De bovenste etage is gericht op de gehele archeologische geschiedenis van de provincie Zuid-Holland. De benedenetage richt zich specifiek op de Romeinen in Alphen aan den Rijn.
Het Archeologiehuis biedt ruimte aan een drietal organisaties die allen een eigen ruimte onder hun hoede hebben. De bovenste verdieping van het Archeologiehuis huisvest het Provinciaal Archeologisch Centrum (PAC), gericht op de archeologische geschiedenis van Zuid-Holland vanaf de Prehistorie tot en met de achttiende eeuw. Een prachtige zaal met een heldere chronologie door de vroege geschiedenis van de provincie Zuid-Holland.
De benedenverdieping legt de nadruk op de Romeinse Tijd. Deze tentoonstelling richt zich op de Romeinse geschiedenis in en rondom Albanianae, het huidige Alphen aan den Rijn. De overgang van IJzertijd naar Romeinse tijd staat centraal in deze ruimte, waarbij specifieke aandacht uitgaat naar wat er allemaal veranderde met de komst van de Romeinen naar Nederland. Samen tonen de zalen ruim 600 vondsten uit de Provincie Zuid-Holland, aangevuld met boeiende informatie die op uiteenlopende manieren aan de bezoeker wordt aangeboden.
De Archeologische Werkgemeenschap Nederland heeft de derde ruimte van het Archeologiehuis onder haar hoede. Verschillende dagdelen per week, kunt U, door een glaswand, de vrijwilligers aan het werk zien met archeologisch materiaal. Zij restaureren, inventariseren en catalogiseren vondstmateriaal uit Zuid-Holland. De ruimte zelf is niet toegankelijk voor publiek.