Museumpark met authentieke panden uit het voormalige Zuiderzeegebied, zoals een kerk, een school en een visrokerij. Wisselende exposities verbinden de historische collectie met hedendaagse ontwikkelingen op het gebied van kunst en cultuur.
In 1932 sloot de Afsluitdijk de Zuiderzee af en kregen de twee binnenmeren de naam IJsselmeer en Markermeer; het gedeelte buiten de dijk hoorde voortaan bij de Waddenzee.
Buitenmuseum: In het openluchtgedeelte van het museum staan authentieke panden uit het voormalige Zuiderzeegebied, zoals een kerk, een visrokerij, winkels en woonhuizen uit de omliggende vissersdorpen. Iedereen kan spelenderwijs kennis maken met de historische ambachten en het dagelijks leven van vroeger.
Binnenmuseum: Het binnenmuseum is de schatkamer van de Zuiderzee. Wisselende
tentoonstellingen tonen de rijke collectie van het museum in een actuele context. Met historie, fotografie, streekdrachten, design biedt het binnenmuseum voor ieder wat wils.

In het Zuid-Afrikahuis is een aantal instellingen die zich met Zuid-Afrika bezighouden gehuisvest: De Nederlands-Zuid-Afrikaanse Vereniging (NZAV), de Bibliotheek, de Stichting Studiefonds en het Maandblad Zuid-Afrika. Zij streven er allen naar de Nederlandse belangstelling voor Zuid-Afrika levend te houden.
Het Zuid-Afrikahuis beheert de omvangrijkste bibliotheek over Zuid-Afrika in Nederland en de grootste afdeling Zuid-Afrikaanse literatuur in Europa.
De bibliotheekcollectie bevat:
- Ca. 52.000 titels;
- Ca. 40 lopende abonnementen op tijdschriften en kranten;
- Ca. 550 afgesloten abonnementen op tijdschriften;
- Audiovisuele materialen;
- Literair knipselarchief;
- NZAV-fotocollectie (veel historische foto's o.a. van de Anglo-boerenoorlog);
- NZAV-archief (bronnen over Nederlands-Zuid-Afrikaanse betrekkingen vanaf ca. 1880).
De collectie van de bibliotheek is te raadplegen via de catalogus, maar ook opgenomen in de NCC, en dus te raadplegen via Picarta en Worldcat. (Contact: bibliotheek@zuidafrikahuis.nl. t.a.v. Corine de Maijer).
De NZAV is de oudste op Zuid-Afrika gerichte organisatie in Nederland, opgericht in 1881. De NZAV beschikt over een unieke collectie archiefmateriaal, die door onderzoekers uit binnen- en buitenland wordt geraadpleegd.
Stichting Studiefonds voor Zuid-Afrikaanse Studenten geeft beurzen aan Zuid-Afrikaanse Studenten die voor maximaal een half jaar aan een Nederlandse Universiteit willen studeren. Zie www.studyfoundation-sa-students.com of www.studiefonds-za-studenten.nl. Emailadres: studiefonds@zuidafrikahuis.nl
De Stichting ZASM is voortgekomen uit de vroegere Nederlands-Zuid-Afrikaanse Spoorwegmaatschappij (NZASM). ZASM houdt het Zuid-Afrikahuis in stand en ondersteunt de stichting het SASNEV (Suid-Afrikaanse Sentrum vir Nederland en Vlaandere) in Kaapstad. Email: zasm@zuidafrikahuis.nl.
Maandblad Zuid-Afrika verschijnt tien keer per jaar. Zie http://www.maandbladzuidafrika.nl/.

Historisch museum over Zijpe en omgeving en de persfotografen Niestadt. Gevestigd in de oostelijke vleugel van het gemeentehuis.
Het Zijper Museum bestaat uit drie ruimten:
- In de eerste ruimte kan men o.a. jaargangen van de Zijper Courant en de Schager Couranten, bevolkingsregisters en ansichtkaarten raadplegen. De digitale kranten/tijdschriften/boeken zijn via de website volledig doorzoekbaar.
- In de grote ruimte daarachter wordt de lopende expositie getoond.
- In de achterste ruimte is de permanente tentoonstelling van de persfotografen Niestadt te vinden inclusief computers waarop men de volledige Niestadt Beeldbank (ruim 80.000 foto's) kan bekijken.
Bibliotheek: Samen met de Historische Vereniging 'de Zijpe' heeft het Zijper Museum een bibliotheek. Verreweg het meeste dat verschenen is over de geschiedenis van (de) Zijpe (en de omgeving) is er te vinden. Publicaties kunnen in het museum ingezien worden.
Collectie: Het Zijper Museum heeft een uitgebreide collectie van objecten. Enkele van deze objecten worden tentoongesteld op Internet via het zelf ontwikkelde Zijper Collectie Beheer Systeem (ZCBS).
Het Zijper Museum is tevens gastheer voor:
- Historische Vereniging "De Zijpe"
- Werkgroep Zijper Boerderijen
- De Zijper Historie Bladen
- Vrienden van de Hondsbossche, Kring voor Noord-Hollandse waterstaatsgeschiedenis.

Uiteenlopende collectie gejutte, op het strand aangespoelde voorwerpen. Het meest voorkomend zijn voorwerpen die van schepen afkomstig zijn. De toegang tot het museum is gratis.

In 44 aquaria leven ruim 230 soorten zeebewoners uit alle wereldzeeën. Het gaat om verschillende levensvormen als inktvissen, krabben, haringen, roggen, haaien, piranha's en anemonen.