De archieven van het Sint Anthony Gasthuis betreffende de jaren 1425-1813 zijn reeds beschreven door de toenmalige gemeentearchivaris Rinske Visscher in haar inventaris uit 1921. Visscher koos voor het jaar 1813 als cesuur, het jaar waarin een einde kwam aan de Franse periode.

Nadat in de eerste eeuwen de gasthuisarchieven in een kist bewaard waren geweest, werd in de negentiende eeuw in het bestuurshuis aan de Grote Kerkstraat op de benedenverdieping een kamer ingericht als archiefbewaarplaats. Tevens werd een handgemaakte kluis ingebouwd voor de waardevolste stukken. In 1916 werd op de bovenverdieping van het bestuurshuis een brandvrije ruimte ingericht, voorzien van centrale verwarming. Lange tijd bevonden zich daar nog de archieven, maar op den duur beschouwde men het niet meer als verantwoord om ze er nog langer onder te brengen. Dit leidde er uiteindelijk toe dat de archieven op 25 april 1990 in bewaring werden gesteld bij het Gemeentearchief Leeuwarden, alwaar in datzelfde jaar een plaatsingslijst van de archieven werd vervaardigd. In de plaatsingslijst is opgenomen welke stukken na overdracht van de archieven zijn vernietigd:
- Bijlagen op de rekeningen, [c.1850], 1871-1873, 1875, [c.1900-1964] (ca. 10 meter).
- Diverse financiële stukken, [c 1910-1964] (ca. 1, 5 meter).
- Diverse onbelangrijke stukken, [c 1890-1950] (ca. 0, 4 meter).
- Blanco registers en formulieren (ca. 0, 3 meter).

De inventarisatie van het 'nieuwe' archief, het gedeelte na 1813, vond een aanvang aan het eind van 1995 en kon begin 1997 worden afgerond. De inventarisatie loopt over de periode (1700) 1814-1965 (1977). Een aantal aangetroffen stukken bleek in principe te behoren tot de door Rinske Visscher beschreven periode, maar zijn om redenen van praktische aard in deze inventaris opgenomen. De serie notulen loopt door tot en met 1965; een klein aantal stukken is afkomstig uit de periode na 1965, het meeste recente materiaal stamt uit 1977.

De notulen van bestuursvergaderingen uit de jaren 1818-1965 zijn compleet *  . In een groot aantal notulenboeken bevindt zich voorin een lijst met verwijzingen naar de belangrijkste zaken, behandeld in de bestuursvergaderingen. Naast een zestal registers op de notulen over de jaren 1876-1914 is er een repertorium over de periode 1904-1929 aanwezig *  . Voor de jaren 1876-1963 zijn er notulen van Commissie A en voor de jaren 1933-1962 van Commissie B *  .

Tot en met het jaar 1864 zijn de ingekomen stukken slechts sporadisch aanwezig. Vanaf 1865 is de serie compleet, met uitzondering van het jaar 1953 *  . Voor de jaren 1876-1917 is de toegankelijkheid vergemakkelijkt door een viertal registers van ingekomen stukken *  . Van de uitgaande stukken zijn er een negental kopie-boeken over 1855-1916, een drietal registers over 1855-1920 en een repertorium over 1855-1874 *  . Minuten, doorslagen of concepten van uitgaande stukken zijn, met hiaten, aanwezig over 1807-1961 *  .

Een groot deel van de archivalia bestaat uit (ver)koopakten, huurcontracten en overige stukken betreffende de verwerving en beheer van onroerende goederen binnen en buiten de bebouwde kom van Leeuwarden. Archivalia betreffende de onroerende goederen binnen Leeuwarden zijn op straatnaam geordend. De stukken betreffende de onroerende goederen buiten Leeuwarden zijn naar plaatsnaam geordend en eventueel nader geografisch gespecificeerd.

De omvang van de archivalia bedroeg voor bewerking ongeveer 35 meter. Na opschoning is de omvang nu circa 30 meter. Een verdere selectie en vernietiging zou tot de mogelijkheden kunnen behoren (bijvoorbeeld de serie ingekomen stukken), maar zal in overleg met de inbewaringgever moeten geschieden. Voor de openbaarheid van de archivalia geldt een beperking van 75 jaar. Stukken jonger dan 75 jaar zijn uitsluitend voor derden toegankelijk met schriftelijke machtiging van de inbewaringgever.

#In 2006 werd het gasthuisarchief uit de jaren 1966-1990 overgebracht naar het Historisch Centrum Leeuwarden (zoals het Gemeentearchief sinds 2001 heet). Dit archiefgedeelte besloeg voor de bewerking zo'n 11 meter, na selectie en herverpakking 6 meter. Het uitgeschoonde materiaal betreft dezelfde categorieën als het eerder verwijderde (zie boven). De resterende stukken uit deze jongste aanvulling zijn ondergebracht in de archiefbestanddelen, genummerd 1861-2312 (aansluitend op de 1860 nummers in de inventaris 1814-1965). Deze nummers zijn op de logische plaatsen tussengevoegd in de inventaris 1814-1965. Zodoende is een geïntegreerde inventaris 1814-1990 ontstaan. Hiervoor is gekozen omdat het jaar 1990 een echte cesuur in de geschiedenis van het Sint Anthony Gasthuis vormt, zoals in het vorige hoofdstuk is uiteengezet, in tegenstelling tot het jaar 1965.

In deze nieuwe inventaris zijn behalve deze inleiding ook de literatuurlijst (hierna) en de lijst van bestuursleden (bijlage 5.1) aangevuld. Aangezien in de onderhavige jongste aanvulling ook nog veel stukken van vóór 1966 zijn aangetroffen, moest een aantal archiefbestanddelen in het archiefgedeelte 1814-1965 met stukken worden aangevuld, en de beschrijvingen ervan overeenkomstig aangepast. Terwijl in het archiefgedeelte 1814-1965 de termen huur, huurder, huurcontract, enz. zijn gehandhaafd, ook nadat ca. 1940 pacht, pachter, pachtcontract, enz. in Friesland gebruikelijker werden, zijn in de toegevoegde beschrijvingen deze laatste termen gebruikt, in overeenstemming met de archiefstukken. De aangetroffen fotoalbums en losse foto’s zijn genoemd in de inventaris maar geplaatst in de Topografisch-Historische Atlas, de beeldverzameling van het HCL, en daar nader beschreven. Een 'verdere selectie en vernietiging', zoals die eerder (zie boven) is gesuggereerd, heeft niet plaatsgevonden. Er zijn twee bijlagen toegevoegd: een lijst van in het archief aanwezige gepubliceerde boekwerken (bijlage 5.2) en een nadere toegang op de serie dossiers in inv.nrs. 1987-1989 (5.3).#