Het waterschap Bijlmer werd opgericht door een fusie van verschillende Noord-Hollandse polders in dezelfde waterkerende kring die langs de Amstel, Bullewijk, Holendrecht, Hollandse kade, Gein, Gaasp en de Weespertrekvaart loopt. De waterkerende kring werd niet voldoende betrouwbaar geacht voor de inwoners en bedrijven in het gebied. Het verdeelde beheer en onderhoud door meerderde polders, lag daar al eeuwen aan ten grondslag. De uitbreiding van de stad Amsterdam met de stadswijk Bijlmer veranderde daarnaast de waterhuishouding in het gebied zodanig dat daarbij poldergrenzen werden overschreden. Na de oprichting had het waterschap als eerste de taak om de waterkerende kring te verbeteren. Ook de andere taken zoals het peilbeheer, bemaling, afwatering, onderhoud van wegen en vergunningverlening werden door het waterschap uitgevoerd. De gemeentelijke indeling in het gebied is lange tijd onderwerp van discussie geweest waardoor het kan zijn gebeurd dat vergunningen voor een specifieke locatie aan verschillende gemeentes zijn verleend.
Waterschap Bijlmer ging per 1979 op in Waterschap Drecht en Vecht. Het besluit daartoe werd in april 1979 bekrachtigd, en gold met terugwerkende kracht vanaf 1 januari 1979. De polders die in Drecht en Vecht opgingen bestonden zodoende tot en met 31 december 1978. Vanwege de overgangsperiode kan het archief van de polder documenten bevatten van ná de formele opheffing.