Zo ontstond ook het dekenaat te Alphen aan den Rijn. Geografisch gezien bestreek het dekenaat een flink gebied. Op het hoogtepunt vielen de parochies in Aarlanderveen, Alphen aan den Rijn, Bodegraven, Langeraar, Leimuiden, Meije Zegveld, Nieuwkoop, Nieuwveen, Noorden, Oude Wetering, Roelofarendsveen, Ter Aar en Zevenhoven allemaal onder het dekenaat.

Uiteindelijk werden de parochies van Oude Wetering en Roelofarendsveen bij andere dekenaten ondergebracht.

Tot aan het jaar 1955 viel het dekenaat onder het Bisdom Haarlem. Vanaf 1956 viel het dekenaat onder het Bisdom Rotterdam.

Aan het hoofd van het dekenaat stond een deken.Tot aan 1853 was de functie van deken niet zo veelzeggend. Met het eerder genoemde herstel van de bisschoppelijke hiërarchie kreeg deze functie een steeds meer belangrijke rol binnen het dekenaat. De deken was feitelijk degene die het in alle opzichten binnen het dekenaat voor het zeggen had.
Pas in het begin van de jaren zeventig werd er een dekenaal pastoraal bestuur opgericht. Hiermee kwam een betere taakverdeling binnen het dekenaat.

Het dekenaat werd in 1998 opgeheven en, samen met de dekenaten van Alkemade, Zoeterwoude, Gouda én de geloofsgemeenschap Moerkappelle, gevormd tot het dekenaat Het Groene Hart. Uiteindelijk werd ook dit dekenaat i 2006 opgeheven.

Het secretariaat van het dekenaat was gehuisvest in de Bonifatiuskerk in Alphen aan den Rijn. Tot 1968 was de pastoor van deze parochie tevens deken van het gehele dekenaat.
(NB. In bijlage I is een overzicht van de dekens over de jaren 1853-1998 opgenomen. Vanaf 1968 is besloten om conform de ingevoerde "nieuwe stijl" op een democratische wijze een deken te benoemen).