De gothische kruiskerk dateert uit de 15e eeuw. Het onderstuk van de ingebouwde toren zou 13e-eeuws zijn en dus nog van de eerste kerk resteren. De huidige kerk is na in 1672 te zijn verbrand opnieuw "op de muren opgetrokken". (Voorlopige Lijst, 1915) P. 409.) In het Rampjaar kwamen Fransen onder leiding van de hertog van Luxemburg via de Meije de Rijn over en .lieten naar ontvangen bevel roven, moorden en brandstichten, eerst te Zwammerdam en vervolgens te Bodegraven.
Dit gebeuren is al snel vaak beschreven. (De Hooghe, 1673 - Quintius, 1673 - Verduijn, 1673 - Van Wicquefort, 1674). Ds A. Hellenbroek (te Zwammerdam van 1683-169I) herdacht het jaarlijks en twee preken erover bleven bewaard. (Hellenbroek, 1735) Zeker een eeuw na de ramp verschenen diverse drukken van een schoolboekje dat o.a. zegt, dat vrouwen in de kerk van geld en "beste kleederen" beroofd werden en daarna ook de kerk bij de verwoesting niet gespaard werd. (Nieuwe Spiegel, p. 65) Deze oude publicaties worden reeds lang als propaganda tegen de Fransen gezien in plaats van als zakelijke verhandelingen. "Men behoeft zig niet van het verachtenswaardige schoolboekje, bekend onder den naam van "Fransche Tirannij", te bedienen, om de jeugd het haatelijk gedrag der Franschen van dien tijd in te boezemen. De getrouwste en waarachtigste verhaalen, zonder haat geschreven, zijn genoeg in staat om hunne onmenschelijke bedrijven met de zwartste verwen aftemaalen, en daaruit te doen zien, dat hunne woede zig niet alleenlijk bepaalde aan gebouwen, maar ook aanviel op menschen.." (Kok, 1787, p.622) "Onze propaganda heeft de wreedheden die Luxembourgs soldaten in Zwammerdam en Bodegraven pleegden, weldra schromelijk overdreven.

Toch waren de feiten... ernstig genoeg." (Roorda, 1971, p.108) Oude geschriften spreken ook over een totaal verwoesten van de kerk. "Bij die gelegentheit zijn de huizen ende kerk jammerlijk verwoest; doch naderhand is alles fraayer als te voren herbouwt; en de kerk wederom met eenen schoonen en spitzen toren verciert." (v. H., 1719, p.333) De kerk heet afgebrand en men meldt het 'stichten' van een nieuwe. (Bakker, 1801 - Van der Aa, 1851 - Hardenberg, 1968) Eerst in onze eeuw wordt gesteld: "We moeten dus aannemen dat ook de kerk in die ramp heeft gedeeld, ofschoon de bouworde ons naar een vroeger tijdstip dan 1673 terugvoert. Het waarschijnlijkst dunkt mij dat de muren zijn blijven staan en bij de herstelling ten nutte zijn gemaakt." (Regt, 1904, p.167) Later zegt deze auteur nog stelliger, dat de geblakerde muren opnieuw gebruikt zijn. Inmiddels is dan ook rond 1921 een middeleeuws nisje herontdekt. (Regt, 1937) Thans resteert ons nog onverwacht veel van voor 1672: de uiteraard gerestaureerde muren met diverse voorreformatorische nisjes, een losse steen in de kerk met het jaartal 1597, twee Avondmaalsbekers met opschrift "Ghifte aan de kerck van Swaenenburgerdam van Iacop Ariense Brabander anno 1669" en vele archiefstukken, (inv. nrs. 219, 349, 396-399, 411, 436, 466 en in de collectie DTB inv. nrs. 1 en 5)

Archiefstukken en zilver kunnen ten tijde van de ramp elders verborgen zijn geweest. Immers: "de Bewooners hadden wel veel van hunne goederen geborgen, en na Gouda vervoert, maar al het geene ovrigens in de Huizen nog gevonden wierd, geroofd zijnde, wierden de Huizen in brand gestoken". (Bakker, 1801) Voor de opbouw van de kerk werd subsidie verkregen van de Staten (Japikse, 1903, notulen dec. 1674) en landelijk gecollecteerd. (Knuttel, 1915, p. 49 en 131) Van de herbouw bleven losse archiefstukken bewaard: 412-414 en bevatten de jaarrekeningen vele gegevens (inv. nr. 466) Vermeldenswaard zijn b.v. posten als die van 29 juli 1674 over het schoonmaken van 44.000 stenen voor fl.22.-.-, van verteringen van de glazemaker in 1676 bij het inzetten van een gebrandschilderd glas van Rijnland en van in 1676 en 1677 over jaren geïnde achterstallige kerkerente.
In 1833 werd de oude consistorie in het Zuiderkruis verlaten en de deur ervan naar de kerk dichtgemetseld. In het koor werd een nieuwe consistoriekamer met zolder en daarlangs een lambrisering gebouwd, (inv. nr. 422) In 1842 bouwden de gebroeders Lohman naar bestek van W. van Bemmel en D. van Vreumingen - allen te Gouda - de nog aanwezige galerij met orgel. (inv. nrs. 305 en 423) In 1886 werd de kerk o.l.v. architect J. Goldberg uit Hazerswoude hersteld, waarbij de buitenmuur werd bepleisterd. (inv. nr. 429) In 1904 werden in het koor oplopende banken beschreven en werd gesteld dat "dit gedeelte eenige jaren geleeden is aangebracht". (Regt, 1904) Daarbij zal de consistorie anno 1833 weer verwijderd zijn. Benut werd in het begin van deze eeuw een lokaal tegen het noorderkruis. In 1921 is het zuidertransept van rommelhok veranderd in een vergaderzaaltje. (Regt, 1937, P.17) In 1947 wees het Rijksbureau voor de Monumentenzorg vernieuwing van de ramen af en adviseerde algehele restauratie.

Deze vond plaats van 1948-1957 o.l.v. de architect Piet v.d. Sterre uit Leiderdorp en de monumentenzorg-ambtenaar C.A. Baart de la Faille. (inv. nr. 434) Buitenmuren werden ontpleisterd en de consistorie tegen het noorderkruis afgebroken. In toren en kerkmuren werden volgens de pers 'romeinse moppen' verwerkt van het in de 2e wereldoorlog verwoeste kasteel te Leersum/Rhenen. Van de toren - eigendom van de burgerlijke gemeente - verdween helaas de trans met balustrade, die al op oude prenten te zien is. (Vis, 1970) De nu nog aanwezige torenklok, in 1682 gegoten door Gerhard Schimmel, werd in 1689 door o.a. ds Hellenbroek in Amsterdam gekocht ter vervanging van een lichtere. Gezien de betaling was deze eigendom van kerk, diakonie en ambacht samen. (inv. nr. 414) Een verklaring van b en w van Zwammerdam uit 1957 gaat uit van puur gemeentelijke eigendom! (inv. nr. 415) Een reglement op het begraven sprak overigens al in 1657 van zowel een grote als een kleine luidklok. Nog tot 1828 werden aparte sommen ontvangen voor het luiden van kleine klok, grote klok of beide. (inv. nrs 436 en 445).

Wat het interieur betreft zijn vele details bewaard. In 1730 was het verwulfsel"Ligt Berlijns Blaauw", balken, lijstwerk, korbelen en stijlen "zeegroen" en de "appel van de roosen zoo van de halve oft heelen" verguld, terwijl de rozetten verder "fermiljoen rood" waren. (inv. nr. 417) Uit 1680 en 1685 dateren oorspronkelijke' grafzerken. Verder achtte men het bij de restauratie in de vijftiger jaren passend om de stenen van het kerkhof als kerkvloer te benutten. Bij de herbouw na 1672 kreeg de kerk gebrandschilderde ramen. In 1790 resteerden er nog drie van in het koor. Een beschrijving is gepubliceerd. (Regt, 1937, p. 23). In 1972 werd zo in het raam in het koor een herinnering aangebracht aan 1672. De huidige kansel, het doophek en enkele antieke banken werden bij de restauratie rond 1956 voor fl.1500, - gekocht van de Hervormde Kerkvoogdij te Maassluis. Ze moeten dateren uit 1664, toen de Kleine Kerk daar opnieuw in gebruik werd genomen. Deze kerk kreeg in de vijftiger jaren juist een bestemmingsverandering en is inmiddels afgebroken. (Mastenbroek, 1936 en Sigal, 1948 geven informatie over de Kleine Kerk, zie voor de verhuizing inv. nr. 434) In Zwammerdam vervingen ze een eenvoudige 19e-eeuwse kansel met lijstwerk en tekst uit 1923 alsmede een toch op c.1675 gedateerd doophek! (Regt, 1937, p.17/18) Een liedbord uit die tijd, dat aan de kansel hing, bleef bewaard en siert nu de muur ernaast. Het is al met al het enige meubelstuk uit de herinrichtingsperiode pal na 1672.
De 17de-eeuwse voorlezerslezenaar met het dorpswapen werd op het doophek uit Maassluis herplaatst. Een in 1762 geschonken koperen bijbellegger met familiewapen voor de kansel werd in 1956 verruild met een eenvoudiger exemplaar uit Oegstgeest. Dezelfde architect en monumentenzorg-ambtenaar voerden daar tegelijk een "modelrestauratie" uit. (Van Krieken, 1959 - zie over hun visies ook: Steensma, 1982).

Nazaten van de schenkster trachtten tevergeefs nadien de ruiling tussen de beide kerkvoogdijen ongedaan te maken. Eertijds hingen in de kerk wapenborden, waarvan een beschrijving is gepubliceerd. (Regt, 1937, P. 25-27) In I846 mochten ze worden stukgeslagen en ten voordele van de kerk verkocht worden, (inv. nr. 425) Onbekend is, wat met het schilderij gebeurde, dat ooit tegen de torenmuur in de kerk hing. Dit stuk "betrekkelijk eenige voorvallen op de hofstede Kruydenburg plaats gehad hebbende" over de verzoening tussen Tromp en De Ruyter onder Willem III verdween in de eerste helft van de 19de eeuw. (Bakker 1801 en Van der Aa, 1851) Bewaard is verder de kuif van een ambachtsgestoelte uit de l8de eeuw met de gecombineerde wapens van Voshol en Zwammerdam; hij is in de Franse tijd slechts kort verwijderd geweest... Voor de restauratie stond deze bank in het koor, waar ook borden met predikantslijsten hingen. Deze laatste werden met de restauratie verwijderd, bleven particulier bewaard en zijn recent door zorgen van kerkvoogden herschilderd en opnieuw aangebracht. In 1951 was voor het gebruik van de kerk door de Gereformeerden een nieuw doopvont ontvangen, (inv. nr.309, not. d.d. 19-11-1951) In 1908 kwam er nieuw gaslicht en werden van de oude kronen foto's genomen "om zoo verder met verschillende liefhebbers van oudheden tot een goede verkoop te komen". (inv. nr. 308, not. d.d. 15-5-1908) Bij de restauratie werd gepubliceerd, dat ze terechtgekomen waren in het slot te Koblenz. (Dagblad "Rijn en Gouwe" d.d. 30-11-1956, zie inv. nr. 434) De dameskrans schonk in fasen rond 1960 nieuwe kronen in oude stijl. Foto's van het kerkinterieur voor de restauratie werden gepubliceerd. (Beunder/Roest, 1975 P. 64 en 67).