
a. de kohieren van de hoofdelijke omslag, hondenbelasting en schoolgeld;
b. de zogenaamde "specifieke staten van ontvangsten en uitgaven";
c. mandaten betreffende enkele bijzondere gevallen.
- Journaals en grootboeken van de gemeenteontvanger, 1880-1925;
- Statistieken betreffende leerlingen en onderwijzers (mits de gegevens ook te vinden waren in de bijlagen bij de gemeenterekeningen of de jaarverslagen betreffende het onderwijs), 1860-1913;
- Stukken betreffende de verlening van pensioenen aan ambtenaren, 1914-1918.

De bouwvergunningen onder de inventarisnummers 816-820 en 822-827 zijn in 2022 geplaatst in de toegang 1295-BD. De inventarisnummers zijn hernummerd; het oude nummer is opgenomen in het veld orde.