De Centrale Bibliotheek heeft enkele bijzondere collecties: onder andere de collectie Stuyt betreffende de Franse Revolutie, de Vondelcollectie, de collectie Plantijn en een aanzienlijke collectie Nederlandstalig toneel. Speciale onderdelen van de collectie zijn de voormalige bibliotheken van de Redemptoristen en die van de Dominicanen alsook de bibliotheken van het Canisiuscollege van de Jezuïeten te Nijmegen en van het Klein Seminarie Apeldoorn. De bibliotheek bezit naast een aanzienlijke collectie Prijsbanden ook een grote collectie Jugendstilbanden.
De collectie handschriften omvat 85 middeleeuwse manuscripten en 520 van na 1600. Ook ongeveer 120 incunabelen en 400 postincunabelen, microfiches van Middelnederlandse handschriften uit Nederlandse en Belgische bibliotheken en facsimile-uitgaven (o.a. de serie Codices Selecti) maken deel uit van de collectie.
De bijzondere materialen tot en met 1850 kunt u raadplegen in de Leeszaal Bijzondere Collecties. Tijdschriften gepubliceerd na 1800 kunnen opgevraagd worden in de Tijdschriftenzaal op de 1e verdieping.
Voor inlichtingen over oude drukken en handschriften kunt u terecht bij de balie in de Leeszaal Bijzondere Collecties in de Centrale Bibliotheek.