De magistraat of het stadsbestuur, vanaf 1824 het college van burgemeester en wethouders, hield vanouds toezicht op de werkzaamheden van de ambachtsbewaarders van Haagambacht en de molenmeesters van de polders in dat gebied. Formeel stelden zij bijvoorbeeld de jaarrekeningen van die functionarissen vast.

Het volgende is ontleend aan de inventaris van het archief van de ambachtsbewaarder van Segbroek (0157-01) door J.E.J. Geselschap (1956): In het bestuur van de ambachten en polders in het 17e en 18e eeuwse 's-Gravenhage had de Magistraat een belangrijk aandeel, waardoor de organisatie een eigen karakter heeft gekregen. De ambachten, respectievelijk polders weren bestuurd door een ambachtsbewaarder respectievelijk molenmeester, die om de twee jaren werd gekozen door de ingelanden (grondeigenaren) uit een voordracht opgemaakt door de aftredende functionaris. Soms werd tevens een (op)volger gekozen (in Haagambacht in 1706 en later). Ook vrouwen waren benoembaar: in 1678 werd Jannetje Roosenburgh, weduwe van Jan Halfwassenaar, ambachtsbewaarder van Oost-Eskamp. De verkiezing wond plaats na het afhoren van de rekening.

De ambachtsbewaarder, respectievelijk molenmeester, inde de omslag, waartoe hij jaarlijkse een gaarboek aanlegde (art. 264 van de ordonnantie van Delfland van februari 1656) en verrichtte de betalingen. Dikwijls liet hij dit werk doen door een meer met de pen vertrouwde persoon. Jaarlijks legde hij rekening en verantwoording af aan schout, schepenen (later burgemeesters), ingelanden en geburen (grondgebruikers). Die vergaderingen vonden voor de Eskamppolders sinds 1690, voor de andere ambachten en polders reeds eerder, in de burgemeesterskamer plaats; daar werden de rekeningen door schout en burgemeesters afgehoord in presentie van ingelanden. Het gevolg was dat de ingelanden grotendeels wegbleven en het gezag feitelijk geheel in handen van burgemeesters kwam.

De Magistraat schouwde ook de wegen en wateringen, in mei en in de herfst. Dit recht is hem wel eens betwist, in 1520 en in 1570. De Magistraat beriep zich op het privilege van Albrecht van Beieren van 20 april 1383 om te mogen keuren over straten, platen (schuttingen) en wedden (drenkplaatsen voor vee). Zijn ruime interpretatie van dat sober geredigeerde privilege werd door het Hof van Holland geaccepteerd.
De schouw van de heinsloten (perceelscheidingen) geschiedde door de ambachtsbewaarder (resp. molenmeester) en de door hem gekozen kroosheemraden (meestal drie). De molenmeester stelde tevens de molenaar aan (art. 150 van Delfland's keur).
Overtredingen van de keuren werden tot 1841 berecht door de vierschaar van het Hoogheemraadschap Delfland (art. 267 e.v. van de keur). Deze bestuursorganisatie bleef tot het midden van de 19e eeuw vrijwel ongewijzigd bestaan, met dien verstande dat de Eskamp (niet de Segbroek !) door de stichting van de gemeente Loosduinen aan het stedelijke toezicht werd onttrokken. Wel onderwierp een K.B. van 22 december 1826 nr. 120 de rekeningen van de polders en ambachten aan de goedkeuring van Gedeputeerde Staten.

Het reglement van 11 juli 1844, Provincieblad 1846 nr. 56, het reglement van 28 januari 1851, Provincieblad 1851 nr. 15, en de Gemeentewet van 1851 maakten praktisch een einde aan de bemoeiingen van het gemeentebestuur met ambachten en polders. Na 1852 zijn geen rekeningen meer afgehoord. Het Algemeen Reglement voor de polders in de provincie Zuid-Holland van 2 september 1856 bracht de bestuursorganisatie op een éénparige voet. De ambachten-organisatie werd m.i.v. 1 juli 1858 afgeschaft.