Het voorspelde ‘moeilijke tijdperk’ nam op 10 mei 1940 een aanvang. De Duitse bezetting had een grote invloed op het functioneren van de gemeente. Eigen beleid, tot stand gekomen na democratische beraadslaging, maakte plaats voor de uitvoering van een schier oneindige reeks impopulaire verordeningen van de Rijkscommissaris.

Van veel invloed op de gemeente was de verordening 152/1941, waarbij publiekrechtelijke vertegenwoordigende organen, zoals de gemeenteraad en het college van Burgemeester en Wethouders, gedwongen werden opgeheven. De raad kwam voor het laatst bijeen op 18 augustus 1941. Het college bleef in vorm bestaan, maar de status van de wethouders veranderde van gemeentebestuurder naar die van ambtenaar in de zin van de Ambtenarenwet 1929.

Als gevolg van de Duitse maatregelen bleef de raadszaal in het in 1942 in gebruik genomen raadhuis de eerste jaren als plaats voor politieke vertogen ongebruikt. De bouw van het nieuwe gemeentehuis was in 1941 begonnen naar een ontwerp van de architect Alexander Kropholler. Het functionele gebouw voorzag in een grote behoefte, omdat het oude gemeentehuis aan de Raadhuisstraat door bouwkundige gebreken en de uitbreiding van het ambtenarenapparaat voor zijn doel volstrekt ongeschikt was geworden: “De openbare werken zoowel als de overige gemeente-eigendommen verkeeren in het algemeen in een uitstekenden staat van onderhoud. Eene uitzondering hierop maakt het reeds in 1884 aangekochte en tot gemeentehuis bestemde heerenhuis, waarvan het dak eene algeheele vernieuwing behoeft en – niettegenstaande aangebrachte verankeringen – een steeds meer naar voren overhellen van de kroonlijst en bovengedeelte valt waar te nemen. De aanhoudende trillingen welke door het gemeentehuis varen en welke worden veroorzaakt door de naastgelegen kuip- en kisthoutfabriek der N.V. Halbertsma, zijn daarvan vermoedelijk mede oorzaak. Eene algeheele vernieuwing van het dak en het aanbrengen van closet met waterspoeling en urinoir zou noodzakelijk zijn, ware het niet, dat daarmede in geen enkel opzicht kan worden tegemoet gekomen aan de groote behoefte aan kantoorruimte enz. […] De veel te geringe secretarieruimte veroorzaakt veel overlast, waardoor wij reeds genoodzaakt waren, het oude waaggebouw – tot welks amoveering in 1938 werd besloten – tijdelijk te bestemmen voor hulpsecretarie. […] Ook het kantoor van den gemeenteontvanger beantwoordt niet aan behoorlijke eischen, terwijl het ontbreken van een wachtkamer voor het publiek en van een rijwielbergplaats steeds als een groot gemis wordt gevoeld.”

Burgemeester Cornelius Renken bleef na de ontbinding van raad en college als enige formele gemeentebestuurder over, wat hem – als zovele ambtgenoten – in een bijzonder lastig parket plaatste. Medewerking aan de Duitse maatregelen stond vaak op gespannen voet met het eigen geweten, terwijl hetzelfde gold voor de overdracht van het burgemeesterschap aan een opvolger die de Nieuwe Orde zou zijn toegedaan. Renken probeerde, zo verantwoordde hij zich na de bezetting, de Duitse maatregelen zoveel mogelijk te saboteren: “[…] steeds heb ik getracht mij te houden aan de instructie, die de Regeering in 1937 geheim voor de ambtenaren had vastgesteld. Waar dit niet mogelijk bleek, heb ik telkens de belangen van de gemeente en van de bevolking en de nadeelen van een eventueel uit te voeren maatregel tegen elkaar afgewogen, tenzij ’s lands belang of eer en geweten het opvolgen van eenig voorschrift verboden. Dat daarbij weleens een schijn van medewerking met Duitsche maatregelen werd gewekt, was soms niet te voorkomen, maar in wezen werd elke Duitsche bedoeling tot het uiterste gesaboteerd.”

Renken werd eind maart 1944 ontslagen en in augustus van dat jaar vervangen door de NSB-er Wander Graafsma, voorheen veearts te Kimswerd. Diens burgemeesterschap was van korte duur. Al in oktober 1944 werd Graafsma, wegens toetreding tot de Waffen-SS, de facto vervangen door burgemeester Auke Fokkes de Jong van Utingeradeel. Zijn rol was uitgespeeld toen de Canadezen op 15 april 1945 de gemeente bevrijdden. De vacante burgemeesterszetel werd kort daarna weer ingevuld door Cornelius Renken. Op 13 november 1945 werd de gemeenteraad in functie hersteld. Net als voor de bezetting had de eerste, tijdelijke, gemeenteraad een sterke sociaal-democratische signatuur. De raad kreeg in 1946 dertien leden, waarvan er negen tot de Partij van de Arbeid behoorden. Hetzelfde gold voor de twee wethouders.

Het gemeentebestuur zag zich kort na de oorlog voor grote problemen gesteld. Veel infrastructurele en bouwprojecten waren door de economische crisis van de jaren ’30 en door de bezettingstoestand opgeschort. De groeiende werkgelegenheid in de industrie schreeuwde echter om meer woningen en een verbetering van het wegennet. Burgemeester Renken bleek een stuwende kracht, die zich bevlogen inzette voor de bouw van het bejaardentehuis “Friesmahiem”, talloze Woningwetwoningen, nieuwe scholen in Grouw en Roordahuizum, de aanleg van de J.W. de Visserwei en de verbetering van de weg Warga-Wartena-Garijp. Hij was een man die, zoals wethouder De Jong het uitdrukte, “niet verder wilde springen dan de pols lang was, maar uit zo’n sprong toch haalde wat er in zat.” Toen Renken in november 1954 afscheid nam, stond de gemeente er financieel nog betrekkelijk goed voor.

Dat veranderde onder zijn opvolger Roel Walda, die in maart 1955 als eerste PvdA-burgemeester werd geïnstalleerd. Walda zette de lijn van Renken voort waar het ging om het bevorderen van de woningbouw en het verbeteren van de infrastructuur. Als oud-burgemeester van Ameland had hij ook een scherp oog voor de ontwikkelingsmogelijkheden van de recreatiesector. Begin jaren ’60 konden, mede dankzij zijn inspanningen, een jachthaven en een recreatieoord aan de Nauwe Galle bij Grouw worden geopend.

Tegelijkertijd raakten vanaf het midden van de jaren ’50 de gemeentefinanciën in onbalans. Illustratief is de begroting van 1956, die een tekort liet zien van ƒ 107.185,83 dat mede werd veroorzaakt door plannen van Burgemeester en Wethouders om de Grûndaam in Grouw te dempen, de school voor uitgebreid lager onderwijs aldaar uit te breiden en zes bejaardenwoningen te bouwen. De ontwikkeling van de recreatie bleek voor de gemeente in financieel opzicht zowel een vloek als een zegen te zijn. De toeristen in Idaarderadeel maakten wel gebruik van de gemeentelijke voorzieningen, maar betaalden er geen belasting voor. Kees Vrijling, die burgemeester Walda na zijn pensionering in 1962 opvolgde, was scherp in zijn oordeel: “Wij lopen hier in Idaarderadeel finaal vast, ’t wordt een puinhoop, meneer. [De recreanten] rossen over onze wegen en ten behoeve van deze buitenstaanders moeten onze bruggen aan de lopende band open- en weer dichtgedraaid worden, maar een extraatje voor het onderhoud kan er niet af. Wij hebben het dikwijls geprobeerd, maar schoppen tegen de overheid helpt niet.”

De moeilijke financiële positie van de gemeente was niet het enige probleem waarmee Vrijling zich geconfronteerd zag. Al kort na zijn aantreden ontstond er politieke deining over de gemeentelijke assistentie bij de bouw van een bungalow voor oud-burgemeester Walda in Beetsterzwaag. Ook in de gemeenteraad kreeg de eerste burger, voorheen landbouwjournalist van Het Parool, het nodige gekrakeel te verduren. De politieke verhoudingen werden na de gemeenteraadsverkiezingen van 1966 op scherp gezet, toen de partij Gemeentebelangen – een lijstcombinatie van VVD, ARP, CHU en KVP – vijf zetels in de raad verkreeg. Met veertig procent van de stemmen eiste de partij een wethouderszetel op voor drs. Albert Jan Prange uit Grouw. De PvdA wilde echter alleen akkoord gaan met een wethouder van Gemeentebelangen als die in het noordelijke gedeelte van de gemeente zou wonen. Omdat er geen overeenstemming werd bereikt, werden tot 1970 de beide wethouderszetels opnieuw door PvdA-ers bezet. De kwestie herhaalde zich na de gemeenteraadsverkiezingen van 1970. De lijstcombinatie Progressief Akkoord (PAK) – van PvdA, PSP en PPR – haalde toen acht zetels, Gemeentebelangen vier en de Fryske Nasjonale Partij één. Ook in 1970 werd Gemeentebelangen buiten het college gehouden. Uit protest werden enkele raadsvergaderingen door de fractie geboycot.

De hegemonie van de Partij van de Arbeid binnen het college van Burgemeester en Wethouders werd pas in 1974 gebroken, toen Rienk Benedictus van de Antirevolutionaire Partij na moeizame onderhandelingen als wethouder werd gekozen. Na de verkiezingen in 1978 en 1982 werd de tweede wethouderszetel bezet door respectievelijk Thijs Terpstra en Diny Aukes-Huizinga van de VVD.

De burgemeester bleef tot eind 1983 van PvdA-huize. Kees Vrijling nam in 1979 afscheid en kon terugkijken op een burgemeesterschap waarin Idaarderadeel – ondanks de steeds zorgwekkende financiële positie – grote ontwikkelingen had doorgemaakt. In Grouw, Roordahuizum, Warga en Wartena waren in de jaren ’60 en ’70 verschillende uitbreidingsplannen gerealiseerd. Grouw had met “Nij Friesmahiem” een nieuw bejaardentehuis en met “De Twine” een moderne sporthal met openluchtzwembad gekregen. Meerdere sportterreinen en scholen waren uitgebreid en de recreatie had, onder meer door de inrichting en uitbreiding van de jachthavens in Grouw en Wartena, een verdere impuls gekregen.

De agenda van Vrijling’s opvolger Bernard Holtrop en zijn wethouders werd begin jaren ’80 vooral beheerst door de sanering van het terrein van Halbertsma’s houtfabrieken in Grouw en de realisatie daarop van de woonwijk De Baai. Verder wijdde het college zich aan de voorbereiding van een herindeling met de buurgemeenten Rauwerderhem en Utingeradeel. De discussie daarover woedde al sinds het midden van de jaren ’60. De toename van het aantal taken voor de lagere overheden hield geen gelijke tred met de toename en specialisatie van het personeelsbestand. De nota ‘De bestuurlijke organisatie van de gemeenten Baarderadeel, Idaarderadeel, Rauwerderhem en Utingeradeel’ concludeerde in 1970: “Wanneer wij de bestaande organisatie doorlichten, dan blijkt, dat de vier gemeenten in feite te klein zijn, om bepaalde belangen, waarvoor zij zijn gesteld, zelfstandig te kunnen behartigen. Naarmate de gemeente kleiner is, wordt het moeilijker, om gekwalificeerd personeel aan te trekken. De koppeling van de salarissen aan het zielental van de gemeente vormt daarbij een storend element […] Maar niet alleen op het gebied van de personeelsbezetting openbaren zich bezwaren; ook het bestuur zelve van de kleine gemeente komt in een steeds moeilijker positie te verkeren […] Uit het vorenstaande moge blijken dat de positie van de kleine gemeenten niet ideaal is.”

Het zoeken van samenwerking om de complexe gemeentelijke taken zo goed mogelijk te kunnen behartigen was al in de jaren 1920 en ’30 op bescheiden schaal begonnen met gemeenschappelijke regelingen voor de wederzijdse toelating van leerlingen op scholen in buurgemeenten en voor de verpleging van lijders aan een besmettelijke ziekte. Na de oorlog nam het aantal regelingen snel toe. Idaarderadeel participeerde, meestal met omliggende gemeenten, in gemeenschappelijke regelingen voor de vleeskeuringsdienst, de noodslachtplaats, twee werkvoorzieningsschappen, de afvalophaaldienst, de welstandscommissie, de brandweer, de distributiedienst, het gasbedrijf, het maatschappelijk werk, de onderwijsbegeleiding, het geneeskundig schooltoezicht, de bibliotheekvoorziening en het muziekonderwijs. Hoewel deze regelingen zeker in een behoefte voorzagen, schoten zij tekort in transparantie en democratische controle.

Anders dan in de buurgemeenten, bestond er in Idaarderadeel aanvankelijk een politiek draagvlak voor een gemeentelijke herindeling. Burgemeester Vrijling vertolkte in 1966 de mening van de meerderheid in de gemeenteraad toen hij stelde: “Wat zouden er een besparingen mogelijk zijn als een paar gemeenten in het midden van Friesland geconcentreerd werden. Als Idaarderadeel één gemeente zou vormen met drie of vier andere, zou dat onder meer betekenen dat er enorm bespaard zou kunnen worden op de posten personeel en gebouwen en dat heel wat tekorten meteen zouden zijn verdwenen. Maar er zouden ook andere voordelen aan vast zitten. Kwalitatief konden betere mensen worden aangetrokken, zowel wat de raadsleden als wat de ambtenaren betreft. Een gemeente zou daardoor aan bestuurskracht winnen. Verscheidene gemeentelijke diensten, waarvoor nu bijvoorbeeld maar drie of drieënhalve dag per week werk is, zouden efficiënter kunnen werken.”

De stemming in de raad sloeg in de jaren ’70 om. Het college bleef voorstander van een herindeling, maar de raad stemde op 17 oktober 1979 met zeven tegen vijf stemmen tegen en liet Gedeputeerde Staten weten “het niet noodzakelijk te achten dat Idaarderadeel opgaat in de eventueel nieuw te vormen gemeente Boarnsterhim [en] dat Idaarderadeel voldoende bestuurskracht heeft om als zelfstandige gemeente te kunnen blijven bestaan.” De herindeling bleek uiteindelijk echter onontkoombaar. “Alle dinc heeft cynen tiid” staat in steen gehouwen in het Grouwster raadhuis en dat bleek ook van toepassing op de gemeente zelf. De wet van 6 juli 1983 bezegelde de gemeentelijke herindeling. Idaarderadeel, uitgezonderd het buurtschap Syteburen bij Grouw, ging vanaf 1 januari 1984 samen met Rauwerderhem en Utingeradeel op in de nieuwe gemeente Boarnsterhim.